seq1 = pF1KE4014.tfa, 576 bp
seq2 = pF1KE4014/gi568815595f_160577347.tfa (gi568815595f:160577347_160777922), 200576 bp

>pF1KE4014 576
>gi568815595f:160577347_160777922 (Chr3)

1-576  (100001-100576)   99%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGGTTCGCTGGGTTCTAAAAATCCGCAAACCAAACAAGCCCAAGTTCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGGTTCGCTGGGTTCTAAAAATCCGCAAACCAAACAAGCCCAAGTTCT

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 TCTTTTGGGACTTGACTCAGCTGGGAAGTCTACTCTCCTTTATAAATTAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 TCTTTTGGGACTTGACTCAGCTGGGAAGTCTACTCTCCTTTATAAATTAA

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 AGCTTGCTAAGGATATTACCACCATCCCTACAATAGGTTTCAATGTGGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 AGCTTGCTAAGGATATTACCACCATCCCTACAATAGGTTTCAATGTGGAA

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 ATGATCGAGTTGGAAAGGAATCTTTCACTCACAGTCTGGGATGTTGGAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100151 ATGATCGAGTTGGAAAGGAATCTTTCACTCACAGTCTGGGATGTTGGAGG

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 ACAGGAAAAAATGAGAACTGTTTGGGGCTGTTACTGTGAGAACACCGATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100201 ACAGGAAAAAATGAGAACTGTTTGGGGCTGTTACTGTGAGAACACCGATG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    251 GGCTGGTGTATGTTGTGGACAGTACAGACAAACAGCGACTGGAAGAGTCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100251 GGCTGGTGTATGTTGTGGACAGTACAGACAAACAGCGACTGGAAGAGTCT

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    301 CAGAGACAGTTTGAGCACATTTTGAAGAATGAACACATTAAAAATGTGAC
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
 100301 CAGAGACAGTTTGAGCACATTTTGAAGAATGAACACATTAAAAATGTGCC

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    351 TGTTGTTCTATTAGCCAACAAACAAGACATGCCTGGAGCTCTGACTGCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100351 TGTTGTTCTATTAGCCAACAAACAAGACATGCCTGGAGCTCTGACTGCTG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    401 AGGACATCACCAGAATGTTCAAAGTGAAGAAGCTTTGCAGTGACCGGAAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100401 AGGACATCACCAGAATGTTCAAAGTGAAGAAGCTTTGCAGTGACCGGAAC

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    451 TGGTATGTGCAACCCTGCTGTGCCCTCACAGGGGAGGGGCTGGCCCAGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100451 TGGTATGTGCAACCCTGCTGTGCCCTCACAGGGGAGGGGCTGGCCCAGGG

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    501 GTTCAGGAAATTAACTGGATTTGTGAAGAGCCACATGAAATCAAGAGGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100501 GTTCAGGAAATTAACTGGATTTGTGAAGAGCCACATGAAATCAAGAGGAG

    550     .    :    .    :    .
    551 ACACTTTGGCGTTCTTCAAGCAGAAC
        ||||||||||||||||||||||||||
 100551 ACACTTTGGCGTTCTTCAAGCAGAAC