seq1 = pF1KE3960.tfa, 1686 bp
seq2 = pF1KE3960/gi568815597r_117012308.tfa (gi568815597r:117012308_117221201), 208894 bp

>pF1KE3960 1686
>gi568815597r:117012308_117221201 (Chr1)

(complement)

1-488  (100001-100488)   99% ->
489-1168  (102435-103114)   99% ->
1169-1298  (104457-104586)   100% ->
1299-1413  (105513-105627)   100% ->
1414-1540  (107717-107843)   99% ->
1541-1686  (108749-108894)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGTCAGAAAACAGAAAAACGCTGCTGGGCTTTGTAAGCAAACTCACTAG
        |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGTCAGAAAACAGAAAACCGCTGCTGGGCTTTGTAAGCAAACTCACTAG

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 TGGGACTGCACTTGGGAACTCAGGCAAGACTCACTGCCCCCTGTGCTTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 TGGGACTGCACTTGGGAACTCAGGCAAGACTCACTGCCCCCTGTGCTTGG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 GGCTTTTCAAAGCCCCCAGGCTCTTGCCTTGTTTGCATACAGTTTGCACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 GGCTTTTCAAAGCCCCCAGGCTCTTGCCTTGTTTGCATACAGTTTGCACC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 ACGTGTCTGGAGCAGCTGGAGCCCTTCTCAGTAGTGGACATCCGAGGGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100151 ACGTGTCTGGAGCAGCTGGAGCCCTTCTCAGTAGTGGACATCCGAGGGGG

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 AGACTCTGACACAAGCTCTGAGGGGTCAATATTCCAGGAACTCAAGCCAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100201 AGACTCTGACACAAGCTCTGAGGGGTCAATATTCCAGGAACTCAAGCCAC

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    251 GAAGTCTGCAGTCGCAGATCGGCATCCTTTGTCCTGTATGTGATGCTCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100251 GAAGTCTGCAGTCGCAGATCGGCATCCTTTGTCCTGTATGTGATGCTCAG

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    301 GTGGACCTGCCCATGGGTGGAGTGAAGGCTTTAACCATAGACCACCTGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100301 GTGGACCTGCCCATGGGTGGAGTGAAGGCTTTAACCATAGACCACCTGGC

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    351 CGTGAATGATGTGATGCTGGAGAGCCTACGTGGGGAAGGCCAGGGCCTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100351 CGTGAATGATGTGATGCTGGAGAGCCTACGTGGGGAAGGCCAGGGCCTGG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    401 TGTGTGACCTGTGCAACGACAGGGAAGTAGAGAAGAGGTGTCAGACCTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100401 TGTGTGACCTGTGCAACGACAGGGAAGTAGAGAAGAGGTGTCAGACCTGC

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    451 AAAGCCAACCTCTGCCACTTCTGCTGCCAGGCTCATAG         GCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||
 100451 AAAGCCAACCTCTGCCACTTCTGCTGCCAGGCTCATAGGTA...TAGGCG

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    492 GCAGAAGAAAACGACTTACCACACCATGGTGGACCTAAAAGACTTGAAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102438 GCAGAAGAAAACGACTTACCACACCATGGTGGACCTAAAAGACTTGAAAG

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    542 GCTACAGCCGGATTGGGAAGCCCATCCTGTGTCCTGTTCACCCTGCAGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102488 GCTACAGCCGGATTGGGAAGCCCATCCTGTGTCCTGTTCACCCTGCAGAG

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    592 GAACTGAGGCTGTTCTGTGAGTTCTGTGACCGGCCCGTGTGCCAGGATTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102538 GAACTGAGGCTGTTCTGTGAGTTCTGTGACCGGCCCGTGTGCCAGGATTG

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    642 TGTGGTGGGGGAGCATCGGGAACACCCCTGTGACTTCACCAGCAATGTCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102588 TGTGGTGGGGGAGCATCGGGAACACCCCTGTGACTTCACCAGCAATGTCA

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    692 TCCACAAGCATGGGGACTCTGTGTGGGAGCTCCTCAAAGATACTCAGCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||
 102638 TCCACAAGCATGGGGACTCTGTGTGGGAGCTCCTCAAAGGTACTCAGCCC

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    742 CACGTGGAGGCCCTGGAGGAAGCCCTGGCTCAGATCCACATAATAAACAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102688 CACGTGGAGGCCCTGGAGGAAGCCCTGGCTCAGATCCACATAATAAACAG

