seq1 = pF1KE3966.tfa, 1041 bp
seq2 = pF1KE3966/gi568815587r_5565510.tfa (gi568815587r:5565510_5780177), 214668 bp

>pF1KE3966 1041
>gi568815587r:5565510_5780177 (Chr11)

(complement)

1-417  (100001-100417)   100% ->
418-513  (101009-101104)   98% ->
514-744  (101744-101974)   100% ->
745-767  (112467-112489)   100% ->
768-868  (114097-114197)   100% ->
869-1041  (114496-114668)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGCTTCTGGAATCCTGGTTAATGTAAAGGAGGAGGTGACCTGCCCCAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGCTTCTGGAATCCTGGTTAATGTAAAGGAGGAGGTGACCTGCCCCAT

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 CTGCCTGGAACTCCTGACACAACCCCTGAGCCTGGACTGCGGCCACAGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 CTGCCTGGAACTCCTGACACAACCCCTGAGCCTGGACTGCGGCCACAGCT

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 TCTGCCAAGCATGCCTCACTGCAAACCACAAGAAGTCCATGCTAGACAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 TCTGCCAAGCATGCCTCACTGCAAACCACAAGAAGTCCATGCTAGACAAA

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 GGAGAGAGTAGCTGCCCTGTGTGCCGGATCAGTTACCAGCCTGAGAACAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100151 GGAGAGAGTAGCTGCCCTGTGTGCCGGATCAGTTACCAGCCTGAGAACAT

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 ACGGCCTAATCGGCATGTAGCCAACATAGTGGAGAAGCTCAGGGAGGTCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100201 ACGGCCTAATCGGCATGTAGCCAACATAGTGGAGAAGCTCAGGGAGGTCA

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    251 AGTTGAGCCCAGAGGGGCAGAAAGTTGATCATTGTGCACGCCATGGAGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100251 AGTTGAGCCCAGAGGGGCAGAAAGTTGATCATTGTGCACGCCATGGAGAG

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    301 AAACTTCTACTCTTCTGTCAGGAGGACGGGAAGGTCATTTGCTGGCTTTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100301 AAACTTCTACTCTTCTGTCAGGAGGACGGGAAGGTCATTTGCTGGCTTTG

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    351 TGAGCGGTCTCAGGAGCACCGTGGTCACCACACGTTCCTCACAGAGGAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100351 TGAGCGGTCTCAGGAGCACCGTGGTCACCACACGTTCCTCACAGAGGAGG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    401 TTGCCCGGGAGTACCAA         GTGAAGCTCCAGGCAGCTCTGGAG
        |||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||
 100401 TTGCCCGGGAGTACCAAGTA...CAGGTGAAGCTCCAGGCAGCTCTGGAG

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    442 ATGCTGAGGCAGAAGCAGCAGGAAGCTGAAGAGTTGGAAGCTGACATCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||
 101033 ATGCTGAGGCAGAAGCAGCAGGAAGCTGAAGAGTTAGAAGCTGACATCAG

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    492 AGAAGAGAAAGCTTCCTGGAAG         ACTCAAATACAGTATGACA
        ||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||
 101083 AGAAGAGAAAGCTTCCTGGAAGGCA...AAGACTCAAATACAGTATGACA

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    533 AAACCAACGTCTTGGCAGATTTTGAGCAACTGAGAGACATCCTGGACTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101763 AAACCAACGTCTTGGCAGATTTTGAGCAACTGAGAGACATCCTGGACTGG

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    583 GAGGAGAGCAATGAGCTGCAAAACCTGGAGAAGGAGGAGGAAGACATTCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101813 GAGGAGAGCAATGAGCTGCAAAACCTGGAGAAGGAGGAGGAAGACATTCT

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    633 GAAAAGCCTTACGAACTCTGAAACTGAGATGGTGCAGCAGACCCAGTCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101863 GAAAAGCCTTACGAACTCTGAAACTGAGATGGTGCAGCAGACCCAGTCCC

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    683 TGAGAGAGCTCATCTCAGATCTGGAGCATCGGCTGCAGGGGTCAGTGATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101913 TGAGAGAGCTCATCTCAGATCTGGAGCATCGGCTGCAGGGGTCAGTGATG

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    733 GAGCTGCTTCAG         GGTGTGGATGGCGTCATAAAAAG      
        ||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||>>>...
 101963 GAGCTGCTTCAGGTA...TAGGGTGTGGATGGCGTCATAAAAAGGTA...

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    768    GACGGAGAACGTGACCTTGAAGAAGCCAGAAACTTTTCCAAAAAATC
        >>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114094 TAGGACGGAGAACGTGACCTTGAAGAAGCCAGAAACTTTTCCAAAAAATC

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    815 AAAGGAGAGTGTTTCGAGCTCCTGATCTGAAAGGAATGCTAGAAGTGTTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114144 AAAGGAGAGTGTTTCGAGCTCCTGATCTGAAAGGAATGCTAGAAGTGTTT

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    865 AGAG         AGCTGACAGATGTCCGACGCTACTGGGGTAAGGAGAA
        ||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114194 AGAGGTG...CAGAGCTGACAGATGTCCGACGCTACTGGGGTAAGGAGAA

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    906 GTCACATTATCATAAGCCACCCTGCGGCTTATCATTATTATTATCTTTAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114533 GTCACATTATCATAAGCCACCCTGCGGCTTATCATTATTATTATCTTTAT

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    956 CTTTTAGAATTTTATGTTCTCTATTAGGCTCATGTTTTAAGATTTATGAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114583 CTTTTAGAATTTTATGTTCTCTATTAGGCTCATGTTTTAAGATTTATGAT

   1050     .    :    .    :    .    :    .
   1006 TCTCCTTCCAAGACACACATAACTTACCCCTCCTTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114633 TCTCCTTCCAAGACACACATAACTTACCCCTCCTTA