seq1 = pF1KE3972.tfa, 1308 bp
seq2 = pF1KE3972/gi568815581r_39161463.tfa (gi568815581r:39161463_39501402), 339940 bp

>pF1KE3972 1308
>gi568815581r:39161463_39501402 (Chr17)

(complement)

37-104  (158155-158223)   98% ->
105-159  (197764-197818)   100% ->
160-234  (200328-200402)   100% ->
235-329  (202319-202413)   100% ->
330-398  (204208-204276)   100% ->
399-494  (215830-215925)   100% ->
495-621  (218548-218674)   100% ->
622-696  (219940-220014)   100% ->
697-827  (226303-226433)   100% ->
828-888  (230547-230607)   100% ->
889-933  (232532-232576)   100% ->
934-990  (235950-236006)   100% ->
991-1203  (237016-237228)   100% ->
1204-1308  (239836-239940)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     37 TTTG AGATGTTCTCAAATAGTGATGAAGCTGTAATCAATAAAAAACTTC
        ||||-|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 158155 TTTGCAGATGTTCTCAAATAGTGATGAAGCTGTAATCAATAAAAAACTTC

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     86 CCAAAGAACTCCTGTTACG         GATATTTTCTTTTCTAGATGTT
        |||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||
 158205 CCAAAGAACTCCTGTTACGGTA...TAGGATATTTTCTTTTCTAGATGTT

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    127 GTTACCCTGTGCCGCTGTGCTCAGGTCTCCAGG         GCCTGGAA
        |||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||
 197786 GTTACCCTGTGCCGCTGTGCTCAGGTCTCCAGGGTA...TAGGCCTGGAA

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    168 TGTTCTGGCTCTGGATGGCAGTAACTGGCAGCGAATTGACCTATTTGATT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 200336 TGTTCTGGCTCTGGATGGCAGTAACTGGCAGCGAATTGACCTATTTGATT

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    218 TCCAGAGGGATATTGAG         GGCCGAGTAGTGGAGAATATTTCA
        |||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||
 200386 TCCAGAGGGATATTGAGGTA...CAGGGCCGAGTAGTGGAGAATATTTCA

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    259 AAACGATGTGGGGGCTTTTTACGAAAGTTAAGTCTTCGTGGATGTCTTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 202343 AAACGATGTGGGGGCTTTTTACGAAAGTTAAGTCTTCGTGGATGTCTTGG

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    309 AGTGGGAGACAATGCATTAAG         AACCTTTGCACAAAACTGCA
        |||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||
 202393 AGTGGGAGACAATGCATTAAGGTA...AAGAACCTTTGCACAAAACTGCA

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    350 GGAACATTGAAGTACTGAATCTAAATGGGTGTACAAAGACAACAGACGC 
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>
 204228 GGAACATTGAAGTACTGAATCTAAATGGGTGTACAAAGACAACAGACGCG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    399         TACATGTACTAGCCTTAGCAAGTTCTGTTCCAAACTCAGGCA
        >>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 204278 TA...CAGTACATGTACTAGCCTTAGCAAGTTCTGTTCCAAACTCAGGCA

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    441 CCTTGACTTGGCTTCCTGTACATCAATAACAAACATGTCTCTAAAAGCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 215872 CCTTGACTTGGCTTCCTGTACATCAATAACAAACATGTCTCTAAAAGCTC

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    491 TGAG         TGAGGGATGTCCACTGTTGGAGCAGTTGAACATTTCC
        ||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 215922 TGAGGTA...AAGTGAGGGATGTCCACTGTTGGAGCAGTTGAACATTTCC

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    532 TGGTGTGACCAAGTAACCAAGGATGGCATTCAAGCACTAGTGAGGGGCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 218585 TGGTGTGACCAAGTAACCAAGGATGGCATTCAAGCACTAGTGAGGGGCTG

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    582 TGGGGGTCTCAAGGCCTTATTCTTAAAAGGCTGCACGCAG         C
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|
 218635 TGGGGGTCTCAAGGCCTTATTCTTAAAAGGCTGCACGCAGGTA...TAGC

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    623 TAGAAGATGAAGCTCTCAAGTACATAGGTGCACACTGCCCTGAACTGGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 219941 TAGAAGATGAAGCTCTCAAGTACATAGGTGCACACTGCCCTGAACTGGTG

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    673 ACTTTGAACTTGCAGACTTGCTTG         CAAATCACAGATGAAGG
        ||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||
 219991 ACTTTGAACTTGCAGACTTGCTTGGTA...TAGCAAATCACAGATGAAGG

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    714 TCTCATTACTATATGCAGAGGGTGCCATAAGTTACAATCCCTTTGTGCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 226320 TCTCATTACTATATGCAGAGGGTGCCATAAGTTACAATCCCTTTGTGCCT

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    764 CTGGCTGCTCCAACATCACAGATGCCATCCTGAATGCTCTAGGTCAGAAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 226370 CTGGCTGCTCCAACATCACAGATGCCATCCTGAATGCTCTAGGTCAGAAC

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    814 TGCCCACGGCTTAG         AATATTGGAAGTGGCAAGATGTTCTCA
        ||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||
 226420 TGCCCACGGCTTAGGTA...CAGAATATTGGAAGTGGCAAGATGTTCTCA

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    855 ATTAACAGATGTGGGCTTTACCACTCTAGCCAGG         AATTGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||
 230574 ATTAACAGATGTGGGCTTTACCACTCTAGCCAGGGTA...TAGAATTGCC

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    896 ATGAACTTGAAAAGATGGACCTGGAAGAGTGTGTTCAG         ATA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||
 232539 ATGAACTTGAAAAGATGGACCTGGAAGAGTGTGTTCAGGTA...CAGATA

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    937 ACAGATAGCACATTAATCCAACTTTCTATACACTGTCCTCGACTTCAAGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 235953 ACAGATAGCACATTAATCCAACTTTCTATACACTGTCCTCGACTTCAAGT

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    987 ATTG         AGTCTGTCTCACTGTGAGCTGATCACAGATGATGGAA
        ||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 236003 ATTGGTG...CAGAGTCTGTCTCACTGTGAGCTGATCACAGATGATGGAA

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1028 TTCGTCACCTGGGGAATGGGGCCTGCGCCCATGACCAGCTGGAGGTGATT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 237053 TTCGTCACCTGGGGAATGGGGCCTGCGCCCATGACCAGCTGGAGGTGATT

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1078 GAGCTGGACAACTGCCCACTAATCACAGATGCATCCCTGGAGCACTTGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 237103 GAGCTGGACAACTGCCCACTAATCACAGATGCATCCCTGGAGCACTTGAA

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1128 GAGCTGTCATAGCCTTGAGCGGATAGAACTCTATGACTGCCAGCAAATCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 237153 GAGCTGTCATAGCCTTGAGCGGATAGAACTCTATGACTGCCAGCAAATCA

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1178 CACGGGCTGGAATCAAGAGACTCAGG         ACCCATTTACCCAAT
        ||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||
 237203 CACGGGCTGGAATCAAGAGACTCAGGGTA...CAGACCCATTTACCCAAT

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1219 ATTAAAGTCCACGCCTACTTCGCACCTGTCACTCCACCCCCATCAGTAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 239851 ATTAAAGTCCACGCCTACTTCGCACCTGTCACTCCACCCCCATCAGTAGG

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :
   1269 GGGCAGCAGACAGCGCTTCTGCAGATGCTGCATCATCCTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 239901 GGGCAGCAGACAGCGCTTCTGCAGATGCTGCATCATCCTA