seq1 = pF1KE3978.tfa, 1176 bp
seq2 = pF1KE3978/gi568815596f_138450217.tfa (gi568815596f:138450217_138669077), 218861 bp

>pF1KE3978 1176
>gi568815596f:138450217_138669077 (Chr2)

1-78  (100001-100078)   100% ->
79-200  (100267-100388)   100% ->
201-352  (100687-100838)   100% ->
353-480  (102338-102465)   100% ->
481-658  (108806-108983)   100% ->
659-714  (109066-109121)   100% ->
715-837  (110589-110711)   100% ->
838-980  (114492-114634)   100% ->
981-1034  (114724-114777)   100% ->
1035-1176  (118720-118861)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGTCTCGGGAACCCACCCCACCTCTACCTGGAGATATGTCTACTGGTCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGTCTCGGGAACCCACCCCACCTCTACCTGGAGATATGTCTACTGGTCC

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 CATAGCAGAAAGCTGGTGTTACACACAG         GTTAAAGTAGTAA
        ||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||
 100051 CATAGCAGAAAGCTGGTGTTACACACAGGTA...TAGGTTAAAGTAGTAA

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 AATTTTCCTATATGTGGACCATTAATAACTTCAGTTTTTGTCGAGAGGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100280 AATTTTCCTATATGTGGACCATTAATAACTTCAGTTTTTGTCGAGAGGAA

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 ATGGGTGAAGTGTTAAAAAGTTCAACATTTTCATCTGGCCCAAGTGACAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100330 ATGGGTGAAGTGTTAAAAAGTTCAACATTTTCATCTGGCCCAAGTGACAA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 AATGAAATG         GTGCCTGAGGGTAAACCCAAAGGGATTAGATG
        |||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||
 100380 AATGAAATGGTA...TAGGTGCCTGAGGGTAAACCCAAAGGGATTAGATG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    233 ATGAAAGTAAAGACTACTTGTCCTTATATTTGCTTTTAGTCAGCTGCCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100719 ATGAAAGTAAAGACTACTTGTCCTTATATTTGCTTTTAGTCAGCTGCCCC

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 AAAAGTGAAGTTCGAGCAAAATTCAAATTTTCCCTTCTGAATGCTAAAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100769 AAAAGTGAAGTTCGAGCAAAATTCAAATTTTCCCTTCTGAATGCTAAAAG

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    333 GGAAGAAACAAAAGCAATGG         AAAGCCAAAGAGCATATCGAT
        ||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||
 100819 GGAAGAAACAAAAGCAATGGGTA...CAGAAAGCCAAAGAGCATATCGAT

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    374 TTGTGCAAGGGAAGGACTGGGGTTTTAAAAAATTCATTAGAAGGGACTTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102359 TTGTGCAAGGGAAGGACTGGGGTTTTAAAAAATTCATTAGAAGGGACTTT

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    424 TTGCTTGATGAAGCTAATGGTCTTTTACCAGATGACAAGCTTACATTATT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102409 TTGCTTGATGAAGCTAATGGTCTTTTACCAGATGACAAGCTTACATTATT

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    474 TTGTGAG         GTGAGTGTGGTCCAAGATTCAGTAAACATATCAG
        |||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102459 TTGTGAGGTG...TAGGTGAGTGTGGTCCAAGATTCAGTAAACATATCAG

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    515 GACATACTAATACAAATACTTTGAAGGTGCCTGAGTGTCGTCTAGCAGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108840 GACATACTAATACAAATACTTTGAAGGTGCCTGAGTGTCGTCTAGCAGAA

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    565 GATTTAGGTAATCTCTGGGAAAACACAAGATTTACAGACTGCAGTTTTTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108890 GATTTAGGTAATCTCTGGGAAAACACAAGATTTACAGACTGCAGTTTTTT

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    615 CGTGAGAGGACAAGAATTTAAAGCTCATAAATCTGTGCTTGCAG      
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...
 108940 CGTGAGAGGACAAGAATTTAAAGCTCATAAATCTGTGCTTGCAGGTA...

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    659    CTCGATCTCCAGTTTTTAACGCCATGTTTGAACATGAAATGGAAGAA
        >>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109063 CAGCTCGATCTCCAGTTTTTAACGCCATGTTTGAACATGAAATGGAAGAA

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    706 AGCAAAAAG         AATCGAGTGGAAATAAATGATTTAGACCCTGA
        |||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||
 109113 AGCAAAAAGGTA...CAGAATCGAGTGGAAATAAATGATTTAGACCCTGA

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    747 AGTTTTTAAAGAAATGATGAGATTCATTTACACAGGGAGAGCACCAAACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110621 AGTTTTTAAAGAAATGATGAGATTCATTTACACAGGGAGAGCACCAAACC

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    797 TTGACAAAATGGCTGACAACTTGTTGGCAGCTGCAGACAAA         
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>
 110671 TTGACAAAATGGCTGACAACTTGTTGGCAGCTGCAGACAAAGTA...TAG

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    838 TATGCACTGGAACGGCTGAAGGTCATGTGCGAAGAAGCTTTGTGTAGTAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114492 TATGCACTGGAACGGCTGAAGGTCATGTGCGAAGAAGCTTTGTGTAGTAA

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    888 CCTCTCAGTAGAGAATGTTGCAGATACCCTTGTCCTTGCAGATTTGCACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114542 CCTCTCAGTAGAGAATGTTGCAGATACCCTTGTCCTTGCAGATTTGCACA

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    938 GTGCAGAACAGTTGAAAGCACAAGCCATAGACTTTATTAATAG       
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>
 114592 GTGCAGAACAGTTGAAAGCACAAGCCATAGACTTTATTAATAGGTA...C

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    981   GTGCAGTGTACTTCGACAACTTGGGTGTAAAGATGGGAAAAACTGGAA
        >>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114722 AGGTGCAGTGTACTTCGACAACTTGGGTGTAAAGATGGGAAAAACTGGAA

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1029 CAGCAA         CCAAGCAACCGACATAATGGAAACATCAGGGTGGA
        ||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114772 CAGCAAGTA...CAGCCAAGCAACCGACATAATGGAAACATCAGGGTGGA

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1070 AGTCCATGATTCAGTCTCACCCTCATTTAGTAGCAGAAGCCTTTCGAGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 118755 AGTCCATGATTCAGTCTCACCCTCATTTAGTAGCAGAAGCCTTTCGAGCA

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1120 CTAGCATCTGCACAGTGTCCACAGTTTGGCATTCCACGCAAACGGCTAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 118805 CTAGCATCTGCACAGTGTCCACAGTTTGGCATTCCACGCAAACGGCTAAA

   1250     .
   1170 ACAGTCC
        |||||||
 118855 ACAGTCC