seq1 = pF1KE3996.tfa, 702 bp
seq2 = pF1KE3996/gi568815579f_33700455.tfa (gi568815579f:33700455_33911551), 211097 bp

>pF1KE3996 702
>gi568815579f:33700455_33911551 (Chr19)

1-66  (100001-100066)   100% ->
67-242  (100713-100888)   99% ->
243-387  (106409-106553)   100% ->
388-697  (110793-111101)   98%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGCCTCACCGCAAGGAGCGGCCGAGCGGGTCCTCGCTTCACACACACGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGCCTCACCGCAAGGAGCGGCCGAGCGGGTCCTCGCTTCACACACACGG

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 CAGCACCGGCACCGCG         GAGGGAGGAAACATGTCCCGGCTGT
        ||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||
 100051 CAGCACCGGCACCGCGGTG...TAGGAGGGAGGAAACATGTCCCGGCTGT

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 CTCTCACCCGGTCGCCTGTGTCTCCCCTGGCTGCCCAGGGCATCCCCCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100738 CTCTCACCCGGTCGCCTGTGTCTCCCCTGGCTGCCCAGGGCATCCCCCTG

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 CCAGCCCAGCTCACCAAGTCCAATGCACCTGTGCACATCGATGTGGGCAG
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
 100788 CCAGCCCAGCTCACCAAGTCCAATGCACCTGTGCACATCGATGTGGGCGG

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 CCACATGTACACCAGCAGCCTGGCCACGCTCACCAAGTACCCTGACTCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100838 CCACATGTACACCAGCAGCCTGGCCACGCTCACCAAGTACCCTGACTCCA

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 G         GATAAGCCGCCTCTTCAATGGCACTGAACCCATCGTCCTG
        |>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100888 GGTA...CAGGATAAGCCGCCTCTTCAATGGCACTGAACCCATCGTCCTG

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 GACAGTTTGAAGCAACATTATTTCATTGACCGGGATGGGGAGATTTTCCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106449 GACAGTTTGAAGCAACATTATTTCATTGACCGGGATGGGGAGATTTTCCG

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    333 CTACGTCCTGAGCTTCCTGCGGACGTCCAAGCTGCTGCTTCCGGATGACT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106499 CTACGTCCTGAGCTTCCTGCGGACGTCCAAGCTGCTGCTTCCGGATGACT

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    383 TTAAG         GACTTCAGTCTGCTGTACGAGGAGGCGCGCTACTAT
        |||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106549 TTAAGGTA...CAGGACTTCAGTCTGCTGTACGAGGAGGCGCGCTACTAT

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    424 CAGCTCCAGCCCATGGTGCGCGAGCTGGAGCGCTGGCAGCAGGAGCAGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110829 CAGCTCCAGCCCATGGTGCGCGAGCTGGAGCGCTGGCAGCAGGAGCAGGA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    474 GCAGCGGCGCCGCAGCCGGGCCTGTGACTGCCTGGTGGTGCGCGTTACGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||
 110879 GCAGCGGCGCCGCAGCCGGGCCTGTGACTGCCTGGTGGTGCGCGTCACGC

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    524 CCGACTTGGGCGAGCGGATCGCACTCAGCGGCGAGAAGGCCCTCATCGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110929 CCGACTTGGGCGAGCGGATCGCACTCAGCGGCGAGAAGGCCCTCATCGAG

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    574 GAGGTCTTCCCCGAGACCGGAGACGTCATGTGCAACTCCGTCAACGCCGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110979 GAGGTCTTCCCCGAGACCGGAGACGTCATGTGCAACTCCGTCAACGCCGG

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    624 CTGGAACCAGGACCCCACGCACGTCATCCGCTTCCCGCTCAATGGCTACT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111029 CTGGAACCAGGACCCCACGCACGTCATCCGCTTCCCGCTCAATGGCTACT

    700     .    :    .    :
    674 GCCGGCTCAACTCGGTACAACATG
        |||||||||||||||||||  -||
 111079 GCCGGCTCAACTCGGTACAGG TG