seq1 = pF1KE3968.tfa, 1215 bp
seq2 = pF1KE3968/gi568815581f_44208833.tfa (gi568815581f:44208833_44416726), 207894 bp

>pF1KE3968 1215
>gi568815581f:44208833_44416726 (Chr17)

1-107  (100001-100107)   100% ->
108-223  (103748-103863)   100% ->
224-372  (104272-104420)   100% ->
373-458  (104586-104671)   100% ->
459-548  (105903-105992)   100% ->
549-629  (106097-106177)   100% ->
630-795  (106323-106488)   99% ->
796-953  (106620-106777)   100% ->
954-1091  (107553-107690)   100% ->
1092-1198  (107787-107893)   100% ->
1199-1215  (108653-108669)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGAAGCGAGCTTTGTCCAGACCACCATGGCTCTGGGGCTGTCCTCCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGAAGCGAGCTTTGTCCAGACCACCATGGCTCTGGGGCTGTCCTCCAA

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 GAAAGCGTCCTCTCGCAACGTGGCTGTGGAGCGTAAGAACCTGATCACCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 GAAAGCGTCCTCTCGCAACGTGGCTGTGGAGCGTAAGAACCTGATCACCG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 TGTGCAG         GTTCTCTGTGAAAACGCTGCTGGAGAAGTACACA
        |||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 TGTGCAGGTG...CAGGTTCTCTGTGAAAACGCTGCTGGAGAAGTACACA

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 GCGGAGCCCATCGATGACTCATCGGAGGAGTTTGTCAATTTTGCAGCCAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103782 GCGGAGCCCATCGATGACTCATCGGAGGAGTTTGTCAATTTTGCAGCCAT

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 TTTAGAGCAGATCCTCAGCCACCGCTTCAAAG         CCTGTGCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||
 103832 TTTAGAGCAGATCCTCAGCCACCGCTTCAAAGGTG...CAGCCTGTGCCC

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    233 CAGCAGGTCCAGTGAGCTGGTTCAGCTCAGACGGGCAGCGGGGCTTTTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104281 CAGCAGGTCCAGTGAGCTGGTTCAGCTCAGACGGGCAGCGGGGCTTTTGG

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 GACTATATCCGGCTGGCCTGCAGCAAAGTGCCCAACAACTGTGTGAGCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104331 GACTATATCCGGCTGGCCTGCAGCAAAGTGCCCAACAACTGTGTGAGCAG

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    333 CATCGAGAACATGGAGAACATCAGCACAGCCCGGGCCAAG         G
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|
 104381 CATCGAGAACATGGAGAACATCAGCACAGCCCGGGCCAAGGTG...CAGG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    374 GCCGGGCATGGATCCGGGTGGCACTGATGGAGAAGCGCATGTCAGAATAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104587 GCCGGGCATGGATCCGGGTGGCACTGATGGAGAAGCGCATGTCAGAATAC

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    424 ATCACCACGGCTCTGCGTGACACCCGGACCACCAG         ACGGTT
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||
 104637 ATCACCACGGCTCTGCGTGACACCCGGACCACCAGGTC...CAGACGGTT

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    465 CTATGACTCTGGAGCCATCATGCTGCGGGATGAAGCCACCATCCTCACCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105909 CTATGACTCTGGAGCCATCATGCTGCGGGATGAAGCCACCATCCTCACCG

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    515 GAATGCTGATCGGACTGAGCGCCATCGACTTCAG         CTTCTGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||
 105959 GAATGCTGATCGGACTGAGCGCCATCGACTTCAGGTG...CAGCTTCTGT

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    556 CTAAAGGGGGAAGTCCTGGACGGGAAGACCCCCGTGGTCATCGATTACAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106104 CTAAAGGGGGAAGTCCTGGACGGGAAGACCCCCGTGGTCATCGATTACAC

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    606 GCCCTACCTAAAGTTCACGCAGAG         CTACGACTACCTGACGG
        ||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||
 106154 GCCCTACCTAAAGTTCACGCAGAGGTG...AAGCTACGACTACCTGACGG

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    647 ACGAGGAGGAGCGGCACAGCGCCGAGAGCAGCACGAGCGAGGACAACTCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106340 ACGAGGAGGAGCGGCACAGCGCCGAGAGCAGCACGAGCGAGGACAACTCG

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    697 CCCGAGCACCCGTACCTCCCGCTCGTCACCGACGAGGACAGCTGGTACAG
        |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||
 106390 CCCGAGCACCCGTACCTCCCGCTCGTCACCGATGAGGACAGCTGGTACAG

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    747 CAAGTGGCACAAGATGGAGCAGAAGTTCCGCATCGTCTACGCGCAGAAG 
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>
 106440 CAAGTGGCACAAGATGGAGCAGAAGTTCCGCATCGTCTACGCGCAGAAGG

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    796         GGCTACCTGGAGGAGCTGGTGCGTCTGCGCGAGTCGCAGCTG
        >>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106490 TG...CAGGGCTACCTGGAGGAGCTGGTGCGTCTGCGCGAGTCGCAGCTG

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    838 AAGGACCTGGAGGCGGAGAACCGGCGGCTTCAGCTGCAGCTGGAGGAGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106662 AAGGACCTGGAGGCGGAGAACCGGCGGCTTCAGCTGCAGCTGGAGGAGGC

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    888 GGCGGCGCAGAACCAGCGCGAGAAACGGGAGCTGGAAGGCGTGATCCTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106712 GGCGGCGCAGAACCAGCGCGAGAAACGGGAGCTGGAAGGCGTGATCCTGG

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    938 AGCTGCAGGAGCAGCT         GACAGGTCTGATCCCCAGTGACCAC
        ||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||
 106762 AGCTGCAGGAGCAGCTGTG...CAGGACAGGTCTGATCCCCAGTGACCAC

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    979 GCCCCTCTGGCCCAGGGTTCCAAGGAGCTCACTACACCCCTGGTCAATCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107578 GCCCCTCTGGCCCAGGGTTCCAAGGAGCTCACTACACCCCTGGTCAATCA

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1029 ATGGCCCTCACTGGGAACGCTTAATGGGGCCGAGGGCGCCAGCAACTCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107628 ATGGCCCTCACTGGGAACGCTTAATGGGGCCGAGGGCGCCAGCAACTCCA

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1079 AGCTCTACCGGAG         ACACAGCTTCATGAGCACGGAGCCGCTG
        |||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||
 107678 AGCTCTACCGGAGGTA...CAGACACAGCTTCATGAGCACGGAGCCGCTG

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1120 TCAGCTGAAGCCAGTCTGAGCTCGGACTCCCAGCGCCTGGGAGAGGGCAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107815 TCAGCTGAAGCCAGTCTGAGCTCGGACTCCCAGCGCCTGGGAGAGGGCAC

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1170 GCGGGACGAGGAGCCCTGGGGTCCCATCG         GAAGCTCAGAGC
        |||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||
 107865 GCGGGACGAGGAGCCCTGGGGTCCCATCGGTG...CAGGAAGCTCAGAGC

   1300     .
   1211 CAAAT
        |||||
 108665 CAAAT