seq1 = pF1KE3985.tfa, 1167 bp
seq2 = pF1KE3985/gi568815575f_105305796.tfa (gi568815575f:105305796_105507043), 201248 bp

>pF1KE3985 1167
>gi568815575f:105305796_105507043 (ChrX)

1-48  (99852-99900)   93% ->
49-311  (100003-100266)   98% ->
312-1167  (100394-101248)   97%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGAGGCGGGTGACCCTGTTCCTGAACGGCAGCCCCAAGAACGGAAAG  
        |||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||->
  99852 ATGAGGCGGGTGACCCTGTTCCTGAAAGGCAGCCCTAAGAACGGAAAGAG

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     49         GTGGTTGCTGTATATGGAACTTTATCTGATTTGCTTTCTGTG
        >>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  99902 TA...CAGGTGGTTGCTGTATATGGAACTTTATCTGATTTGCTTTCTGTG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     91 GCCAGCAGTAAACTCGGCATAAAAGCCACCAGTGTGTATAATGGGAAAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100045 GCCAGCAGTAAACTCGGCATAAAAGCCACCAGTGTGTATAATGGGAAAGG

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    141 TGGACTGATTGATGATATTGCTTTGATCAGGGATGATGATGTTTTGTTTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100095 TGGACTGATTGATGATATTGCTTTGATCAGGGATGATGATGTTTTGTTTG

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    191 TTTGTGAAGGAGAGCCATTTATTGATCCTCAGACAGATTCTAAGCCTCCT
        |||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100145 TTTGTGAAGGAGAATCATTTATTGATCCTCAGACAGATTCTAAGCCTCCT

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    241 GAGGGATTGTTAGGATTCCACACAGACTGGCTGACATTAAATGTTGGAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100195 GAGGGATTGTTAGGATTCCACACAGACTGGCTGACATTAAATGTTGGAGG

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    291 GCGGTACTTTACAACTACACG          GAGCACTTTAGTGAATAAA
        |||||||||||||||||||||->>>...>>>|||||||||||||||||||
 100245 GCGGTACTTTACAACTACACGCATT...AAGGAGCACTTTAGTGAATAAA

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    331 GAACCTGACAGTATGCTGGCCCACATGTTTAAGGACAAAGGTGTCTGGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||
 100413 GAACCTGACAGTATGCTGGCCCACATGTTTAAGGACAAAAGTGTCTGGGG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    381 AAATAAGCAAGATCATAGAGGAGCTTTCTTAATTGACCGAAGTCCTGAGT
        |||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||
 100463 AAATAAGCAATATCATAGAGGCGCTTTCTTAATTGACCGAAGTCCTGAGT

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    431 ACTTCGAACCCATTTTGAACTACTTGCGTCATGGACAGCTCATTGTAAAT
        |||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||
 100513 ACTTTGAACCCATTTTGAACTCCTTGCGTCATGGACAGCTCATTGTAAAT

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    481 GATGGCATTAATTTATTGGGTGTGTTAGAAGAAGCAAGATTTTTTGGTAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100563 GATGGCATTAATTTATTGGGTGTGTTAGAAGAAGCAAGATTTTTTGGTAT

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    531 TGACTCATTGAT TGAACACCTAGAAGTGGCAATAAAGAATTCTCAACCA
        || |||||||||-|-||||||| |||||||||||||||||||||||||||
 100613 TGTCTCATTGATCT AACACCTGGAAGTGGCAATAAAGAATTCTCAACCA

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    580 CCGGAGGATCATTCACCAATATCCCGAAAGGAATTTGTCCGATTTTT GC
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||-||
 100662 CCGGAGGATCATTCACCAATATCCCGAAAGGAATTTGTCCGATTTTTTGC

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    629 TAGCAACTCCAACCAAGTCAGAACTGCGATGCCAGGGTTTGAACTTCAGT
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||
 100712 TAGCAACTCCAACCAAGTCAGAACTGCGATGCCAGGATTTGAACTTCAGT

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    679 GGTGCTGATCTTTCTCGTTTGGACCTTCGATACATTAACTTCAAAATGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100762 GGTGCTGATCTTTCTCGTTTGGACCTTCGATACATTAACTTCAAAATGGC

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    729 CAATTTAAGCCGCTGTAATCTTGCACATGCAAATCTTTGCTGTGCAAATC
        ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||
 100812 CAATTTAAGCCGCTGTAATCTTGCACAGGCAAATCTTTGCTGTGCAAATC

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    779 TTGAACGAGCTGATCTCTCTGGATCAGTGCTTGACTGTGCGAATCTCCAG
        ||||| ||||||||||||--|||||||| ||| ||||||| |||||||||
 100862 TTGAATGAGCTGATCTCT  GGATCAGTACTTAACTGTGCAAATCTCCAG

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    829 GGAGTCAAGATGCTCTGTTCTAATGCAGAAGGAGCATCCCTGAAACTGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100910 GGAGTCAAGATGCTCTGTTCTAATGCAGAAGGAGCATCCCTGAAACTGTG

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    879 TAATTTTGAGGATCCTTCTGGTCTTAAAGCCAATTTAGAAGGTGCTAATC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100960 TAATTTTGAGGATCCTTCTGGTCTTAAAGCCAATTTAGAAGGTGCTAATC

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    929 TGAAAGGTGTGGATATGGAAGGAAGTCAGATGACAGGAATTAACCTGAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101010 TGAAAGGTGTGGATATGGAAGGAAGTCAGATGACAGGAATTAACCTGAGA

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    979 GTGGCTACCTTAAAAAATGCAAAGTTGAAGAACTGTAACCTCAGAGGAGC
        ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101060 GTGGCTACCTTAAAAGATGCAAAGTTGAAGAACTGTAACCTCAGAGGAGC

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1029 AACTCTGGCAGGAACTGATTTAGAGAATTGTGATCTGTCTGGGTGTGATC
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||
 101110 AACTCTGGCAGGAACTGATTTAGAGAATTGTGATCTATCTGGGTGCGATC

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1079 TTCAAGAAGCCAACCTGAGAGGGTCCAACGTGAAGGGAGCTATATTTGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||
 101160 TTCAAGAAGCCAACCTGAGAGGGTCCAACGTGAAGGGAGCTGTGTTTGAA

   1150     .    :    .    :    .    :    .
   1129 GAGATGCTGACACCACTACACATGTCACAAAGTGTCAGA
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101210 GAGATGCTGACACCACTACACATGTCACAAAGTGTCAGA