seq1 = pF1KE3980.tfa, 1587 bp
seq2 = pF1KE3980/gi568815586f_4710042.tfa (gi568815586f:4710042_4911628), 201587 bp

>pF1KE3980 1587
>gi568815586f:4710042_4911628 (Chr12)

1-1587  (100001-101587)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGAGATCGGAGAAATCCCTTACGCTGGCGGCGCCGGGGGAGGTCCGTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGAGATCGGAGAAATCCCTTACGCTGGCGGCGCCGGGGGAGGTCCGTGG

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 GCCGGAGGGAGAGCAACAGGATGCGGGAGACTTCCCGGAGGCCGGCGGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 GCCGGAGGGAGAGCAACAGGATGCGGGAGACTTCCCGGAGGCCGGCGGGG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 GCGGGGGCTGCTGTAGTAGCGAGCGGCTGGTGATCAATATCTCCGGGCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 GCGGGGGCTGCTGTAGTAGCGAGCGGCTGGTGATCAATATCTCCGGGCTG

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 CGCTTTGAGACACAATTGCGCACCCTGTCGCTGTTTCCGGACACGCTGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100151 CGCTTTGAGACACAATTGCGCACCCTGTCGCTGTTTCCGGACACGCTGCT

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 CGGAGACCCTGGCCGGCGAGTCCGCTTCTTCGACCCCCTGAGGAACGAGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100201 CGGAGACCCTGGCCGGCGAGTCCGCTTCTTCGACCCCCTGAGGAACGAGT

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    251 ACTTCTTCGACCGCAACCGGCCCAGCTTCGACGCCATCCTCTACTACTAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100251 ACTTCTTCGACCGCAACCGGCCCAGCTTCGACGCCATCCTCTACTACTAC

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    301 CAGTCTGGGGGCCGCCTGCGGAGGCCGGTCAACGTGCCCCTGGACATTTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100301 CAGTCTGGGGGCCGCCTGCGGAGGCCGGTCAACGTGCCCCTGGACATTTT

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    351 CCTGGAGGAGATCCGCTTCTACCAGCTGGGGGACGAGGCCCTGGCGGCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100351 CCTGGAGGAGATCCGCTTCTACCAGCTGGGGGACGAGGCCCTGGCGGCCT

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    401 TCCGGGAGGACGAGGGCTGCCTGCCCGAAGGTGGCGAGGACGAGAAGCCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100401 TCCGGGAGGACGAGGGCTGCCTGCCCGAAGGTGGCGAGGACGAGAAGCCG

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    451 CTGCCCTCCCAGCCCTTCCAGCGCCAGGTGTGGCTGCTCTTTGAGTACCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100451 CTGCCCTCCCAGCCCTTCCAGCGCCAGGTGTGGCTGCTCTTTGAGTACCC

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    501 AGAGAGCTCTGGGCCGGCCAGGGGCATCGCCATCGTCTCCGTGTTGGTCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100501 AGAGAGCTCTGGGCCGGCCAGGGGCATCGCCATCGTCTCCGTGTTGGTCA

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    551 TTCTCATCTCCATAGTCATCTTTTGCCTGGAGACCTTACCCCAGTTCCGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100551 TTCTCATCTCCATAGTCATCTTTTGCCTGGAGACCTTACCCCAGTTCCGT

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    601 GTAGATGGTCGAGGTGGAAACAATGGTGGTGTGAGTCGAGTCTCCCCAGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100601 GTAGATGGTCGAGGTGGAAACAATGGTGGTGTGAGTCGAGTCTCCCCAGT

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    651 TTCCAGGGGGAGTCAGGAGGAAGAGGAGGATGAAGACGATTCCTACACAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100651 TTCCAGGGGGAGTCAGGAGGAAGAGGAGGATGAAGACGATTCCTACACAT

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    701 TTCATCATGGCATCACCCCTGGGGAAATGGGGACCGGGGGCTCCTCCTCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100701 TTCATCATGGCATCACCCCTGGGGAAATGGGGACCGGGGGCTCCTCCTCA

