seq1 = pF1KE4013.tfa, 564 bp
seq2 = pF1KE4013/gi568815596f_229822514.tfa (gi568815596f:229822514_230110881), 288368 bp

>pF1KE4013 564
>gi568815596f:229822514_230110881 (Chr2)

1-96  (100001-100096)   100% ->
97-205  (153728-153836)   100% ->
206-378  (174238-174410)   100% ->
379-564  (188183-188368)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGCGTCGTGGCTGCCGGAGACTCTCTTTGAAACTGTAGGACAAGGCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGCGTCGTGGCTGCCGGAGACTCTCTTTGAAACTGTAGGACAAGGCCC

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 GCCGCCTAGCAAAGACTATTACCAGTTACTGGTCACCCGGTCTCAG    
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>.
 100051 GCCGCCTAGCAAAGACTATTACCAGTTACTGGTCACCCGGTCTCAGGCA.

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     97      GTAATCTTTAGATGGTGGAAGATCTCTCTAAGGAGTGAGTATCGA
        ..>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 ..TAGGTAATCTTTAGATGGTGGAAGATCTCTCTAAGGAGTGAGTATCGA

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 TCAACAAAACCTGGAGAAGCAAAAGAAACCCATGAAGACTTCCTAGAGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 153773 TCAACAAAACCTGGAGAAGCAAAAGAAACCCATGAAGACTTCCTAGAGAA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 TTCACATCTTCAAG         GTCAAACTGCCTTAATATTTGGTGCAA
        ||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||
 153823 TTCACATCTTCAAGGTA...CAGGTCAAACTGCCTTAATATTTGGTGCAA

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    233 GAATATTAGACTATGTCATCAATTTGTGCAAAGGTAAATTTGACTTCCTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 174265 GAATATTAGACTATGTCATCAATTTGTGCAAAGGTAAATTTGACTTCCTT

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 GAACGGCTCTCAGACGATTTGCTCCTGACTATCATTTCTTATCTGGATCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 174315 GAACGGCTCTCAGACGATTTGCTCCTGACTATCATTTCTTATCTGGATCT

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    333 TGAAGATATTGCCAGGCTTTGTCAAACATCACACAGATTTGCAAAG    
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>.
 174365 TGAAGATATTGCCAGGCTTTGTCAAACATCACACAGATTTGCAAAGGTA.

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    379      CTGTGCATGTCTGATAAACTGTGGGAACAGATAGTCCAGTCGACC
        ..>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 174415 ..CAGCTGTGCATGTCTGATAAACTGTGGGAACAGATAGTCCAGTCGACC

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    424 TGCGACACCATCACTCCTGACGTGAGGGCCCTGGCGGAGGACACAGGCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 188228 TGCGACACCATCACTCCTGACGTGAGGGCCCTGGCGGAGGACACAGGCTG

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    474 GAGACAGCTGTTCTTCACCAACAAGCTCCAGCTCCAGCGGCAGCTCCGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 188278 GAGACAGCTGTTCTTCACCAACAAGCTCCAGCTCCAGCGGCAGCTCCGCA

    550     .    :    .    :    .    :    .    :
    524 AGAGGAAACAAAAATATGGAAACCTGAGAGAAAAGCAACCT
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 188328 AGAGGAAACAAAAATATGGAAACCTGAGAGAAAAGCAACCT