seq1 = pF1KE4016.tfa, 585 bp
seq2 = pF1KE4016/gi568815583f_41131383.tfa (gi568815583f:41131383_41379386), 248004 bp

>pF1KE4016 585
>gi568815583f:41131383_41379386 (Chr15)

1-67  (100001-100067)   100% ->
68-140  (112285-112357)   100% ->
141-221  (125528-125608)   100% ->
222-349  (131374-131501)   100% ->
350-411  (139175-139236)   100% ->
412-534  (147385-147507)   100% ->
535-585  (147954-148004)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGGTTCTCGGGCCTCCACGTTACTGCGGGACGAAGAGCTCGAGGAGAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGGTTCTCGGGCCTCCACGTTACTGCGGGACGAAGAGCTCGAGGAGAT

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 CAAGAAGGAGACCGGCT         TTTCCCACAGTCAAATCACTCGCC
        |||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||
 100051 CAAGAAGGAGACCGGCTGTG...TAGTTTCCCACAGTCAAATCACTCGCC

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 TCTACAGCCGGTTCACCAGCCTGGACAAAGGAGAGAATGGGACTCTCAG 
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>
 112309 TCTACAGCCGGTTCACCAGCCTGGACAAAGGAGAGAATGGGACTCTCAGG

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    141         CCGGGAAGATTTCCAGAGGATTCCAGAACTTGCCATCAACCC
        >>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112359 TA...CAGCCGGGAAGATTTCCAGAGGATTCCAGAACTTGCCATCAACCC

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    183 ACTGGGGGACCGGATCATCAATGCCTTCTTTCCAGAGGG         AG
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||
 125570 ACTGGGGGACCGGATCATCAATGCCTTCTTTCCAGAGGGGTG...CAGAG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    224 AGGACCAGGTAAACTTCCGTGGATTCATGCGAACTTTGGCTCATTTCCGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 131376 AGGACCAGGTAAACTTCCGTGGATTCATGCGAACTTTGGCTCATTTCCGC

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    274 CCCATTGAGGATAATGAAAAGAGCAAAGATGTGAATGGACCCGAACCACT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 131426 CCCATTGAGGATAATGAAAAGAGCAAAGATGTGAATGGACCCGAACCACT

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    324 CAACAGCCGAAGCAACAAACTGCACT         TTGCTTTTCGACTAT
        ||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||
 131476 CAACAGCCGAAGCAACAAACTGCACTGTA...CAGTTGCTTTTCGACTAT

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    365 ATGATTTGGATAAAGATGAAAAGATCTCCCGTGATGAGCTGTTACAG   
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>
 139190 ATGATTTGGATAAAGATGAAAAGATCTCCCGTGATGAGCTGTTACAGGTA

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    412       GTGCTACGCATGATGGTCGGAGTAAATATCTCAGATGAGCAGCT
        ...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 139240 ...CAGGTGCTACGCATGATGGTCGGAGTAAATATCTCAGATGAGCAGCT

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    456 GGGCAGCATCGCAGACAGGACCATTCAGGAGGCTGATCAGGATGGGGACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 147429 GGGCAGCATCGCAGACAGGACCATTCAGGAGGCTGATCAGGATGGGGACA

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    506 GTGCCATATCTTTCACAGAATTTGTTAAG         GTTTTGGAGAAG
        |||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||
 147479 GTGCCATATCTTTCACAGAATTTGTTAAGGTT...CAGGTTTTGGAGAAG

    600     .    :    .    :    .    :    .
    547 GTGGATGTAGAACAGAAAATGAGCATCCGATTTCTTCAC
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 147966 GTGGATGTAGAACAGAAAATGAGCATCCGATTTCTTCAC