seq1 = pF1KE4002.tfa, 609 bp
seq2 = pF1KE4002/gi568815581f_35635185.tfa (gi568815581f:35635185_35841302), 206118 bp

>pF1KE4002 609
>gi568815581f:35635185_35841302 (Chr17)

1-216  (100001-100216)   100% ->
217-341  (105225-105349)   100% ->
342-609  (105851-106118)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGTCTCCACCTACCGGGTGGCCGTGCTGGGGGCGCGAGGTGTGGGCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGTCTCCACCTACCGGGTGGCCGTGCTGGGGGCGCGAGGTGTGGGCAA

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 GAGTGCCATCGTGCGCCAGTTCTTGTACAACGAGTTCAGCGAGGTCTGCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 GAGTGCCATCGTGCGCCAGTTCTTGTACAACGAGTTCAGCGAGGTCTGCG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 TCCCCACCACCGCCCGCCGCCTTTACCTGCCTGCTGTCGTCATGAACGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 TCCCCACCACCGCCCGCCGCCTTTACCTGCCTGCTGTCGTCATGAACGGC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 CACGTGCACGACCTCCAGATCCTCGACTTTCCACCCATCAGCGCCTTCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100151 CACGTGCACGACCTCCAGATCCTCGACTTTCCACCCATCAGCGCCTTCCC

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 TGTCAATACGCTCCAG         GAGTGGGCAGACACCTGCTGCAGGG
        ||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||
 100201 TGTCAATACGCTCCAGGTA...CAGGAGTGGGCAGACACCTGCTGCAGGG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 GACTCCGGAGTGTCCACGCCTACATCCTGGTCTACGACATCTGCTGCTTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105250 GACTCCGGAGTGTCCACGCCTACATCCTGGTCTACGACATCTGCTGCTTT

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    292 GACAGCTTTGAGTACGTCAAGACCATCCGCCAGCAGATCCTGGAGACGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105300 GACAGCTTTGAGTACGTCAAGACCATCCGCCAGCAGATCCTGGAGACGAG

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    342          GGTGATCGGAACCTCAGAGACGCCCATCATCATCGTGGGCA
        >>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105350 GTG...CAGGGTGATCGGAACCTCAGAGACGCCCATCATCATCGTGGGCA

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    383 ACAAGCGGGACCTGCAGCGCGGACGCGTGATCCCGCGCTGGAACGTGTCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105892 ACAAGCGGGACCTGCAGCGCGGACGCGTGATCCCGCGCTGGAACGTGTCG

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    433 CACCTGGTACGCAAGACCTGGAAGTGCGGCTACGTGGAATGCTCGGCCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105942 CACCTGGTACGCAAGACCTGGAAGTGCGGCTACGTGGAATGCTCGGCCAA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    483 GTACAACTGGCACATCCTGCTGCTCTTCAGCGAGCTGCTCAAGAGCGTCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105992 GTACAACTGGCACATCCTGCTGCTCTTCAGCGAGCTGCTCAAGAGCGTCG

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    533 GCTGCGCCCGTTGCAAGCACGTGCACGCTGCCCTGCGCTTCCAGGGCGCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106042 GCTGCGCCCGTTGCAAGCACGTGCACGCTGCCCTGCGCTTCCAGGGCGCG

    600     .    :    .    :    .
    583 CTGCGCCGCAACCGCTGCGCCATCATG
        |||||||||||||||||||||||||||
 106092 CTGCGCCGCAACCGCTGCGCCATCATG