seq1 = pF1KE3974.tfa, 864 bp
seq2 = pF1KE3974/gi568815586r_48049369.tfa (gi568815586r:48049369_48253496), 204128 bp

>pF1KE3974 864
>gi568815586r:48049369_48253496 (Chr12)

(complement)

1-129  (100001-100129)   100% ->
130-234  (102192-102296)   100% ->
235-864  (103499-104128)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGAGTTCCAGTATGTGGTATATTATGCAGAGCATTCAGAGCAAATACTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGAGTTCCAGTATGTGGTATATTATGCAGAGCATTCAGAGCAAATACTC

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 TCTCTCCGAGCGCTTAATCCGAACAATTGCTGCCATCCGTTCCTTCCCAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 TCTCTCCGAGCGCTTAATCCGAACAATTGCTGCCATCCGTTCCTTCCCAC

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 ATGATAATGTAGAGGACCTCATCAGAGGG         GGAGCAGATGTG
        |||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||
 100101 ATGATAATGTAGAGGACCTCATCAGAGGGGTG...CAGGGAGCAGATGTG

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 AACTGCACTCATGGCACACTGAAGCCCTTGCACTGTGCCTGTATGGTGTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102204 AACTGCACTCATGGCACACTGAAGCCCTTGCACTGTGCCTGTATGGTGTC

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 AGATGCTGACTGTGTGGAGTTACTTCTGGAAAAAGGAGCCGAG       
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>
 102254 AGATGCTGACTGTGTGGAGTTACTTCTGGAAAAAGGAGCCGAGGTA...C

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    235   GTGAATGCCCTGGATGGGTATAACCGAACAGCCCTCCACTATGCAGCA
        >>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103497 AGGTGAATGCCCTGGATGGGTATAACCGAACAGCCCTCCACTATGCAGCA

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 GAGAAAGATGAGGCTTGTGTGGAGGTCCTATTGGAGTATGGTGCAAACCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103547 GAGAAAGATGAGGCTTGTGTGGAGGTCCTATTGGAGTATGGTGCAAACCC

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    333 CAATGCTTTGGATGGCAACAGAGATACCCCACTTCACTGGGCAGCCTTTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103597 CAATGCTTTGGATGGCAACAGAGATACCCCACTTCACTGGGCAGCCTTTA

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    383 AGAACAATGCTGAGTGTGTGCGGGCTCTCCTAGAGAGCGGGGCCTCTGTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103647 AGAACAATGCTGAGTGTGTGCGGGCTCTCCTAGAGAGCGGGGCCTCTGTC

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    433 AATGCCCTGGATTACAACAATGATACACCGCTCAGCTGGGCTGCCATGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103697 AATGCCCTGGATTACAACAATGATACACCGCTCAGCTGGGCTGCCATGAA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    483 GGGAAATCTTGAGAGTGTCAGCATCCTTCTGGATTATGGCGCAGAGGTCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103747 GGGAAATCTTGAGAGTGTCAGCATCCTTCTGGATTATGGCGCAGAGGTCA

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    533 GAGTCATCAACCTAATAGGCCAGACACCCATCTCCCGCCTGGTGGCTCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103797 GAGTCATCAACCTAATAGGCCAGACACCCATCTCCCGCCTGGTGGCTCTG

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    583 CTAGTCAGGGGACTTGGAACAGAGAAAGAGGACTCTTGCTTTGAGCTCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103847 CTAGTCAGGGGACTTGGAACAGAGAAAGAGGACTCTTGCTTTGAGCTCCT

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    633 CCACAGAGCTGTTGGACACTTTGAATTGAGGAAAAATGGCACCATGCCAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103897 CCACAGAGCTGTTGGACACTTTGAATTGAGGAAAAATGGCACCATGCCAC

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    683 GAGAGGTGGCCAGAGACCCGCAGCTATGTGAAAAACTGACTGTTCTGTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103947 GAGAGGTGGCCAGAGACCCGCAGCTATGTGAAAAACTGACTGTTCTGTGC

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    733 TCAGCTCCAGGAACTCTAAAAACACTCGCTCGCTATGCCGTGCGCCGTAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103997 TCAGCTCCAGGAACTCTAAAAACACTCGCTCGCTATGCCGTGCGCCGTAG

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    783 CCTGGGACTCCAGTATCTCCCCGATGCAGTGAAGGGCCTTCCACTGCCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104047 CCTGGGACTCCAGTATCTCCCCGATGCAGTGAAGGGCCTTCCACTGCCAG

    850     .    :    .    :    .    :
    833 CTTCTTTGAAGGAATACCTGTTACTTTTAGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||
 104097 CTTCTTTGAAGGAATACCTGTTACTTTTAGAA