seq1 = pF1KE3992.tfa, 1155 bp
seq2 = pF1KE3992/gi568815593f_112876934.tfa (gi568815593f:112876934_113113481), 236548 bp

>pF1KE3992 1155
>gi568815593f:112876934_113113481 (Chr5)

1-53  (100001-100053)   100% ->
54-205  (108902-109053)   100% ->
206-333  (115188-115315)   100% ->
334-432  (115739-115837)   100% ->
433-585  (124151-124303)   100% ->
586-698  (124424-124536)   100% ->
699-806  (124634-124741)   100% ->
807-942  (127009-127144)   100% ->
943-994  (133823-133874)   100% ->
995-1155  (136388-136548)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGAGACCAAACGGGTGGAGATTCCCGGCAGCGTCCTGGACGATCTCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGAGACCAAACGGGTGGAGATTCCCGGCAGCGTCCTGGACGATCTCTG

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 CAG         CCGATTTATTTTGCATATTCCCAGCGAGGAAAGAGACA
        |||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 CAGGTA...CAGCCGATTTATTTTGCATATTCCCAGCGAGGAAAGAGACA

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 ATGCAATCCGAGTGTGTTTTCAGATTGAACTTGCCCATTGGTTTTACTTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108940 ATGCAATCCGAGTGTGTTTTCAGATTGAACTTGCCCATTGGTTTTACTTG

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 GATTTCTACATGCAGAACACACCAGGATTACCTCAGTGTGGGATAAGAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108990 GATTTCTACATGCAGAACACACCAGGATTACCTCAGTGTGGGATAAGAGA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 CTTTGCTAAAGCTG         TCTTCAGTCATTGTCCGTTTTTGCTGC
        ||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||
 109040 CTTTGCTAAAGCTGATA...TACTCTTCAGTCATTGTCCGTTTTTGCTGC

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    233 CTCAAGGTGAAGATGTGGAAAAAGTTTTGGATGAATGGAAGGAATATAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115215 CTCAAGGTGAAGATGTGGAAAAAGTTTTGGATGAATGGAAGGAATATAAA

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 ATGGGAGTACCAACATATGGTGCAATTATTCTTGATGAGACACTTGAAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115265 ATGGGAGTACCAACATATGGTGCAATTATTCTTGATGAGACACTTGAAAA

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    333 T         GTACTACTAGTTCAGGGGTACCTAGCAAAATCAGGCTGGG
        |>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115315 TGTG...TAGGTACTACTAGTTCAGGGGTACCTAGCAAAATCAGGCTGGG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    374 GATTTCCAAAAGGAAAAGTAAATAAAGAAGAAGCTCCTCATGATTGTGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115779 GATTTCCAAAAGGAAAAGTAAATAAAGAAGAAGCTCCTCATGATTGTGCT

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    424 GCTAGAGAG         GTCTTTGAAGAAACTGGTTTTGATATCAAAGA
        |||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||
 115829 GCTAGAGAGGTA...CAGGTCTTTGAAGAAACTGGTTTTGATATCAAAGA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    465 CTATATTTGTAAGGATGATTACATTGAACTTCGAATCAATGACCAGCTTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 124183 CTATATTTGTAAGGATGATTACATTGAACTTCGAATCAATGACCAGCTTG

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    515 CTCGTTTGTACATCATTCCAGGAATTCCAAAAGACACAAAATTTAACCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 124233 CTCGTTTGTACATCATTCCAGGAATTCCAAAAGACACAAAATTTAACCCA

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    565 AAAACTAGAAGAGAAATTCGG         AACATTGAGTGGTTCTCTAT
        |||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||
 124283 AAAACTAGAAGAGAAATTCGGGTA...CAGAACATTGAGTGGTTCTCTAT

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    606 TGAGAAATTGCCTTGTCATAGAAATGATATGACCCCCAAATCCAAACTTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 124444 TGAGAAATTGCCTTGTCATAGAAATGATATGACCCCCAAATCCAAACTTG

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    656 GTTTGGCACCTAACAAATTTTTTATGGCCATTCCCTTTATCAG       
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>
 124494 GTTTGGCACCTAACAAATTTTTTATGGCCATTCCCTTTATCAGGTG...C

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    699   ACCATTAAGGGACTGGCTTTCTCGAAGATTTGGCGATTCCTCAGACAG
        >>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 124632 AGACCATTAAGGGACTGGCTTTCTCGAAGATTTGGCGATTCCTCAGACAG

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    747 TGACAATGGATTTTCCTCAACTGGTAGCACGCCGGCTAAACCCACTGTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 124682 TGACAATGGATTTTCCTCAACTGGTAGCACGCCGGCTAAACCCACTGTGG

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    797 AAAAATTGAG         TCGAACCAAATTCCGCCACAGTCAGCAGTTA
        ||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||
 124732 AAAAATTGAGGTA...TAGTCGAACCAAATTCCGCCACAGTCAGCAGTTA

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    838 TTTCCTGACGGTTCTCCTGGTGACCAGTGGGTAAAGCACAGGCAACCACT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 127040 TTTCCTGACGGTTCTCCTGGTGACCAGTGGGTAAAGCACAGGCAACCACT

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    888 GCAGCAAAAGCCATATAATAATCATTCTGAAATGTCTGACCTTTTAAAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 127090 GCAGCAAAAGCCATATAATAATCATTCTGAAATGTCTGACCTTTTAAAAG

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    938 GAAAG         AAGTGTGAAAAGAAACTTCATCCACGGAAACTTCAG
        |||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 127140 GAAAGGTG...TAGAAGTGTGAAAAGAAACTTCATCCACGGAAACTTCAG

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    979 GATAATTTTGAAACAG         ATGCTGTATATGACTTGCCTAGCTC
        ||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||
 133859 GATAATTTTGAAACAGGCA...CAGATGCTGTATATGACTTGCCTAGCTC

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1020 CAGTGAAGACCAGTTGCTAGAACATGCTGAGGGACAGCCCGTGGCATGTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 136413 CAGTGAAGACCAGTTGCTAGAACATGCTGAGGGACAGCCCGTGGCATGTA

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1070 ATGGACATTGCAAGTTCCCCTTTTCATCCAGAGCCTTTTTGAGTTTCAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 136463 ATGGACATTGCAAGTTCCCCTTTTCATCCAGAGCCTTTTTGAGTTTCAAG

   1200     .    :    .    :    .    :    .
   1120 TTTGACCATAATGCTATAATGAAAATCTTGGACCTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 136513 TTTGACCATAATGCTATAATGAAAATCTTGGACCTT