seq1 = pF1KE3994.tfa, 1263 bp
seq2 = pF1KE3994/gi568815589r_129537793.tfa (gi568815589r:129537793_129741999), 204207 bp

>pF1KE3994 1263
>gi568815589r:129537793_129741999 (Chr9)

(complement)

1-113  (100001-100113)   100% ->
114-295  (101278-101459)   99% ->
296-402  (102492-102598)   100% ->
403-511  (102690-102798)   100% ->
512-598  (103341-103427)   100% ->
599-1263  (103543-104207)   99%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGCCGTTCCTGCACGGCTTCCGGAGGATCATCTTCGAGTACCAGCCGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGCCGTTCCTGCACGGCTTCCGGAGGATCATCTTCGAGTACCAGCCGCT

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 GGTGGATGCGATTCTGGGCTCCCTGGGGATCCAGGACCCCGAGCGGCAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 GGTGGATGCGATTCTGGGCTCCCTGGGGATCCAGGACCCCGAGCGGCAGG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 AGTCTCTGGACCG         GCCCAGTTATGTCGCCAGCGAGGAGAGC
        |||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||
 100101 AGTCTCTGGACCGGTA...CAGGCCCAGTTATGTCGCCAGCGAGGAGAGC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 CGAATCCTTGTTCTCACTGAGCTGCTGGAGAGGAAAGCCCACTCTCCCTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101306 CGAATCCTTGTTCTCACTGAGCTGCTGGAGAGGAAAGCCCACTCTCCCTT

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 TTACCAGGAAGGCGTCAGCAACGCCCTGCTCAAGATGGCTGAGCTGGGGC
        ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101356 TTACCAGGAAGGCGTGAGCAACGCCCTGCTCAAGATGGCTGAGCTGGGGC

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 TGACGCGGGCGGCCGACGTTCTCTTGCGGCATGGGGCCAATCTCAACTTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101406 TGACGCGGGCGGCCGACGTTCTCTTGCGGCATGGGGCCAATCTCAACTTT

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    292 GAAG         ACCCAGTCACCTACTACACGGCCTTGCACATCGCCGT
        ||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101456 GAAGGTC...CAGACCCAGTCACCTACTACACGGCCTTGCACATCGCCGT

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    333 CCTGCGGAACCAGCCGGACATGGTGGAGCTGCTGGTGCATCACGGGGCCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102529 CCTGCGGAACCAGCCGGACATGGTGGAGCTGCTGGTGCATCACGGGGCCG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    383 ACGTTAATCGGAGGGACCGG         ATCCACGAGAGTAGCCCCTTG
        ||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||
 102579 ACGTTAATCGGAGGGACCGGGTA...CAGATCCACGAGAGTAGCCCCTTG

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    424 GACCTGGCCAGCGAGGAGCCTGAGCGCCTGCCCTGCCTGCAGCGCCTCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102711 GACCTGGCCAGCGAGGAGCCTGAGCGCCTGCCCTGCCTGCAGCGCCTCCT

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    474 GGACCTTGGAGCTGATGTCAATGCCGCTGACAAGCATG         GAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||
 102761 GGACCTTGGAGCTGATGTCAATGCCGCTGACAAGCATGGTG...TAGGAA

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    515 AAACTGCTCTGCTCCATGCTCTGGCCAGCAGCGACGGGGTGCAGATCCAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103344 AAACTGCTCTGCTCCATGCTCTGGCCAGCAGCGACGGGGTGCAGATCCAC

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    565 AATACTGAGAACATTCGTCTCTTACTGGAAGGAG         GGGCAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||
 103394 AATACTGAGAACATTCGTCTCTTACTGGAAGGAGGTG...TAGGGGCAGA

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    606 CGTCAAGGCCACCACCAAAGATGGGGACACAGTGTTCACCTGCATCATCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103550 CGTCAAGGCCACCACCAAAGATGGGGACACAGTGTTCACCTGCATCATCT

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    656 TCCTGCTTGGTGAGACCGTGGGAGGGGACAAAGAGGAGGCCCAGATGATC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103600 TCCTGCTTGGTGAGACCGTGGGAGGGGACAAAGAGGAGGCCCAGATGATC

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    706 AACCGCTTCTGCTTCCAAGTCACACGGCTGCTGCTGGCACACGGGGCCGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103650 AACCGCTTCTGCTTCCAAGTCACACGGCTGCTGCTGGCACACGGGGCCGA

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    756 CCCCAGCGAGTGCCCAGCCCACGAGTCCCTCACCCACATCTGCCTGAAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103700 CCCCAGCGAGTGCCCAGCCCACGAGTCCCTCACCCACATCTGCCTGAAGA

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    806 GCTTTAAACTGCACTTCCCTCTCCTGCGCTTCCTCCTGGAGTCCGGAGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 
 103750 GCTTTAAACTGCACTTCCCTCTCCTGCGCTTCCTCCTGGAGTCCGGAGCC

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    856 GCCTACAACTGCTCCCTGCACGGTGCGTCCTGCTGGTCTGGCTTTCACAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103800 GCCTACAACTGCTCCCTGCACGGTGCGTCCTGCTGGTCTGGCTTTCACAT

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    906 CATCTTTGAGAGGCTCTGTTCCCACCCAGGCTGCACGGAAGACGAGAGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103850 CATCTTTGAGAGGCTCTGTTCCCACCCAGGCTGCACGGAAGACGAGAGCC

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    956 ATGCGGACCTCCTGCGCAAAGCTGAGACTGTCCTGGATCTCATGGTGACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103900 ATGCGGACCTCCTGCGCAAAGCTGAGACTGTCCTGGATCTCATGGTGACC

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1006 AACTCTCAGAAACTCCAGCTGCCCGAAAACTTCGATATCCACCCTGTGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103950 AACTCTCAGAAACTCCAGCTGCCCGAAAACTTCGATATCCACCCTGTGGG

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1056 CAGCCTGGCGGAAAAGATCCAGGCCCTCCACTTCTCCTTGAGGCAGCTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104000 CAGCCTGGCGGAAAAGATCCAGGCCCTCCACTTCTCCTTGAGGCAGCTGG

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1106 AGAGCTATCCCCCGCCCCTCAAGCACCTGTGCCGTGTGGCCATCCGGCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104050 AGAGCTATCCCCCGCCCCTCAAGCACCTGTGCCGTGTGGCCATCCGGCTC

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1156 TACCTTCAGCCGTGGCCTGTGGATGTGAAGGTCAAAGCCCTGCCTCTGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104100 TACCTTCAGCCGTGGCCTGTGGATGTGAAGGTCAAAGCCCTGCCTCTGCC

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1206 CGACAGGCTGAAGTGGTACCTCCTTAGCGAGCACAGTGGCTCCGTGGAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104150 CGACAGGCTGAAGTGGTACCTCCTTAGCGAGCACAGTGGCTCCGTGGAAG

   1300     .
   1256 ATGACATC
        ||||||||
 104200 ATGACATC