seq1 = pF1KE4009.tfa, 2484 bp
seq2 = pF1KE4009/gi568815592r_106968707.tfa (gi568815592r:106968707_107198755), 230049 bp

>pF1KE4009 2484
>gi568815592r:106968707_107198755 (Chr6)

(complement)

1-37  (99471-99507)   100% ->
38-240  (100003-100205)   100% ->
241-2484  (127806-130049)   99%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGAACTCAACTGAATTCACCGAAGATGTAGAAGAAG         TTCT
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||
  99471 ATGAACTCAACTGAATTCACCGAAGATGTAGAAGAAGGTA...CAGTTCT

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     42 AAAAAGTATCACTGTGAAAGTGGAGACAGAGGCTGAAGATGCTGCTCTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100007 AAAAAGTATCACTGTGAAAGTGGAGACAGAGGCTGAAGATGCTGCTCTGG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 ACTGCTCCGTGAATTCCAGGACTTCTGAGAAGCACTCTGTGGACAGCGTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100057 ACTGCTCCGTGAATTCCAGGACTTCTGAGAAGCACTCTGTGGACAGCGTC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 CTCACTGCCCTGCAGGACTCCAGCAAACGAAAGCAGCTGGTCAGCGATGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100107 CTCACTGCCCTGCAGGACTCCAGCAAACGAAAGCAGCTGGTCAGCGATGG

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 CCTGCTAGACTCTGTCCCCGGCGTGAAGAGGAGGCGGCTGATCCCCGAG 
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>
 100157 CCTGCTAGACTCTGTCCCCGGCGTGAAGAGGAGGCGGCTGATCCCCGAGG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    241         GCTCTCCTAGCAGGCATGCGGAACCGTGAGAACAGCTCGCCC
        >>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100207 TG...CAGGCTCTCCTAGCAGGCATGCGGAACCGTGAGAACAGCTCGCCC

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 TGCCAAGGCAATGGTGAGCAGGCCGGCAGGGGCAGGAGCCTGGGCAATGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 127848 TGCCAAGGCAATGGTGAGCAGGCCGGCAGGGGCAGGAGCCTGGGCAATGT

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    333 GTGGCCTGGAGAGGAGGAGCCCTGCAACGATGCCACCACCCCTTCCTACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 127898 GTGGCCTGGAGAGGAGGAGCCCTGCAACGATGCCACCACCCCTTCCTACA

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    383 AGAAGCCTCTGTATGGCATCTCGCACAAGATCATGGAGAAGAAGAATCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 127948 AGAAGCCTCTGTATGGCATCTCGCACAAGATCATGGAGAAGAAGAATCCT

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    433 CCCTCGGGGGACCTGCTAAACGTGTACGAGCTCTTTGAGAAGGCAAACGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 127998 CCCTCGGGGGACCTGCTAAACGTGTACGAGCTCTTTGAGAAGGCAAACGC

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    483 CAGCAACAGCCCCTCGTCACTGCGGCTCCTGAATGAGCCACAGAAGCGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 128048 CAGCAACAGCCCCTCGTCACTGCGGCTCCTGAATGAGCCACAGAAGCGGG

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    533 ACTGTGGCAGCACCGGGGCAGGCACTGACAACGACCCCAACATCTACTTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 128098 ACTGTGGCAGCACCGGGGCAGGCACTGACAACGACCCCAACATCTACTTC

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    583 CTGATCCAGAAGATGTTCTACATGCTGAACACCCTCACGTCCAACATGTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 128148 CTGATCCAGAAGATGTTCTACATGCTGAACACCCTCACGTCCAACATGTC

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    633 CCAGCTGCACAGCAAGGTGGACCTGCTCTCCCTTGAGGTGAGCCGCATCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 128198 CCAGCTGCACAGCAAGGTGGACCTGCTCTCCCTTGAGGTGAGCCGCATCA

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    683 AGAAGCAGGTGAGCCCCACTGAGATGGTGGCCAAATTCCAGCCGCCCCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 128248 AGAAGCAGGTGAGCCCCACTGAGATGGTGGCCAAATTCCAGCCGCCCCCT

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    733 GAGTACCAGCTCACAGCCGCAGAGCTCAAGCAGATCGTGGACCAGAGCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 128298 GAGTACCAGCTCACAGCCGCAGAGCTCAAGCAGATCGTGGACCAGAGCCT

