seq1 = pF1KE3971.tfa, 1362 bp
seq2 = pF1KE3971/gi568815592r_117463257.tfa (gi568815592r:117463257_117702288), 239032 bp

>pF1KE3971 1362
>gi568815592r:117463257_117702288 (Chr6)

(complement)

1-285  (100001-100285)   100% ->
286-450  (123225-123389)   100% ->
451-626  (126937-127112)   100% ->
627-792  (128657-128822)   100% ->
793-888  (131334-131429)   100% ->
889-1053  (132553-132717)   100% ->
1054-1234  (135255-135435)   100% ->
1235-1362  (138905-139032)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGTCGGCGGGCGGTCCATGCCCAGCAGCAGCCGGAGGGGGCCCAGGGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGTCGGCGGGCGGTCCATGCCCAGCAGCAGCCGGAGGGGGCCCAGGGGG

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 CGCCTCCTGCTCCGTGGGGGCCCCTGGCGGGGTATCCATGTTCCGGTGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 CGCCTCCTGCTCCGTGGGGGCCCCTGGCGGGGTATCCATGTTCCGGTGGC

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 TGGAGGTGCTGGAGAAGGAGTTCGACAAAGCTTTTGTGGATGTGGATCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 TGGAGGTGCTGGAGAAGGAGTTCGACAAAGCTTTTGTGGATGTGGATCTG

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 CTCCTGGGAGAGATCGATCCAGACCAAGCGGACATCACTTATGAGGGGCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100151 CTCCTGGGAGAGATCGATCCAGACCAAGCGGACATCACTTATGAGGGGCG

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 ACAGAAGATGACCAGCCTGAGCTCCTGCTTTGCACAGCTTTGCCACAAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100201 ACAGAAGATGACCAGCCTGAGCTCCTGCTTTGCACAGCTTTGCCACAAAG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    251 CCCAGTCTGTGTCTCAAATCAACCACAAGCTGGAG         GCACAG
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||
 100251 CCCAGTCTGTGTCTCAAATCAACCACAAGCTGGAGGTG...AAGGCACAG

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    292 TTGGTGGATCTGAAATCTGAACTGACAGAAACCCAAGCAGAGAAAGTTGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 123231 TTGGTGGATCTGAAATCTGAACTGACAGAAACCCAAGCAGAGAAAGTTGT

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    342 TTTGGAGAAAGAAGTACATGATCAGCTTTTACAGCTGCACTCTATTCAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 123281 TTTGGAGAAAGAAGTACATGATCAGCTTTTACAGCTGCACTCTATTCAGC

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    392 TGCAGCTTCATGCTAAAACTGGTCAAAGTGCTGACTCTGGTACCATTAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 123331 TGCAGCTTCATGCTAAAACTGGTCAAAGTGCTGACTCTGGTACCATTAAG

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    442 GCAAAATTG         GAAAGAGAGCTTGAGGCAAACAAAAAAGAAAA
        |||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||
 123381 GCAAAATTGGTA...TAGGAAAGAGAGCTTGAGGCAAACAAAAAAGAAAA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    483 AATGAAAGAAGCACAACTTGAAGCTGAAGTGAAATTGTTGAGAAAAGAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 126969 AATGAAAGAAGCACAACTTGAAGCTGAAGTGAAATTGTTGAGAAAAGAGA

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    533 ATGAAGCCCTTCGTAGACATATAGCTGTTCTCCAGGCTGAAGTATATGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 127019 ATGAAGCCCTTCGTAGACATATAGCTGTTCTCCAGGCTGAAGTATATGGG

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    583 GCGAGACTAGCTGCCAAGTACTTGGATAAGGAACTGGCAGGAAG      
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...
 127069 GCGAGACTAGCTGCCAAGTACTTGGATAAGGAACTGGCAGGAAGGTG...

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    627    GGTCCAACAGATACAATTGCTAGGACGAGATATGAAGGGACCTGCTC
        >>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 128654 AAGGGTCCAACAGATACAATTGCTAGGACGAGATATGAAGGGACCTGCTC

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    674 ATGATAAGCTTTGGAACCAATTAGAAGCTGAAATACATTTGCATCGTCAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 128704 ATGATAAGCTTTGGAACCAATTAGAAGCTGAAATACATTTGCATCGTCAC

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    724 AAAACTGTGATCCGAGCCTGCAGAGGACGTAATGACTTGAAACGACCAAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 128754 AAAACTGTGATCCGAGCCTGCAGAGGACGTAATGACTTGAAACGACCAAT

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    774 GCAAGCACCACCAGGCCAT         GATCAAGATTCCCTAAAGAAAA
        |||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||
 128804 GCAAGCACCACCAGGCCATGTA...AAGGATCAAGATTCCCTAAAGAAAA

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    815 GCCAAGGTGTTGGTCCAATTAGAAAAGTTCTCCTCCTTAAGGAAGATCAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 131356 GCCAAGGTGTTGGTCCAATTAGAAAAGTTCTCCTCCTTAAGGAAGATCAT

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    865 GAAGGCCTTGGCATTTCAATTACA         GGTGGGAAAGAACATGG
        ||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||
 131406 GAAGGCCTTGGCATTTCAATTACAGTA...TAGGGTGGGAAAGAACATGG

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    906 TGTTCCAATCCTCATCTCTGAGATCCATCCGGGGCAACCTGCTGATAGAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 132570 TGTTCCAATCCTCATCTCTGAGATCCATCCGGGGCAACCTGCTGATAGAT

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    956 GCGGAGGGCTGCACGTTGGGGATGCTATTTTGGCAGTCAACGGAGTTAAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 132620 GCGGAGGGCTGCACGTTGGGGATGCTATTTTGGCAGTCAACGGAGTTAAC

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1006 CTAAGGGACACAAAGCATAAAGAAGCTGTAACTATTCTTTCTCAGCAG  
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>
 132670 CTAAGGGACACAAAGCATAAAGAAGCTGTAACTATTCTTTCTCAGCAGGT

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1054        AGAGGAGAGATTGAATTTGAAGTAGTTTATGTGGCTCCTGAAG
        >...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 132720 A...TAGAGAGGAGAGATTGAATTTGAAGTAGTTTATGTGGCTCCTGAAG

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1097 TGGATTCTGATGATGAAAACGTAGAGTATGAAGATGAGAGTGGACATCGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 135298 TGGATTCTGATGATGAAAACGTAGAGTATGAAGATGAGAGTGGACATCGT

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1147 TACCGTTTGTACCTTGATGAGTTAGAAGGAGGTGGTAACCCTGGTGCTAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 135348 TACCGTTTGTACCTTGATGAGTTAGAAGGAGGTGGTAACCCTGGTGCTAG

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1197 TTGCAAAGACACAAGTGGGGAAATCAAAGTATTACAAG         GAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||
 135398 TTGCAAAGACACAAGTGGGGAAATCAAAGTATTACAAGGTA...CAGGAT

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1238 TTAATAAGAAGGCAGTAACTGACACACATGAAAATGGAGACCTGGGCACT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 138908 TTAATAAGAAGGCAGTAACTGACACACATGAAAATGGAGACCTGGGCACT

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1288 GCAAGTGAAACTCCGCTAGATGACGGTGCTTCAAAATTAGATGATCTGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 138958 GCAAGTGAAACTCCGCTAGATGACGGTGCTTCAAAATTAGATGATCTGCA

   1400     .    :    .    :    .
   1338 CACTCTGTATCATAAAAAATCTTAT
        |||||||||||||||||||||||||
 139008 CACTCTGTATCATAAAAAATCTTAT