seq1 = pF1KE3983.tfa, 711 bp
seq2 = pF1KE3983/gi568815595f_58400945.tfa (gi568815595f:58400945_58601629), 200685 bp

>pF1KE3983 711
>gi568815595f:58400945_58601629 (Chr3)

1-27  (97812-97838)   100% ->
28-711  (100002-100685)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGATAATGGAGACTGGGGCTATATG         ATGACTGACCCAGT
        |||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||
  97812 ATGGATAATGGAGACTGGGGCTATATGGTG...CAGATGACTGACCCAGT

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     42 CACATTAAATGTAGGTGGACACTTGTATACAACGTCTCTCACCACATTGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100016 CACATTAAATGTAGGTGGACACTTGTATACAACGTCTCTCACCACATTGA

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 CGCGTTACCCGGATTCCATGCTTGGAGCTATGTTTGGGGGGGACTTCCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100066 CGCGTTACCCGGATTCCATGCTTGGAGCTATGTTTGGGGGGGACTTCCCC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 ACAGCTCGAGACCCTCAAGGCAATTACTTTATTGATCGAGATGGACCTCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100116 ACAGCTCGAGACCCTCAAGGCAATTACTTTATTGATCGAGATGGACCTCT

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 TTTCCGATATGTCCTCAACTTCTTAAGAACTTCAGAATTGACCTTACCGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100166 TTTCCGATATGTCCTCAACTTCTTAAGAACTTCAGAATTGACCTTACCGT

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 TGGATTTTAAGGAATTTGATCTGCTTCGGAAAGAAGCAGATTTTTACCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100216 TGGATTTTAAGGAATTTGATCTGCTTCGGAAAGAAGCAGATTTTTACCAG

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    292 ATTGAGCCCTTGATTCAGTGTCTCAATGATCCTAAGCCTTTGTATCCCAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100266 ATTGAGCCCTTGATTCAGTGTCTCAATGATCCTAAGCCTTTGTATCCCAT

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    342 GGATACTTTTGAAGAAGTTGTGGAGCTGTCTAGTACTCGGAAGCTTTCTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100316 GGATACTTTTGAAGAAGTTGTGGAGCTGTCTAGTACTCGGAAGCTTTCTA

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    392 AGTACTCCAACCCAGTGGCTGTCATCATAACGCAACTAACCATCACCACT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100366 AGTACTCCAACCCAGTGGCTGTCATCATAACGCAACTAACCATCACCACT

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    442 AAGGTCCATTCCTTACTAGAAGGCATCTCAAATTATTTTACCAAGTGGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100416 AAGGTCCATTCCTTACTAGAAGGCATCTCAAATTATTTTACCAAGTGGAA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    492 TAAGCACATGATGGACACCAGAGACTGCCAGGTTTCCTTTACTTTTGGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100466 TAAGCACATGATGGACACCAGAGACTGCCAGGTTTCCTTTACTTTTGGAC

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    542 CCTGTGATTATCACCAGGAAGTTTCTCTTAGGGTCCACCTGATGGAATAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100516 CCTGTGATTATCACCAGGAAGTTTCTCTTAGGGTCCACCTGATGGAATAC

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    592 ATTACAAAACAAGGTTTCACGATCCGCAACACCCGGGTGCATCACATGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100566 ATTACAAAACAAGGTTTCACGATCCGCAACACCCGGGTGCATCACATGAG

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    642 TGAGCGGGCCAATGAAAACACAGTGGAGCACAACTGGACTTTCTGTAGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100616 TGAGCGGGCCAATGAAAACACAGTGGAGCACAACTGGACTTTCTGTAGGC

    700     .    :    .    :
    692 TAGCCCGGAAGACAGACGAC
        ||||||||||||||||||||
 100666 TAGCCCGGAAGACAGACGAC