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    783 GTCAGGGGGGGACCTGGCCTGCCGCTTGCTGGTGCAGCTCTTCCCCGAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 128348 GTCAGGGGGGGACCTGGCCTGCCGCTTGCTGGTGCAGCTCTTCCCCGAGC

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    833 TCTTCAGCGACGTGGACTTCTCCCGGGGCTGCAGTGCCTGTGGCTTTGCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 128398 TCTTCAGCGACGTGGACTTCTCCCGGGGCTGCAGTGCCTGTGGCTTTGCG

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    883 GCCAAGCGCAAGCTGGAGTCGCTGCACCTGCAGCTCATCCGCAACTATGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 128448 GCCAAGCGCAAGCTGGAGTCGCTGCACCTGCAGCTCATCCGCAACTATGT

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    933 GGAGGTCTACTACCCCTCGGTGAAGGACACGGCTGTGTGGCAGGCCGAGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 128498 GGAGGTCTACTACCCCTCGGTGAAGGACACGGCTGTGTGGCAGGCCGAGT

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    983 GCCTGCCCCAGCTGAATGACTTCTTCAGCCGCTTCTGGGCCCAGCGGGAA
        |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||
 128548 GCCTGCCCCAGCTGAACGACTTCTTCAGCCGCTTCTGGGCCCAGCGGGAA

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1033 ATGGAGGACAGCCAGCCCAGCGGCCAGGTCGCCAGCTTCTTTGAGGCAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 128598 ATGGAGGACAGCCAGCCCAGCGGCCAGGTCGCCAGCTTCTTTGAGGCAGA

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1083 GCAGGTGGACCCCGGCCACTTCCTGGACAACAAAGACCAGGAGGAGGCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 128648 GCAGGTGGACCCCGGCCACTTCCTGGACAACAAAGACCAGGAGGAGGCCC

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1133 TGTCTCTTGACCGGAGCAGCACCATCGCCTCAGACCACGTGGTGGACACG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 128698 TGTCTCTTGACCGGAGCAGCACCATCGCCTCAGACCACGTGGTGGACACG

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1183 CAGGACCTCACTGAGTTCCTGGACGAAGCCTCCTCACCAGGCGAGTTTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 128748 CAGGACCTCACTGAGTTCCTGGACGAAGCCTCCTCACCAGGCGAGTTTGC

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1233 CGTCTTCCTCCTCCACCGGCTCTTCCCCGAGCTCTTCGACCACCGCAAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 128798 CGTCTTCCTCCTCCACCGGCTCTTCCCCGAGCTCTTCGACCACCGCAAGC

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1283 TGGGTGAACAGTACAGCTGCTACGGGGACGGTGGAAAGCAGGAGCTGGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 128848 TGGGTGAACAGTACAGCTGCTACGGGGACGGTGGAAAGCAGGAGCTGGAC

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1333 CCGCAGCGGCTGCAGATCATCCGCAACTACACGGAGATCTACTTCCCTGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 128898 CCGCAGCGGCTGCAGATCATCCGCAACTACACGGAGATCTACTTCCCTGA

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1383 CATGCAGGAGGAGGAGGCCTGGCTGCAGCAGTGTGCCCAGCGCATCAACG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 128948 CATGCAGGAGGAGGAGGCCTGGCTGCAGCAGTGTGCCCAGCGCATCAACG

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1433 ACGAGCTCGAGGGCCTGGGGCTGGACGCGGGCAGTGAAGGCGACCCCCCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 128998 ACGAGCTCGAGGGCCTGGGGCTGGACGCGGGCAGTGAAGGCGACCCCCCG

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1483 CGTGATGACTGCTACGACTCCTCCAGTCTGCCCGACGACATCTCAGTGGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 129048 CGTGATGACTGCTACGACTCCTCCAGTCTGCCCGACGACATCTCAGTGGT

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1533 CAAGGTGGAGGACAGCTTCGAGGGCGAGCGGCCGGGTCGCCGCTCCAAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 129098 CAAGGTGGAGGACAGCTTCGAGGGCGAGCGGCCGGGTCGCCGCTCCAAGA

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1583 AGATCTGGCTGGTGCCCATCGACTTCGACAAGTTAGAGATCCCCCAGCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 129148 AGATCTGGCTGGTGCCCATCGACTTCGACAAGTTAGAGATCCCCCAGCCT

