seq1 = pF1KE3986.tfa, 957 bp
seq2 = pF1KE3986/gi568815594r_174137415.tfa (gi568815594r:174137415_174363092), 225678 bp

>pF1KE3986 957
>gi568815594r:174137415_174363092 (Chr4)

(complement)

1-329  (100001-100329)   100% ->
330-456  (103268-103394)   100% ->
457-575  (121875-121993)   100% ->
576-772  (123903-124099)   100% ->
773-957  (125494-125678)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGGTCAAGGGTTGTGGAGAGTGGTCAGAAACCAGCAGCTGCAACAAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGGTCAAGGGTTGTGGAGAGTGGTCAGAAACCAGCAGCTGCAACAAGA

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 AGGCTACAGTGAGCAAGGCTACCTCACCAGAGAGCAGAGCAGGAGAATGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 AGGCTACAGTGAGCAAGGCTACCTCACCAGAGAGCAGAGCAGGAGAATGG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 CTGCGAGCAACATTTCTAACACCAATCATCGTAAACAAGTCCAAGGAGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 CTGCGAGCAACATTTCTAACACCAATCATCGTAAACAAGTCCAAGGAGGC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 ATTGACATATATCATCTTTTGAAGGCAAGGAAATCGAAAGAACAGGAAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100151 ATTGACATATATCATCTTTTGAAGGCAAGGAAATCGAAAGAACAGGAAGG

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 ATTCATTAATTTGGAAATGTTGCCTCCTGAGCTAAGCTTTACCATCTTGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100201 ATTCATTAATTTGGAAATGTTGCCTCCTGAGCTAAGCTTTACCATCTTGT

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    251 CCTACCTGAATGCAACTGACCTTTGCTTGGCTTCATGTGTTTGGCAGGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100251 CCTACCTGAATGCAACTGACCTTTGCTTGGCTTCATGTGTTTGGCAGGAC

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    301 CTTGCGAATGATGAACTTCTCTGGCAAGG         GTTGTGCAAATC
        |||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||
 100301 CTTGCGAATGATGAACTTCTCTGGCAAGGGTA...TAGGTTGTGCAAATC

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    342 CACTTGGGGTCACTGTTCCATATACAATAAGAACCCACCTTTAGGATTTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103280 CACTTGGGGTCACTGTTCCATATACAATAAGAACCCACCTTTAGGATTTT

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    392 CTTTTAGAAAATTGTATATGCAGCTGGATGAAGGCAGCCTCACCTTTAAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103330 CTTTTAGAAAATTGTATATGCAGCTGGATGAAGGCAGCCTCACCTTTAAT

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    442 GCCAACCCAGATGAG         GGAGTGAACTACTTTATGTCCAAGGG
        |||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||
 103380 GCCAACCCAGATGAGGTT...TAGGGAGTGAACTACTTTATGTCCAAGGG

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    483 TATCCTGGATGATTCGCCAAAGGAAATAGCAAAGTTTATCTTCTGTACAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 121901 TATCCTGGATGATTCGCCAAAGGAAATAGCAAAGTTTATCTTCTGTACAA

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    533 GAACACTAAATTGGAAAAAACTGAGAATCTATCTTGATGAAAG       
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>
 121951 GAACACTAAATTGGAAAAAACTGAGAATCTATCTTGATGAAAGGTA...T

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    576   GAGAGATGTCTTGGATGACCTTGTAACATTGCATAATTTTAGAAATCA
        >>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 123901 AGGAGAGATGTCTTGGATGACCTTGTAACATTGCATAATTTTAGAAATCA

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    624 GTTCTTGCCAAATGCACTGAGAGAATTTTTTCGTCATATCCATGCCCCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 123951 GTTCTTGCCAAATGCACTGAGAGAATTTTTTCGTCATATCCATGCCCCTG

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    674 AAGAGCGTGGAGAGTATCTTGAAACTCTTATAACAAAGTTCTCACATAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 124001 AAGAGCGTGGAGAGTATCTTGAAACTCTTATAACAAAGTTCTCACATAGA

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    724 TTCTGTGCTTGCAACCCTGATTTAATGCGAGAACTTGGCCTTAGTCCTG 
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>
 124051 TTCTGTGCTTGCAACCCTGATTTAATGCGAGAACTTGGCCTTAGTCCTGG

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    773         ATGCTGTCTATGTACTGTGCTACTCTTTGATTCTACTTTCCA
        >>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 124101 TA...CAGATGCTGTCTATGTACTGTGCTACTCTTTGATTCTACTTTCCA

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    815 TTGACCTCACTAGCCCTCATGTGAAGAATAAAATGTCAAAAAGGGAATTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 125536 TTGACCTCACTAGCCCTCATGTGAAGAATAAAATGTCAAAAAGGGAATTT

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    865 ATTCGAAATACCCGTCGCGCTGCTCAAAATATTAGTGAAGATTTTGTAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 125586 ATTCGAAATACCCGTCGCGCTGCTCAAAATATTAGTGAAGATTTTGTAGG

    950     .    :    .    :    .    :    .    :
    915 GCATCTTTATGACAATATCTACCTTATTGGCCATGTGGCTGCA
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 125636 GCATCTTTATGACAATATCTACCTTATTGGCCATGTGGCTGCA