seq1 = pF1KE4001.tfa, 558 bp
seq2 = pF1KE4001/gi568815597r_202034470.tfa (gi568815597r:202034470_202244572), 210103 bp

>pF1KE4001 558
>gi568815597r:202034470_202244572 (Chr1)

(complement)

1-123  (100001-100123)   100% ->
124-204  (106125-106205)   100% ->
205-278  (106535-106608)   100% ->
279-372  (108773-108866)   100% ->
373-440  (109047-109114)   100% ->
441-511  (109353-109423)   100% ->
512-558  (110057-110103)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGATCGCTTTGTTCAACAAGCTGCTGGACTGGTTCAAGGCCCTATTCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGATCGCTTTGTTCAACAAGCTGCTGGACTGGTTCAAGGCCCTATTCTG

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 GAAGGAGGAGATGGAGCTCACGCTGGTCGGGCTTCAGTACTCGGGCAAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 GAAGGAGGAGATGGAGCTCACGCTGGTCGGGCTTCAGTACTCGGGCAAGA

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 CCACCTTCGTCAACGTGATCGCG         TCAGGACAGTTCAACGAG
        |||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||
 100101 CCACCTTCGTCAACGTGATCGCGGTA...CAGTCAGGACAGTTCAACGAG

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 GACATGATCCCCACCGTGGGTTTCAACATGCGCAAAATCACCAAAGGGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106143 GACATGATCCCCACCGTGGGTTTCAACATGCGCAAAATCACCAAAGGGAA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 TGTGACTATCAAG         CTCTGGGACATTGGGGGACAGCCGCGTT
        |||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||
 106193 TGTGACTATCAAGGTG...CAGCTCTGGGACATTGGGGGACAGCCGCGTT

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    233 TCCGCAGCATGTGGGAGCGCTACTGCCGAGGAGTGAGCGCCATCGT    
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>.
 106563 TCCGCAGCATGTGGGAGCGCTACTGCCGAGGAGTGAGCGCCATCGTGTA.

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    279      GTACATGGTGGATGCTGCTGACCAGGAGAAGATTGAGGCCTCTAA
        ..>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106613 ..CAGGTACATGGTGGATGCTGCTGACCAGGAGAAGATTGAGGCCTCTAA

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    324 GAACGAGCTCCACAACCTACTGGACAAACCTCAGCTGCAGGGCATCCCG 
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>
 108818 GAACGAGCTCCACAACCTACTGGACAAACCTCAGCTGCAGGGCATCCCGG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    373         GTCTTAGTCCTGGGTAACAAGCGAGACCTTCCGGGAGCATTG
        >>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108868 TC...TAGGTCTTAGTCCTGGGTAACAAGCGAGACCTTCCGGGAGCATTG

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    415 GATGAGAAGGAGCTGATTGAGAAAAT         GAATCTGTCTGCCAT
        ||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||
 109089 GATGAGAAGGAGCTGATTGAGAAAATGTG...CAGGAATCTGTCTGCCAT

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    456 CCAGGACCGAGAGATCTGCTGCTACTCCATCTCTTGCAAAGAAAAGGACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109368 CCAGGACCGAGAGATCTGCTGCTACTCCATCTCTTGCAAAGAAAAGGACA

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    506 ACATTG         ACATCACCCTACAGTGGCTTATTCAACACTCGAAG
        ||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109418 ACATTGGTG...CAGACATCACCCTACAGTGGCTTATTCAACACTCGAAG

    600     .    :
    547 TCACGGAGAAGC
        ||||||||||||
 110092 TCACGGAGAAGC