seq1 = pF1KE3970.tfa, 459 bp
seq2 = pF1KE3970/gi568815596f_85495764.tfa (gi568815596f:85495764_85697501), 201738 bp

>pF1KE3970 459
>gi568815596f:85495764_85697501 (Chr2)

1-86  (100001-100086)   100% ->
87-217  (100756-100886)   100% ->
218-327  (101059-101168)   100% ->
328-402  (101341-101415)   100% ->
403-459  (101682-101738)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGCGTCCTATTTCGATGAACACGACTGCGAGCCGTCGGACCCTGAGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGCGTCCTATTTCGATGAACACGACTGCGAGCCGTCGGACCCTGAGCA

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 GGAGACGCGAACCAACATGCTGCTGGAGCTCGCAAG         GTCAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||
 100051 GGAGACGCGAACCAACATGCTGCTGGAGCTCGCAAGGTG...CAGGTCAC

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 TTTTCAATAGGATGGACTTTGAAGACTTGGGGTTGGTAGTAGATTGGGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100761 TTTTCAATAGGATGGACTTTGAAGACTTGGGGTTGGTAGTAGATTGGGAC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 CACCACCTGCCTCCACCAGCTGCCAAGACTGTGGTTGAGAACCTCCCCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100811 CACCACCTGCCTCCACCAGCTGCCAAGACTGTGGTTGAGAACCTCCCCAG

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 GACAGTCATCAGAGGCTCTCAGGCTG         AGCTCAAGTGCCCCG
        ||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||
 100861 GACAGTCATCAGAGGCTCTCAGGCTGGTG...AAGAGCTCAAGTGCCCCG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    233 TGTGTCTTTTGGAATTTGAGGAGGAGGAGACTGCCATTGAGATGCCTTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101074 TGTGTCTTTTGGAATTTGAGGAGGAGGAGACTGCCATTGAGATGCCTTGC

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 CATCACCTTTTCCATTCCAGCTGCATTCTGCCCTGGCTAAGCAAG     
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>..
 101124 CATCACCTTTTCCATTCCAGCTGCATTCTGCCCTGGCTAAGCAAGGTA..

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    328     ACAAATTCCTGTCCCTTGTGCCGCTATGAGCTGCCCACTGATGACG
        .>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101174 .CAGACAAATTCCTGTCCCTTGTGCCGCTATGAGCTGCCCACTGATGACG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    374 ACACTTATGAGGAGCACAGACGAGATAAG         GCTCGAAAACAG
        |||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||
 101387 ACACTTATGAGGAGCACAGACGAGATAAGGTA...CAGGCTCGAAAACAG

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .
    415 CAGCAGCAACACCGACTGGAGAACCTCCATGGAGCCATGTACACG
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101694 CAGCAGCAACACCGACTGGAGAACCTCCATGGAGCCATGTACACG