seq1 = pF1KE3975.tfa, 741 bp
seq2 = pF1KE3975/gi568815596r_74405146.tfa (gi568815596r:74405146_74607632), 202487 bp

>pF1KE3975 741
>gi568815596r:74405146_74607632 (Chr2)

(complement)

1-57  (100001-100057)   100% ->
58-163  (100486-100591)   100% ->
164-316  (100749-100901)   100% ->
317-388  (101381-101452)   100% ->
389-494  (101576-101681)   100% ->
495-528  (101863-101896)   100% ->
529-615  (101995-102081)   100% ->
616-696  (102214-102294)   100% ->
697-741  (102443-102487)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGAGGCTTCGGAACCAGCTCCAGTCAGTGTACAAGATGGACCCGCTACG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGAGGCTTCGGAACCAGCTCCAGTCAGTGTACAAGATGGACCCGCTACG

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 GAACGAG         GAGGAGGTTCGAGTGAAGATCAAAGACTTGAATG
        |||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 GAACGAGGTG...CAGGAGGAGGTTCGAGTGAAGATCAAAGACTTGAATG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 AACACATTGTTTGCTGCCTATGCGCCGGCTACTTCGTGGATGCCACCACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100520 AACACATTGTTTGCTGCCTATGCGCCGGCTACTTCGTGGATGCCACCACC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 ATCACAGAGTGTCTTCATACTT         TCTGCAAGAGTTGTATTGT
        ||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||
 100570 ATCACAGAGTGTCTTCATACTTGTG...CAGTCTGCAAGAGTTGTATTGT

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    183 GAAGTACCTCCAAACTAGCAAGTACTGCCCCATGTGCAACATTAAGATCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100768 GAAGTACCTCCAAACTAGCAAGTACTGCCCCATGTGCAACATTAAGATCC

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    233 ACGAGACACAGCCACTGCTCAACCTCAAACTGGACCGGGTCATGCAGGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100818 ACGAGACACAGCCACTGCTCAACCTCAAACTGGACCGGGTCATGCAGGAC

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 ATCGTGTATAAGCTGGTGCCTGGCTTGCAAGACA         GTGAAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||
 100868 ATCGTGTATAAGCTGGTGCCTGGCTTGCAAGACAGTG...TAGGTGAAGA

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    324 GAAACGGATTCGGGAATTCTACCAGTCCCGAGGTTTGGACCGGGTCACCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101388 GAAACGGATTCGGGAATTCTACCAGTCCCGAGGTTTGGACCGGGTCACCC

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    374 AGCCCACTGGGGAAG         AGCCAGCACTGAGCAACCTCGGCCTC
        |||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||
 101438 AGCCCACTGGGGAAGGTA...CAGAGCCAGCACTGAGCAACCTCGGCCTC

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    415 CCCTTCAGCAGCTTTGACCACTCTAAAGCCCACTACTATCGCTATGATGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101602 CCCTTCAGCAGCTTTGACCACTCTAAAGCCCACTACTATCGCTATGATGA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    465 GCAGTTGAACCTGTGCCTGGAGCGGCTGAG         TTCTGGCAAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||
 101652 GCAGTTGAACCTGTGCCTGGAGCGGCTGAGGTG...CAGTTCTGGCAAAG

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    506 ACAAGAATAAAAGCGTCCTGCAG         AACAAGTATGTCCGATGT
        |||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||
 101874 ACAAGAATAAAAGCGTCCTGCAGGTG...CAGAACAAGTATGTCCGATGT

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    547 TCTGTTAGAGCTGAGGTACGCCATCTCCGGAGGGTCCTGTGTCACCGCTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102013 TCTGTTAGAGCTGAGGTACGCCATCTCCGGAGGGTCCTGTGTCACCGCTT

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    597 GATGCTAAACCCTCAGCAT         GTGCAGCTCCTTTTTGACAATG
        |||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||
 102063 GATGCTAAACCCTCAGCATGTG...TAGGTGCAGCTCCTTTTTGACAATG

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    638 AAGTTCTCCCTGATCACATGACAATGAAGCAGATATGGCTCTCCCGCTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102236 AAGTTCTCCCTGATCACATGACAATGAAGCAGATATGGCTCTCCCGCTGG

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    688 TTCGGCAAG         CCATCCCCTTTGCTTTTACAATACAGTGTGAA
        |||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||
 102286 TTCGGCAAGGTA...TAGCCATCCCCTTTGCTTTTACAATACAGTGTGAA

    800     .    :
    729 AGAGAAGAGGAGG
        |||||||||||||
 102475 AGAGAAGAGGAGG