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1633 GACTTCGAGGTGCCCGGTGCCGACTGCCTGCTCAGCAAGGAGCAGCTACG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 129198 GACTTCGAGGTGCCCGGTGCCGACTGCCTGCTCAGCAAGGAGCAGCTACG

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1683 CAGCATCTACGAGAGCAGCCTGTCCATCGGCAACTTCGCCTCGCGCCTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 129248 CAGCATCTACGAGAGCAGCCTGTCCATCGGCAACTTCGCCTCGCGCCTGC

   1750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1733 TGGTGCACCTGTTCCCCGAGCTCTTCACGCACGAGAACCTGCGCAAGCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 129298 TGGTGCACCTGTTCCCCGAGCTCTTCACGCACGAGAACCTGCGCAAGCAG

   1800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1783 TACAACTGCAGCGGCTCCCTGGGCAAGAAGCAGCTGGACCCCTCCCGCAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 129348 TACAACTGCAGCGGCTCCCTGGGCAAGAAGCAGCTGGACCCCTCCCGCAT

   1850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1833 CAAGCTCATCCGCCACTACGTGCAGCTGCTCTACCCACGCGCCAAAAACG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 129398 CAAGCTCATCCGCCACTACGTGCAGCTGCTCTACCCACGCGCCAAAAACG

   1900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1883 ACCGCGTCTGGACCCTGGAGTTCGTGGGCAAACTGGATGAGCGCTGCCGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 129448 ACCGCGTCTGGACCCTGGAGTTCGTGGGCAAACTGGATGAGCGCTGCCGG

   1950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1933 CGCCGGGACACGGAGCAAAGGCGCTCCTACCAGCAGCAGCGCAAGGTCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 129498 CGCCGGGACACGGAGCAAAGGCGCTCCTACCAGCAGCAGCGCAAGGTCCA

   2000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1983 CGTGCCGGGCCCTGAGTGCAGAGACTTGACCAGCTATGCAATCAACCCCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 129548 CGTGCCGGGCCCTGAGTGCAGAGACTTGACCAGCTATGCAATCAACCCCG

   2050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2033 AGAGGTTCCGGGAGGAGTTTGAGGGGCCCCCACTGCCCCCCGAGAGGAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 129598 AGAGGTTCCGGGAGGAGTTTGAGGGGCCCCCACTGCCCCCCGAGAGGAGC

   2100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2083 AGCAAGGACTTTTGCAAGATCCCCTTGGACGAGCTGGTGGTCCCCTCGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 129648 AGCAAGGACTTTTGCAAGATCCCCTTGGACGAGCTGGTGGTCCCCTCGCC

   2150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2133 TGACTTCCCGGTGCCTTCTCCCTACCTGCTGTCTGACAAGGAGGTGCGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 129698 TGACTTCCCGGTGCCTTCTCCCTACCTGCTGTCTGACAAGGAGGTGCGTG

   2200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2183 AGATCGTGCAGCAGAGCCTCTCCGTGGGCAACTTTGCCGCCCGGCTCCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 129748 AGATCGTGCAGCAGAGCCTCTCCGTGGGCAACTTTGCCGCCCGGCTCCTC

   2250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2233 GTCCGCCTGTTTCCCGAACTCTTCACCGCCGAGAACCTCCGGCTGCAGTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 129798 GTCCGCCTGTTTCCCGAACTCTTCACCGCCGAGAACCTCCGGCTGCAGTA

   2300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2283 CAACCATTCCGGGGCTTGCAACAAGAAGCAACTGGACCCCACGCGGCTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 129848 CAACCATTCCGGGGCTTGCAACAAGAAGCAACTGGACCCCACGCGGCTGC

   2350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2333 GGCTCATCCGCCACTACGTGGAAGCCGTCTACCCGGTGGAGAAGATGGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 129898 GGCTCATCCGCCACTACGTGGAAGCCGTCTACCCGGTGGAGAAGATGGAG

   2400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2383 GAGGTGTGGCACTACGAATGTATCCCCAGCATCGATGAGAGGTGCCGCCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 129948 GAGGTGTGGCACTACGAATGTATCCCCAGCATCGATGAGAGGTGCCGCCG

   2450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2433 CCCCAACAGGAAAAAATGCGACATCCTCAAGAAAGCAAAGAAAGTGGAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 129998 CCCCAACAGGAAAAAATGCGACATCCTCAAGAAAGCAAAGAAAGTGGAGA

   2500 
   2483 AG
        ||
 130048 AG