seq1 = pF1KE3963.tfa, 1404 bp
seq2 = pF1KE3963/gi568815597r_228294708.tfa (gi568815597r:228294708_228506561), 211854 bp

>pF1KE3963 1404
>gi568815597r:228294708_228506561 (Chr1)

(complement)

1-408  (100001-100408)   100% ->
409-507  (104401-104500)   98% ->
508-735  (105371-105598)   100% ->
736-758  (109397-109419)   100% ->
759-859  (109515-109615)   100% ->
860-1404  (111310-111854)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGCCGCCCCCGACCTGTCCACCAACCTCCAGGAGGAGGCCACCTGCGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGCCGCCCCCGACCTGTCCACCAACCTCCAGGAGGAGGCCACCTGCGC

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 CATCTGCCTCGACTACTTCACGGATCCGGTGATGACCGACTGCGGCCACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 CATCTGCCTCGACTACTTCACGGATCCGGTGATGACCGACTGCGGCCACA

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 ACTTCTGCCGCGAGTGCATCCGGCGCTGCTGGGGCCAGCCCGAGGGCCCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 ACTTCTGCCGCGAGTGCATCCGGCGCTGCTGGGGCCAGCCCGAGGGCCCG

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 TACGCGTGCCCCGAGTGCCGCGAGCTGTCCCCGCAGAGGAACCTGCGGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100151 TACGCGTGCCCCGAGTGCCGCGAGCTGTCCCCGCAGAGGAACCTGCGGCC

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 CAACCGCCCGCTTGCTAAGATGGCCGAGATGGCGCGGCGCCTGCACCCGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100201 CAACCGCCCGCTTGCTAAGATGGCCGAGATGGCGCGGCGCCTGCACCCGC

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    251 CGTCGCCGGTCCCGCAGGGCGTGTGCCCCGCGCACCGCGAGCCACTGGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100251 CGTCGCCGGTCCCGCAGGGCGTGTGCCCCGCGCACCGCGAGCCACTGGCC

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    301 GCCTTCTGTGGCGACGAGCTGCGCCTCCTGTGTGCGGCCTGCGAGCGCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100301 GCCTTCTGTGGCGACGAGCTGCGCCTCCTGTGTGCGGCCTGCGAGCGCTC

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    351 TGGGGAGCACTGGGCGCACCGCGTGCGGCCGCTGCAGGACGCGGCCGAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100351 TGGGGAGCACTGGGCGCACCGCGTGCGGCCGCTGCAGGACGCGGCCGAAG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    401 ACCTCAAG         GCGAAGCTGGAGAAGTCACTGGAGCATCTCCGG
        ||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||
 100401 ACCTCAAGGTG...CAGGCGAAGCTGGAGAAGTCACTGGAGCATCTCCGG

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    442 AAGCAGATGCAGGATGCGTTGCTGTTCCAAGCCCAGGCGGATGAGACCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104434 AAGCAGATGCAGGATGCGTTGCTGTTCCAAGCCCAGGCGGATGAGACCTG

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    492 CGTCTTGTGGCAG AAG         ATGGTGGAGAGCCAGCGGCAGAAC
        |||||||||||||- ||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||
 104484 CGTCTTGTGGCAGGCAGGTG...AAGATGGTGGAGAGCCAGCGGCAGAAC

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    532 GTGCTGGGTGAGTTCGAGCGTCTTCGCCGTTTGCTGGCAGAGGAGGAGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105395 GTGCTGGGTGAGTTCGAGCGTCTTCGCCGTTTGCTGGCAGAGGAGGAGCA

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    582 GCAGCTGCTGCAGAGGCTGGAGGAGGAGGAGCTGGAGGTGCTGCCCCGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105445 GCAGCTGCTGCAGAGGCTGGAGGAGGAGGAGCTGGAGGTGCTGCCCCGGC

