seq1 = pF1KE3979.tfa, 1308 bp
seq2 = pF1KE3979/gi568815596r_42343937.tfa (gi568815596r:42343937_42593501), 249565 bp

>pF1KE3979 1308
>gi568815596r:42343937_42593501 (Chr2)

(complement)

1-665  (100001-100665)   100% ->
666-1308  (148923-149565)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGACCTTCGGGCGCAGCGGGGCGGCCTCGGTGGTGCTGAACGTGGGCGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGACCTTCGGGCGCAGCGGGGCGGCCTCGGTGGTGCTGAACGTGGGCGG

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 CGCCCGGTATTCGCTGTCCCGGGAGCTGCTGAAGGACTTCCCGCTGCGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 CGCCCGGTATTCGCTGTCCCGGGAGCTGCTGAAGGACTTCCCGCTGCGCC

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 GCGTGAGCCGGCTGCACGGCTGCCGCTCCGAGCGCGACGTGCTCGAGGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 GCGTGAGCCGGCTGCACGGCTGCCGCTCCGAGCGCGACGTGCTCGAGGTG

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 TGCGACGACTACGACCGCGAGCGCAACGAGTACTTCTTCGACCGGCACTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100151 TGCGACGACTACGACCGCGAGCGCAACGAGTACTTCTTCGACCGGCACTC

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 GGAGGCCTTCGGCTTCATCCTGCTCTACGTGCGCGGCCACGGCAAGCTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100201 GGAGGCCTTCGGCTTCATCCTGCTCTACGTGCGCGGCCACGGCAAGCTGC

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    251 GCTTCGCGCCGCGGATGTGCGAGCTCTCCTTCTACAACGAGATGATCTAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100251 GCTTCGCGCCGCGGATGTGCGAGCTCTCCTTCTACAACGAGATGATCTAC

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    301 TGGGGCCTGGAGGGCGCGCACCTCGAGTACTGCTGCCAGCGCCGCCTCGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100301 TGGGGCCTGGAGGGCGCGCACCTCGAGTACTGCTGCCAGCGCCGCCTCGA

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    351 CGACCGCATGTCCGACACCTACACCTTCTACTCGGCCGACGAGCCGGGCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100351 CGACCGCATGTCCGACACCTACACCTTCTACTCGGCCGACGAGCCGGGCG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    401 TGCTGGGCCGCGACGAGGCGCGCCCCGGCGGGGCCGAGGCGGCTCCCTCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100401 TGCTGGGCCGCGACGAGGCGCGCCCCGGCGGGGCCGAGGCGGCTCCCTCC

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    451 AGGCGCTGGCTGGAGCGCATGCGGCGGACCTTCGAGGAGCCCACGTCGTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100451 AGGCGCTGGCTGGAGCGCATGCGGCGGACCTTCGAGGAGCCCACGTCGTC

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    501 GCTGGCCGCGCAGATCCTGGCTAGCGTGTCGGTGGTGTTCGTGATCGTGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100501 GCTGGCCGCGCAGATCCTGGCTAGCGTGTCGGTGGTGTTCGTGATCGTGT

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    551 CCATGGTGGTGCTGTGCGCCAGCACGTTGCCCGACTGGCGCAACGCAGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100551 CCATGGTGGTGCTGTGCGCCAGCACGTTGCCCGACTGGCGCAACGCAGCC

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    601 GCCGACAACCGCAGCCTGGATGACCGGAGCAGGTACTCCGCCGGCCCTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100601 GCCGACAACCGCAGCCTGGATGACCGGAGCAGGTACTCCGCCGGCCCTGG

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    651 GAGGGAGCCCTCCGG         GATAATTGAAGCTATCTGCATAGGTT
        |||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||
 100651 GAGGGAGCCCTCCGGGTA...CAGGATAATTGAAGCTATCTGCATAGGTT

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    692 GGTTCACTGCCGAGTGCATCGTGAGGTTCATTGTCTCCAAAAACAAGTGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 148949 GGTTCACTGCCGAGTGCATCGTGAGGTTCATTGTCTCCAAAAACAAGTGT

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    742 GAGTTTGTCAAGAGACCCCTGAACATCATTGATTTACTGGCAATCACGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 148999 GAGTTTGTCAAGAGACCCCTGAACATCATTGATTTACTGGCAATCACGCC

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    792 GTATTACATCTCTGTGTTGATGACAGTGTTTACAGGCGAGAACTCTCAAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 149049 GTATTACATCTCTGTGTTGATGACAGTGTTTACAGGCGAGAACTCTCAAC

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    842 TCCAGAGGGCTGGAGTCACCTTGAGGGTACTTAGAATGATGAGGATTTTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 149099 TCCAGAGGGCTGGAGTCACCTTGAGGGTACTTAGAATGATGAGGATTTTT

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    892 TGGGTGATTAAGCTTGCCCGTCACTTCATTGGTCTTCAGACACTCGGTTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 149149 TGGGTGATTAAGCTTGCCCGTCACTTCATTGGTCTTCAGACACTCGGTTT

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    942 GACTCTCAAACGTTGCTACCGAGAGATGGTTATGTTACTTGTCTTCATTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 149199 GACTCTCAAACGTTGCTACCGAGAGATGGTTATGTTACTTGTCTTCATTT

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    992 GTGTTGCCATGGCAATCTTTAGTGCACTTTCTCAGCTTCTTGAACATGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 149249 GTGTTGCCATGGCAATCTTTAGTGCACTTTCTCAGCTTCTTGAACATGGG

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1042 CTGGACCTGGAAACATCCAACAAGGACTTTACCAGCATTCCTGCTGCCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 149299 CTGGACCTGGAAACATCCAACAAGGACTTTACCAGCATTCCTGCTGCCTG

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1092 CTGGTGGGTGATTATCTCTATGACTACAGTTGGCTATGGAGATATGTATC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 149349 CTGGTGGGTGATTATCTCTATGACTACAGTTGGCTATGGAGATATGTATC

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1142 CTATCACAGTGCCTGGAAGAATTCTTGGAGGAGTTTGTGTTGTCAGTGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 149399 CTATCACAGTGCCTGGAAGAATTCTTGGAGGAGTTTGTGTTGTCAGTGGA

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1192 ATTGTTCTATTGGCATTACCTATCACTTTTATCTACCATAGCTTTGTGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 149449 ATTGTTCTATTGGCATTACCTATCACTTTTATCTACCATAGCTTTGTGCA

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1242 GTGTTATCATGAGCTCAAGTTTAGATCTGCTAGGTATAGTAGGAGCCTCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 149499 GTGTTATCATGAGCTCAAGTTTAGATCTGCTAGGTATAGTAGGAGCCTCT

   1300     .    :    .
   1292 CCACTGAATTCCTGAAT
        |||||||||||||||||
 149549 CCACTGAATTCCTGAAT