seq1 = pF1KE3988.tfa, 984 bp
seq2 = pF1KE3988/gi568815594r_153610372.tfa (gi568815594r:153610372_153859862), 249491 bp

>pF1KE3988 984
>gi568815594r:153610372_153859862 (Chr4)

(complement)

1-66  (100001-100066)   100% ->
67-104  (108388-108425)   100% ->
105-246  (111077-111218)   100% ->
247-401  (131502-131656)   100% ->
402-509  (136405-136512)   100% ->
510-630  (139559-139679)   100% ->
631-764  (144201-144334)   100% ->
765-866  (147287-147388)   100% ->
867-984  (149374-149491)   99%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGCCGCGGGGACGGCGGCGCGGAAGGCAGCGCCGGTGCTGGAGGCCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGCCGCGGGGACGGCGGCGCGGAAGGCAGCGCCGGTGCTGGAGGCCCC

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 CCCGCAGCAGGAGCAG         CTCTCTCATACAAAGCTTTCTGCAG
        ||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||
 100051 CCCGCAGCAGGAGCAGGTA...CAGCTCTCTCATACAAAGCTTTCTGCAG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 AAGACACATGGAA         CCTGCAGCAGGAGAGGATGTACAAGATG
        |||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||
 108413 AAGACACATGGAAGTA...CAGCCTGCAGCAGGAGAGGATGTACAAGATG

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    133 CACCGGGGCCACGATTCCATGCACGTGGAAATGATCTTGATCTTCCTCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111105 CACCGGGGCCACGATTCCATGCACGTGGAAATGATCTTGATCTTCCTCTG

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    183 CGTTCTGGTCATTGCCCAGATAGTGCTGGTTCAGTGGAGACAGAGGCATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111155 CGTTCTGGTCATTGCCCAGATAGTGCTGGTTCAGTGGAGACAGAGGCATG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    233 GCCGATCCTACAAT         CTGGTGACCTTGTTGCAGATGTGGGTT
        ||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||
 111205 GCCGATCCTACAATGTG...CAGCTGGTGACCTTGTTGCAGATGTGGGTT

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    274 GTCCCCTTATATTTCACGATAAAATTATACTGGTGGCGGTTTCTGTCTAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 131529 GTCCCCTTATATTTCACGATAAAATTATACTGGTGGCGGTTTCTGTCTAT

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    324 GTGGGGGATGTTCTCCGTTATTACCAGTTACATCCTCTTCAGAGCTACCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 131579 GTGGGGGATGTTCTCCGTTATTACCAGTTACATCCTCTTCAGAGCTACCC

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    374 GAAAACCCCTCTCAGGAAGGACACCACG         ATTGGTCTACAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||
 131629 GAAAACCCCTCTCAGGAAGGACACCACGGTA...CAGATTGGTCTACAAA

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    415 TGGTTTCTTTTGATCTACAAACTCAGCTATGCATTTGGTGTTGTGGGTTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 136418 TGGTTTCTTTTGATCTACAAACTCAGCTATGCATTTGGTGTTGTGGGTTA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    465 CTTGGCGATCATGTTTACAATGTGTGGATTCAATCTGTTTTTCAA     
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>..
 136468 CTTGGCGATCATGTTTACAATGTGTGGATTCAATCTGTTTTTCAAGTA..

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    510     AATCAAAGCTAGAGATTCCATGGATTTTGGCATTGTGTCTTTGTTC
        .>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 136518 .TAGAATCAAAGCTAGAGATTCCATGGATTTTGGCATTGTGTCTTTGTTC

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    556 TACGGCCTCTACTATGGAGTAATGGGGAGAGACTTTGCCGAGATCTGCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 139605 TACGGCCTCTACTATGGAGTAATGGGGAGAGACTTTGCCGAGATCTGCTC

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    606 AGACTACATGGCTTCCACTATAGGG         TTCTACAGTGTCAGCC
        |||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||
 139655 AGACTACATGGCTTCCACTATAGGGGTA...TAGTTCTACAGTGTCAGCC

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    647 GGTTGCCTACAAGGAGCTTATCGGACAATATCTGTGCAGTCTGTGGGCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 144217 GGTTGCCTACAAGGAGCTTATCGGACAATATCTGTGCAGTCTGTGGGCAG

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    697 AAGATCATTGTGGAGCTTGATGAAGAAGGGCTCATTGAAAACACCTACCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 144267 AAGATCATTGTGGAGCTTGATGAAGAAGGGCTCATTGAAAACACCTACCA

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    747 GCTTTCCTGTAATCATGT         CTTTCATGAATTCTGCATCCGAG
        ||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||
 144317 GCTTTCCTGTAATCATGTGTA...CAGCTTTCATGAATTCTGCATCCGAG

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    788 GTTGGTGTATCGTTGGGAAAAAGCAGACTTGCCCTTACTGCAAAGAGAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 147310 GTTGGTGTATCGTTGGGAAAAAGCAGACTTGCCCTTACTGCAAAGAGAAA

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    838 GTTGATTTGAAGAGGATGATCAGTAATCC         CTGGGAGCGCAC
        |||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||
 147360 GTTGATTTGAAGAGGATGATCAGTAATCCATA...TAGCTGGGAGCGCAC

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    879 ACATTTTCTGTATGGACAAATCCTGGATTGGCTTCGTTATTTGGTGGCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 149386 ACATTTTCTGTATGGACAAATCCTGGATTGGCTTCGTTATTTGGTGGCCT

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    929 GGCAACCTGTGGTGATAGGAATAGTTCAAGGCATTAACTATTCACTAGGG
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||
 149436 GGCAACCTGTGGTGATAGGAATAGTTCAAGGCATTATCTATTCACTAGGG

   1050     .
    979 CTGGAA
        ||||||
 149486 CTGGAA