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    632 TGCGGGAGGGCGCAGCCCACCTAGGCCAGCAGAGCGCCCACCTAGCTGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105495 TGCGGGAGGGCGCAGCCCACCTAGGCCAGCAGAGCGCCCACCTAGCTGAG

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    682 CTCATCGCCGAGCTCGAGGGCCGCTGCCAGCTGCCTGCTCTGGGGCTGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105545 CTCATCGCCGAGCTCGAGGGCCGCTGCCAGCTGCCTGCTCTGGGGCTGCT

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    732 GCAG         GACATCAAGGACGCCCTGCGCAG         GGTCC
        ||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||
 105595 GCAGGTG...TAGGACATCAAGGACGCCCTGCGCAGGTA...TAGGGTCC

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    764 AGGATGTGAAGCTGCAGCCCCCAGAAGTTGTGCCTATGGAGCTGAGGACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109520 AGGATGTGAAGCTGCAGCCCCCAGAAGTTGTGCCTATGGAGCTGAGGACC

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    814 GTGTGCAGGGTCCCGGGACTGGTAGAGACACTGCGGAGGTTTCGAG    
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>.
 109570 GTGTGCAGGGTCCCGGGACTGGTAGAGACACTGCGGAGGTTTCGAGGTA.

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    860      GGGACGTGACCTTGGACCCGGACACCGCCAACCCTGAGCTGATCC
        ..>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109620 ..CAGGGGACGTGACCTTGGACCCGGACACCGCCAACCCTGAGCTGATCC

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    905 TGTCTGAAGACAGGCGGAGCGTGCAGCGGGGGGACCTACGGCAGGCCCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111355 TGTCTGAAGACAGGCGGAGCGTGCAGCGGGGGGACCTACGGCAGGCCCTG

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    955 CCGGACAGCCCAGAGCGCTTTGACCCCGGCCCCTGCGTGCTGGGCCAGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111405 CCGGACAGCCCAGAGCGCTTTGACCCCGGCCCCTGCGTGCTGGGCCAGGA

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1005 GCGCTTCACCTCAGGCCGCCACTACTGGGAGGTGGAGGTTGGGGACCGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111455 GCGCTTCACCTCAGGCCGCCACTACTGGGAGGTGGAGGTTGGGGACCGCA

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1055 CCAGCTGGGCCCTGGGGGTGTGCAGGGAGAACGTGAACAGGAAGGAGAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111505 CCAGCTGGGCCCTGGGGGTGTGCAGGGAGAACGTGAACAGGAAGGAGAAG

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1105 GGCGAGCTGTCCGCGGGCAACGGCTTCTGGATCCTGGTCTTCCTGGGGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111555 GGCGAGCTGTCCGCGGGCAACGGCTTCTGGATCCTGGTCTTCCTGGGGAG

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1155 CTATTACAATTCCTCGGAACGGGCCTTGGCTCCACTCCGGGACCCACCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111605 CTATTACAATTCCTCGGAACGGGCCTTGGCTCCACTCCGGGACCCACCCA

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1205 GGCGCGTGGGGATCTTTCTGGACTACGAGGCTGGACATCTCTCTTTCTAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111655 GGCGCGTGGGGATCTTTCTGGACTACGAGGCTGGACATCTCTCTTTCTAC

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1255 AGTGCCACCGATGGGTCACTGCTATTCATCTTTCCCGAGATCCCCTTCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111705 AGTGCCACCGATGGGTCACTGCTATTCATCTTTCCCGAGATCCCCTTCTC

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1305 GGGGACGCTGCGGCCCCTCTTCTCACCCCTGTCCAGCAGCCCGACCCCGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111755 GGGGACGCTGCGGCCCCTCTTCTCACCCCTGTCCAGCAGCCCGACCCCGA

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1355 TGACTATCTGCCGGCCGAAAGGTGGGTCCGGGGACACCCTGGCTCCCCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111805 TGACTATCTGCCGGCCGAAAGGTGGGTCCGGGGACACCCTGGCTCCCCAG