seq1 = pF1KE3984.tfa, 612 bp
seq2 = pF1KE3984/gi568815593r_53786564.tfa (gi568815593r:53786564_54410479), 623916 bp

>pF1KE3984 612
>gi568815593r:53786564_54410479 (Chr5)

(complement)

1-48  (100001-100048)   97% ->
49-193  (238552-238696)   100% ->
194-253  (255841-255900)   100% ->
254-462  (297070-297278)   100% ->
463-612  (523767-523916)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGTCTGATCTCCGGATAACTGAGGCGTTTCTGTACATGGATTATCTG  
        |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||>>
 100001 ATGTCTGATCTCCGAATAACTGAGGCGTTTCTGTACATGGATTATCTGGT

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     49        TGTTTTAGAGCACTTTGCTGCAAGGGACCACCACCTGCACGAC
        >...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 A...CAGTGTTTTAGAGCACTTTGCTGCAAGGGACCACCACCTGCACGAC

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 CAGAATATGACCTGGTTTGCATAGGCCTCACAGGTTCTGGCAAAACCAGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 238595 CAGAATATGACCTGGTTTGCATAGGCCTCACAGGTTCTGGCAAAACCAGT

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 CTGTTGTCCAAACTCTGCAGTGAAAGCCCCGATAACGTCGTGTCGACCAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 238645 CTGTTGTCCAAACTCTGCAGTGAAAGCCCCGATAACGTCGTGTCGACCAC

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 AG         GTTTTAGTATTAAAGCAGTGCCATTCCAGAATGCCATCT
        ||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 238695 AGGTG...TAGGTTTTAGTATTAAAGCAGTGCCATTCCAGAATGCCATCT

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    233 TGAATGTAAAAGAACTTGGAG         GGGCTGATAACATCCGGAAA
        |||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||
 255880 TGAATGTAAAAGAACTTGGAGGTA...CAGGGGCTGATAACATCCGGAAA

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    274 TACTGGAGCCGCTACTACCAAGGATCTCAAGGGGTAATATTTGTATTAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 297090 TACTGGAGCCGCTACTACCAAGGATCTCAAGGGGTAATATTTGTATTAGA

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    324 CAGTGCCTCTTCAGAGGATGATTTAGAAGCTGCTAGAAATGAGCTGCACT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 297140 CAGTGCCTCTTCAGAGGATGATTTAGAAGCTGCTAGAAATGAGCTGCACT

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    374 CAGCTCTTCAGCATCCACAGTTATGCACTTTACCCTTTTTAATATTGGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 297190 CAGCTCTTCAGCATCCACAGTTATGCACTTTACCCTTTTTAATATTGGCC

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    424 AATCATCAAGACAAGCCAGCAGCTCGCTCAGTACAAGAG         AT
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||
 297240 AATCATCAAGACAAGCCAGCAGCTCGCTCAGTACAAGAGGTA...AAGAT

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    465 CAAAAAATATTTTGAACTTGAACCACTTGCACGTGGAAAACGCTGGATTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 523769 CAAAAAATATTTTGAACTTGAACCACTTGCACGTGGAAAACGCTGGATTC

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    515 TACAGCCCTGCTCACTGGATGACATGGATGCACTGAAAGACAGCTTCTCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 523819 TACAGCCCTGCTCACTGGATGACATGGATGCACTGAAAGACAGCTTCTCT

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .
    565 CAGCTGATTAATTTGTTAGAAGAAAAAGACCATGAAGCTGTAAGAATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 523869 CAGCTGATTAATTTGTTAGAAGAAAAAGACCATGAAGCTGTAAGAATG