seq1 = pF1KE4015.tfa, 579 bp
seq2 = pF1KE4015/gi568815586f_53084889.tfa (gi568815586f:53084889_53287587), 202699 bp

>pF1KE4015 579
>gi568815586f:53084889_53287587 (Chr12)

1-159  (99996-100152)   97% ->
160-249  (100499-100588)   100% ->
250-373  (101066-101189)   100% ->
374-492  (101503-101621)   100% ->
493-579  (102613-102699)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGCTCAGGCAAGTCTCCTGGCTTGTGAAGGCCTAGCAGGTGTGAGTTT
        | --|| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  99996 AA  CTTAGGCAAGTCTCCTGGCTTGTGAAGGCCTAGCAGGTGTGAGTTT

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 GGTTCCCACTGCAGCCAGCAAGAAGATGATGCTGAGCCAGATTGCCAGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100044 GGTTCCCACTGCAGCCAGCAAGAAGATGATGCTGAGCCAGATTGCCAGCA

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 AGCAGGCCGAGAATGGCGAGCGGGCAGGTAGCCCTGATGTGCTGAGGTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100094 AGCAGGCCGAGAATGGCGAGCGGGCAGGTAGCCCTGATGTGCTGAGGTGC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 TCGAGTCAG         GGTCACCGAAAAGACAGTGATAAGTCCCGGAG
        |||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||
 100144 TCGAGTCAGGTA...AAGGGTCACCGAAAAGACAGTGATAAGTCCCGGAG

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 CCGCAAAGATGATGACAGCTTGTCTGAGGCCTCTCATTCAAAAAAGACTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100531 CCGCAAAGATGATGACAGCTTGTCTGAGGCCTCTCATTCAAAAAAGACTG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 TTAAAAAG         GTGGTGGTAGTGGAACAAAATGGTTCTTTTCAA
        ||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||
 100581 TTAAAAAGGCA...CAGGTGGTGGTAGTGGAACAAAATGGTTCTTTTCAA

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 GTAAAGATTCCCAAAAATTTTGTTTGTGAACACTGCTTTGGAGCCTTTCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101099 GTAAAGATTCCCAAAAATTTTGTTTGTGAACACTGCTTTGGAGCCTTTCG

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    333 GAGCAGTTACCACCTAAAGAGGCACATCCTTATTCACACTG         
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>
 101149 GAGCAGTTACCACCTAAAGAGGCACATCCTTATTCACACTGGTA...CAG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    374 GTGAGAAGCCATTTGAATGCGATATATGTGATATGCGTTTCATCCAGAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101503 GTGAGAAGCCATTTGAATGCGATATATGTGATATGCGTTTCATCCAGAAG

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    424 TACCACCTGGAACGCCACAAGCGTGTGCACAGTGGTGAAAAGCCTTACCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101553 TACCACCTGGAACGCCACAAGCGTGTGCACAGTGGTGAAAAGCCTTACCA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    474 GTGTGAACGGTGTCATCAG         TGTTTTTCTCGGACAGATCGAT
        |||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||
 101603 GTGTGAACGGTGTCATCAGGTA...CAGTGTTTTTCTCGGACAGATCGAT

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    515 TACTCAGACACAAACGGATGTGCCAAGGGTGCCAGTCCAAGACTTCCGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102635 TACTCAGACACAAACGGATGTGCCAAGGGTGCCAGTCCAAGACTTCCGAC

    600     .    :    .
    565 GGGCAGTTTTCTCTA
        |||||||||||||||
 102685 GGGCAGTTTTCTCTA