seq1 = pF1KE3976.tfa, 819 bp
seq2 = pF1KE3976/gi568815597f_9255892.tfa (gi568815597f:9255892_9467572), 211681 bp

>pF1KE3976 819
>gi568815597f:9255892_9467572 (Chr1)

1-694  (100001-100694)   100% ->
695-819  (111557-111681)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGGTCAGAAGGTCACTGGAGGGATCAAGACTGTGGACATGAGGGACCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGGTCAGAAGGTCACTGGAGGGATCAAGACTGTGGACATGAGGGACCC

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 CACGTACAGGCCCCTGAAGCAGGAGCTCCAGGGTCTGGATTACTGCAAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 CACGTACAGGCCCCTGAAGCAGGAGCTCCAGGGTCTGGATTACTGCAAGC

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 CCACCCGGCTGGATCTGCTACTGGACATGCCCCCTGTGTCCTATGATGTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 CCACCCGGCTGGATCTGCTACTGGACATGCCCCCTGTGTCCTATGATGTC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 CAGCTGCTGCATTCATGGAACAACAACGACCGATCGCTCAATGTCTTTGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100151 CAGCTGCTGCATTCATGGAACAACAACGACCGATCGCTCAATGTCTTTGT

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 GAAGGAGGACGACAAGCTCATCTTTCACCGGCATCCGGTGGCCCAGAGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100201 GAAGGAGGACGACAAGCTCATCTTTCACCGGCATCCGGTGGCCCAGAGCA

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    251 CGGACGCTATCAGGGGCAAAGTCGGGTATACCCGTGGGCTGCACGTGTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100251 CGGACGCTATCAGGGGCAAAGTCGGGTATACCCGTGGGCTGCACGTGTGG

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    301 CAGATCACGTGGGCCATGAGACAGCGGGGCACACACGCCGTGGTGGGGGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100301 CAGATCACGTGGGCCATGAGACAGCGGGGCACACACGCCGTGGTGGGGGT

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    351 GGCGACGGCAGACGCCCCCCTGCACTCTGTCGGGTACACAACCCTCGTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100351 GGCGACGGCAGACGCCCCCCTGCACTCTGTCGGGTACACAACCCTCGTGG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    401 GGAATAACCACGAGTCCTGGGGCTGGGACTTGGGGCGCAACCGGCTCTAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100401 GGAATAACCACGAGTCCTGGGGCTGGGACTTGGGGCGCAACCGGCTCTAC

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    451 CACGATGGCAAGAACCAGCCAAGCAAAACATACCCAGCCTTTCTGGAACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100451 CACGATGGCAAGAACCAGCCAAGCAAAACATACCCAGCCTTTCTGGAACC

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    501 AGATGAGACATTCATTGTCCCTGACTCCTTCCTGGTAGCCCTGGACATGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100501 AGATGAGACATTCATTGTCCCTGACTCCTTCCTGGTAGCCCTGGACATGG

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    551 ACGACGGGACTCTGAGCTTCATTGTGGATGGACAGTACATGGGAGTGGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100551 ACGACGGGACTCTGAGCTTCATTGTGGATGGACAGTACATGGGAGTGGCT

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    601 TTTCGGGGACTCAAGGGCAAAAAACTGTATCCTGTAGTGAGTGCCGTCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100601 TTTCGGGGACTCAAGGGCAAAAAACTGTATCCTGTAGTGAGTGCCGTCTG

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    651 GGGCCACTGTGAGATCCGAATGCGCTACTTGAACGGACTCGATC      
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...
 100651 GGGCCACTGTGAGATCCGAATGCGCTACTTGAACGGACTCGATCGTA...

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    695    CCGAGCCGCTGCCGCTCATGGATTTGTGCCGTCGCTCGGTGCGCCTG
        >>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111554 CAGCCGAGCCGCTGCCGCTCATGGATTTGTGCCGTCGCTCGGTGCGCCTG

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    742 GCCCTGGGGAGGGAGCGCCTGGGGGAGATCCACACGCTGCCGCTGCCGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111604 GCCCTGGGGAGGGAGCGCCTGGGGGAGATCCACACGCTGCCGCTGCCGGC

    800     .    :    .    :    .
    792 TTCCCTCAAGGCCTACCTCCTCTACCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||
 111654 TTCCCTCAAGGCCTACCTCCTCTACCAG