seq1 = pF1KE4020.tfa, 615 bp
seq2 = pF1KE4020/gi568815586r_17981194.tfa (gi568815586r:17981194_18189283), 208090 bp

>pF1KE4020 615
>gi568815586r:17981194_18189283 (Chr12)

(complement)

1-55  (100001-100055)   100% ->
56-112  (100328-100384)   100% ->
113-186  (103591-103664)   100% ->
187-335  (104619-104767)   100% ->
336-615  (107811-108090)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGTCAAACTTCTTGCATCTCAAATATAATGAGAAATCTGTTTCTGTTAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGTCAAACTTCTTGCATCTCAAATATAATGAGAAATCTGTTTCTGTTAC

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 AAAAG         CCCTTACAGTGAGGTTTCTTACTAAGCGATTCATTG
        |||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 AAAAGGTA...CAGCCCTTACAGTGAGGTTTCTTACTAAGCGATTCATTG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 GAGAATATGCTTCTAATTTTG         AATCTATCTATAAGAAGCAC
        |||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||
 100364 GAGAATATGCTTCTAATTTTGGTA...CAGAATCTATCTATAAGAAGCAC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    133 TTGTGTTTGGAAAGGAAACAACTAAATCTAGAAATATATGACCCTTGTTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103611 TTGTGTTTGGAAAGGAAACAACTAAATCTAGAAATATATGACCCTTGTTC

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    183 TCAA         ACACAGAAAGCAAAATTCTCCCTCACAAGTGAGCTTC
        ||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103661 TCAAGTA...CAGACACAGAAAGCAAAATTCTCCCTCACAAGTGAGCTTC

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    224 ACTGGGCAGATGGGTTTGTTATTGTGTATGACATCAGTGATAGGTCTTCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104656 ACTGGGCAGATGGGTTTGTTATTGTGTATGACATCAGTGATAGGTCTTCA

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    274 TTTGCTTTTGCAAAAGCGCTGATCTACAGAATCCGGGAGCCACAAACTAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104706 TTTGCTTTTGCAAAAGCGCTGATCTACAGAATCCGGGAGCCACAAACTAG

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    324 TCATTGTAAAAG         AGCTGTGGAATCAGCAGTGTTTTTGGTTG
        ||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||
 104756 TCATTGTAAAAGGTA...CAGAGCTGTGGAATCAGCAGTGTTTTTGGTTG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    365 GCAACAAACGAGATCTTTGTCATGTGCGAGAGGTTGGCTGGGAAGAAGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107840 GCAACAAACGAGATCTTTGTCATGTGCGAGAGGTTGGCTGGGAAGAAGGG

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    415 CAAAAGCTGGCACTGGAAAACCGATGCCAATTCTGTGAACTGTCTGCAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107890 CAAAAGCTGGCACTGGAAAACCGATGCCAATTCTGTGAACTGTCTGCAGC

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    465 AGAGCAGTCTCTGGAGGTGGAAATGATGTTTATCAGAATTATCAAGGACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107940 AGAGCAGTCTCTGGAGGTGGAAATGATGTTTATCAGAATTATCAAGGACA

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    515 TCCTGATAAACTTCAAACTCAAAGAAAAGAGACGTCCCAGTGGATCTAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107990 TCCTGATAAACTTCAAACTCAAAGAAAAGAGACGTCCCAGTGGATCTAAA

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    565 TCAATGGCCAAATTGATCAATAATGTATTTGGAAAGAGAAGGAAATCTGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108040 TCAATGGCCAAATTGATCAATAATGTATTTGGAAAGAGAAGGAAATCTGT

    650 
    615 T
        |
 108090 T