seq1 = pF1KE3977.tfa, 774 bp
seq2 = pF1KE3977/gi568815597r_16132051.tfa (gi568815597r:16132051_16336742), 204692 bp

>pF1KE3977 774
>gi568815597r:16132051_16336742 (Chr1)

(complement)

1-112  (100001-100112)   100% ->
113-265  (102979-103131)   99% ->
266-390  (103726-103850)   100% ->
391-527  (104097-104233)   100% ->
528-774  (104446-104692)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGCCAGACCTCCCGTGCCCGGTTCGGTGGTTGTCCCAAACTGGCACGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGCCAGACCTCCCGTGCCCGGTTCGGTGGTTGTCCCAAACTGGCACGA

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 GAGTGCCGAGGGCAAGGAGTACCTGGCTTGCATTCTGCGCAAGAACCGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 GAGTGCCGAGGGCAAGGAGTACCTGGCTTGCATTCTGCGCAAGAACCGCC

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 GGCGGGTGTTTG         GGCTGCTTGAGCGGCCAGTGCTGCTGCCG
        ||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||
 100101 GGCGGGTGTTTGGTA...TAGGGCTGCTTGAGCGGCCAGTGCTGCTGCCG

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 CCTGTGTCCATTGACACTGCCAGCTACAAGATCTTTGTGTCCGGGAAGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103008 CCTGTGTCCATTGACACTGCCAGCTACAAGATCTTTGTGTCCGGGAAGAG

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 TGGTGTGGGCAAGACGGCGCTGGTGGCCAAGCTGGCTGGCCTGGAGGTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103058 TGGTGTGGGCAAGACGGCGCTGGTGGCCAAGCTGGCTGGCCTGGAGGTGC

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 CTGTGGTGCACCACGGGACCACCG         GCATCCAGACCACCGTG
        ||||||||||||||| ||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||
 103108 CTGTGGTGCACCACGAGACCACCGGTG...CAGGCATCCAGACCACCGTG

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 GTATTTTGGCCAGCCAAGCTGCAGGCCAGCAGCCGTGTCGTCATGTTTCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103743 GTATTTTGGCCAGCCAAGCTGCAGGCCAGCAGCCGTGTCGTCATGTTTCG

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    333 TTTTGAGTTCTGGGACTGTGGAGAGTCTGCACTCAAAAAGTTCGATCATA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103793 TTTTGAGTTCTGGGACTGTGGAGAGTCTGCACTCAAAAAGTTCGATCATA

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    383 TGCTGCTG         GCTTGCATGGAGAACACAGATGCCTTCCTCTTC
        ||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||
 103843 TGCTGCTGGTG...CAGGCTTGCATGGAGAACACAGATGCCTTCCTCTTC

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    424 CTCTTCTCCTTCACTGACCGTGCCTCCTTTGAAGACCTCCCTGGACAGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104130 CTCTTCTCCTTCACTGACCGTGCCTCCTTTGAAGACCTCCCTGGACAGCT

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    474 GGCCCGCATAGCAGGTGAGGCCCCTGGTGTCGTCAGGATGGTCATCGGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104180 GGCCCGCATAGCAGGTGAGGCCCCTGGTGTCGTCAGGATGGTCATCGGCT

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    524 CCAA         ATTTGACCAGTACATGCACACGGACGTGCCCGAGCGG
        ||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104230 CCAAGTA...CAGATTTGACCAGTACATGCACACGGACGTGCCCGAGCGG

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    565 GACCTCACAGCCTTCCGGCAGGCCTGGGAGCTGCCCCTGCTACGGGTGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104483 GACCTCACAGCCTTCCGGCAGGCCTGGGAGCTGCCCCTGCTACGGGTGAA

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    615 GAGTGTGCCGGGGCGGCGGCTGGCTGATGGGCGCACACTGGACGGGCGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104533 GAGTGTGCCGGGGCGGCGGCTGGCTGATGGGCGCACACTGGACGGGCGGG

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    665 CTGGGCTGGCCGACGTTGCCCACATACTCAATGGCCTTGCTGAGCAGCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104583 CTGGGCTGGCCGACGTTGCCCACATACTCAATGGCCTTGCTGAGCAGCTG

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    715 TGGCACCAGGACCAGGTGGCGGCTGGCCTGCTTCCCAACCCCCCAGAGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104633 TGGCACCAGGACCAGGTGGCGGCTGGCCTGCTTCCCAACCCCCCAGAGAG

    800     .    :
    765 TGCTCCTGAA
        ||||||||||
 104683 TGCTCCTGAA