seq1 = pF1KE3961.tfa, 624 bp
seq2 = pF1KE3961/gi568815583f_80020345.tfa (gi568815583f:80020345_80237625), 217281 bp

>pF1KE3961 624
>gi568815583f:80020345_80237625 (Chr15)

1-154  (100001-100154)   100% ->
155-263  (101368-101476)   100% ->
264-364  (102356-102456)   100% ->
365-478  (110836-110949)   100% ->
479-624  (117136-117281)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGCTCAAGAAACTAATCACAGCCAAGTGCCTATGCTTTGTTCCACTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGCTCAAGAAACTAATCACAGCCAAGTGCCTATGCTTTGTTCCACTGG

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 CTGTGGATTTTATGGAAACCCTCGTACAAATGGCATGTGTTCAGTATGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 CTGTGGATTTTATGGAAACCCTCGTACAAATGGCATGTGTTCAGTATGCT

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 ATAAAGAACATCTTCAAAGACAGAATAGTAGTAATGGTAGAATAAGCCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 ATAAAGAACATCTTCAAAGACAGAATAGTAGTAATGGTAGAATAAGCCCA

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 CCTG         CAACCTCTGTCAGTAGTCTGTCTGAATCTTTACCAGT
        ||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100151 CCTGGTA...CAGCAACCTCTGTCAGTAGTCTGTCTGAATCTTTACCAGT

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 TCAATGCACAGATGGCAGTGTGCCAGAAGCCCAGTCAGCATTAGACTCTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101405 TCAATGCACAGATGGCAGTGTGCCAGAAGCCCAGTCAGCATTAGACTCTA

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 CATCTTCATCTATGCAGCCCAG         CCCTGTATCAAATCAGTCA
        ||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||
 101455 CATCTTCATCTATGCAGCCCAGGTA...TAGCCCTGTATCAAATCAGTCA

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 CTTTTATCAGAATCTGTAGCATCTTCTCAATTGGACAGTACATCTGTGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102375 CTTTTATCAGAATCTGTAGCATCTTCTCAATTGGACAGTACATCTGTGGA

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    333 CAAAGCAGTACCTGAAACAGAAGATGTGCAGG         CTTCAGTAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||
 102425 CAAAGCAGTACCTGAAACAGAAGATGTGCAGGGTT...TAGCTTCAGTAT

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    374 CAGACACAGCACAGCAGCCATCTGAAGAGCAAAGCAAGTCTCTTGAAAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110845 CAGACACAGCACAGCAGCCATCTGAAGAGCAAAGCAAGTCTCTTGAAAAA

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    424 CCGAAACAAAAAAAGAATCGCTGTTTCATGTGCAGGAAGAAAGTGGGACT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110895 CCGAAACAAAAAAAGAATCGCTGTTTCATGTGCAGGAAGAAAGTGGGACT

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    474 TACTG         GGTTTGAATGCCGGTGTGGAAATGTTTACTGTGGTG
        |||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110945 TACTGGTA...CAGGGTTTGAATGCCGGTGTGGAAATGTTTACTGTGGTG

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    515 TACACCGTTACTCAGATGTACACAATTGCTCTTACAATTACAAAGCCGAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 117172 TACACCGTTACTCAGATGTACACAATTGCTCTTACAATTACAAAGCCGAT

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    565 GCTGCTGAGAAAATCAGAAAAGAAAATCCAGTAGTTGTTGGTGAAAAGAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 117222 GCTGCTGAGAAAATCAGAAAAGAAAATCCAGTAGTTGTTGGTGAAAAGAT

    650     .    :
    615 CCAAAAGATT
        ||||||||||
 117272 CCAAAAGATT