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    792 TGCCCTCCAGAAGCGAGTGGAGGCAGTGGCAGCTGATGTCCGGACATTCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102738 TGCCCTCCAGAAGCGAGTGGAGGCAGTGGCAGCTGATGTCCGGACATTCT

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    842 CGGAGGGCTACATTAAGGCCATTGAGGAGCATCGGGACAAGCTGCTGAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102788 CGGAGGGCTACATTAAGGCCATTGAGGAGCATCGGGACAAGCTGCTGAAG

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    892 CAGCTGGAAGACATACGGGCCCAGAAGGAAAATTCCCTGCAGCTGCAGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102838 CAGCTGGAAGACATACGGGCCCAGAAGGAAAATTCCCTGCAGCTGCAGAA

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    942 GGCCCAGCTGGAACAGTTACTGGCAGACATGCGGACTGGAGTGGAGTTCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102888 GGCCCAGCTGGAACAGTTACTGGCAGACATGCGGACTGGAGTGGAGTTCA

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    992 CCGAGCACTTGCTGACCAGCGGCTCAGACTTGGAGATCCTCATCACCAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102938 CCGAGCACTTGCTGACCAGCGGCTCAGACTTGGAGATCCTCATCACCAAG

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1042 AGGGTGGTGGTAGAACGGCTCAGGAAGCTGAACAAAGTTCAATATAGCAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102988 AGGGTGGTGGTAGAACGGCTCAGGAAGCTGAACAAAGTTCAATATAGCAC

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1092 CCGTCCTGGAGTAAATGATAAGATACGCTTCTGTCCTCAGGAGAAAGCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103038 CCGTCCTGGAGTAAATGATAAGATACGCTTCTGTCCTCAGGAGAAAGCAG

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1142 GCCAGTGCCGTGGCTATGAAATTTATG         ACCTCCACAGAGCC
        |||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||
 103088 GCCAGTGCCGTGGCTATGAAATTTATGGTA...CAGACCTCCACAGAGCC

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1183 CGGGAGAAACAGACGGCCTCTTTCACCCTGCTTTGTAAGGATGCCGCAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104471 CGGGAGAAACAGACGGCCTCTTTCACCCTGCTTTGTAAGGATGCCGCAGG

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1233 AGAAATCATGGGCAGGGGAGGAGACAACGTTCAAGTTGCCGTTGTCCCTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104521 AGAAATCATGGGCAGGGGAGGAGACAACGTTCAAGTTGCCGTTGTCCCTA

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1283 AAGATAAGAAAGACAG         CCCAGTCAGAACAATGGTCCAGGAT
        ||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||
 104571 AAGATAAGAAAGACAGGTT...CAGCCCAGTCAGAACAATGGTCCAGGAT

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1324 AACAAGGATGGGACATACTACATTTCCTACACCCCCAAGGAACCTGGCGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105538 AACAAGGATGGGACATACTACATTTCCTACACCCCCAAGGAACCTGGCGT

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1374 CTATACTGTGTGGGTCTGCATCAAAGAACAGCATGTGCAG         G
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|
 105588 CTATACTGTGTGGGTCTGCATCAAAGAACAGCATGTGCAGGTA...CAGG

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1415 GCTCGCCATTCACTGTGACGGTGAGGAGAAAGCACCGCCCACACTCAGGC
        |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||
 107718 GCTCGCCATTCACTGTGATGGTGAGGAGAAAGCACCGCCCACACTCAGGC

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1465 GTGTTTCACTGCTGCACCTTCTGCTCCAGCGGGGGCCAGAAAACCGCTCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107768 GTGTTTCACTGCTGCACCTTCTGCTCCAGCGGGGGCCAGAAAACCGCTCG

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1515 CTGCGCCTGTGGAGGCACCATGCCAG         GTGGGTACCTAGGCT
        ||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||
 107818 CTGCGCCTGTGGAGGCACCATGCCAGGTA...TAGGTGGGTACCTAGGCT

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1556 GTGGCCATGGACACAAAGGCCACCCAGGTCATCCCCACTGGTCATGCTGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108764 GTGGCCATGGACACAAAGGCCACCCAGGTCATCCCCACTGGTCATGCTGT

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1606 GGAAAATTTAATGAGAAATCTGAATGCACATGGACAGGTGGGCAGAGCGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108814 GGAAAATTTAATGAGAAATCTGAATGCACATGGACAGGTGGGCAGAGCGC

   1700     .    :    .    :    .    :
   1656 ACCGAGGAGTCTACTTAGGACTGTGGCTCTC
        |||||||||||||||||||||||||||||||
 108864 ACCGAGGAGTCTACTTAGGACTGTGGCTCTC