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    751 CTCAGTACTCTTGGGGGCTCCTTCTTTACAGACCCCTTCTTTCTGGTGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100751 CTCAGTACTCTTGGGGGCTCCTTCTTTACAGACCCCTTCTTTCTGGTGGA

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    801 GACGCTGTGCATTGTCTGGTTCACTTTTGAGCTCCTGGTGCGCTTCTCCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100801 GACGCTGTGCATTGTCTGGTTCACTTTTGAGCTCCTGGTGCGCTTCTCCG

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    851 CCTGCCCTAGCAAGCCGGCCTTCTTCCGGAACATCATGAACATCATTGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100851 CCTGCCCTAGCAAGCCGGCCTTCTTCCGGAACATCATGAACATCATTGAC

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    901 TTGGTGGCTATCTTCCCCTACTTCATCACCCTGGGCACTGAGCTGGTGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100901 TTGGTGGCTATCTTCCCCTACTTCATCACCCTGGGCACTGAGCTGGTGCA

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    951 GCAGCAGGAGCAGCAACCAGCCAGTGGAGGAGGCGGCCAGAATGGGCAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100951 GCAGCAGGAGCAGCAACCAGCCAGTGGAGGAGGCGGCCAGAATGGGCAGC

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1001 AGGCCATGTCCCTGGCCATCCTCCGAGTCATCCGCCTGGTCCGGGTGTTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101001 AGGCCATGTCCCTGGCCATCCTCCGAGTCATCCGCCTGGTCCGGGTGTTC

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1051 CGCATCTTCAAGCTCTCCCGCCACTCCAAGGGGCTGCAGATCCTGGGCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101051 CGCATCTTCAAGCTCTCCCGCCACTCCAAGGGGCTGCAGATCCTGGGCAA

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1101 GACCTTGCAGGCCTCCATGAGGGAGCTGGGGCTGCTCATCTTCTTCCTCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101101 GACCTTGCAGGCCTCCATGAGGGAGCTGGGGCTGCTCATCTTCTTCCTCT

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1151 TCATCGGGGTCATCCTCTTCTCCAGTGCCGTCTACTTCGCAGAGGCTGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101151 TCATCGGGGTCATCCTCTTCTCCAGTGCCGTCTACTTCGCAGAGGCTGAC

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1201 GATGACGATTCGCTTTTTCCCAGCATCCCGGATGCCTTCTGGTGGGCAGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101201 GATGACGATTCGCTTTTTCCCAGCATCCCGGATGCCTTCTGGTGGGCAGT

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1251 GGTTACAATGACCACGGTAGGTTACGGGGACATGTACCCCATGACTGTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101251 GGTTACAATGACCACGGTAGGTTACGGGGACATGTACCCCATGACTGTGG

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1301 GGGGAAAGATCGTGGGCTCGCTGTGTGCCATCGCTGGGGTCCTCACCATT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101301 GGGGAAAGATCGTGGGCTCGCTGTGTGCCATCGCTGGGGTCCTCACCATT

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1351 GCCCTGCCTGTGCCCGTCATCGTCTCCAACTTCAACTACTTCTACCACCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101351 GCCCTGCCTGTGCCCGTCATCGTCTCCAACTTCAACTACTTCTACCACCG

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1401 GGAGACGGAGCAGGAGGAGCAAGGCCAGTATACCCACGTCACTTGTGGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101401 GGAGACGGAGCAGGAGGAGCAAGGCCAGTATACCCACGTCACTTGTGGGC

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1451 AGCCTGCGCCGGACCTGAGGGCAACTGACAACGGACTTGGCAAGCCTGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101451 AGCCTGCGCCGGACCTGAGGGCAACTGACAACGGACTTGGCAAGCCTGAC

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1501 TTCCCCGAGGCTAACCGGGAACGGAGACCCAGCTACCTTCCTACACCACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101501 TTCCCCGAGGCTAACCGGGAACGGAGACCCAGCTACCTTCCTACACCACA

   1550     .    :    .    :    .    :    .
   1551 TCGGGCCTATGCAGAGAAAAGAATGCTCACGGAGGTC
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101551 TCGGGCCTATGCAGAGAAAAGAATGCTCACGGAGGTC