seq1 = pF1KE3959.tfa, 1521 bp
seq2 = pF1KE3959/gi568815583f_23465783.tfa (gi568815583f:23465783_23667303), 201521 bp

>pF1KE3959 1521
>gi568815583f:23465783_23667303 (Chr15)

1-1521  (100001-101521)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGAAGAGCCTGCAGCTCCCTCAGAAGCCCACGAGGCAGCCGGGGCCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGAAGAGCCTGCAGCTCCCTCAGAAGCCCACGAGGCAGCCGGGGCCCA

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 GGCAGGTGCTGAGGCAGCAAGGGAGGGTGTGTCTGGGCCGGACCTTCCCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 GGCAGGTGCTGAGGCAGCAAGGGAGGGTGTGTCTGGGCCGGACCTTCCCG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 TCTGTGAGCCCTCCGGGGAATCTGCTGCTCCAGATTCAGCCCTGCCACAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 TCTGTGAGCCCTCCGGGGAATCTGCTGCTCCAGATTCAGCCCTGCCACAT

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 GCGGCAAGGGGCTGGGCCCCCTTCCCTGTAGCTCCAGTCCCTGCCCACCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100151 GCGGCAAGGGGCTGGGCCCCCTTCCCTGTAGCTCCAGTCCCTGCCCACCT

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 CCGCAGAGGAGGCCTGAGGCCTGCCCCAGCCTCAGGAGGAGGAGCCTGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100201 CCGCAGAGGAGGCCTGAGGCCTGCCCCAGCCTCAGGAGGAGGAGCCTGGC

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    251 CCAGTCCGTTGCCAAGCCGAAGCAGCGGCATTTGGACAAAGCAGATCATC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100251 CCAGTCCGTTGCCAAGCCGAAGCAGCGGCATTTGGACAAAGCAGATCATC

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    301 TGCAGGTATTATATACATGGGCAGTGCAAGGAGGGGGAGAACTGTCGCTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100301 TGCAGGTATTATATACATGGGCAGTGCAAGGAGGGGGAGAACTGTCGCTA

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    351 TTCGCACGACCTTTCTGGTCGGAAGATGGCCACTGAGGGTGGCGTTTCGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100351 TTCGCACGACCTTTCTGGTCGGAAGATGGCCACTGAGGGTGGCGTTTCGC

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    401 CGCCTGGGGCCTCTGCAGGTGGAGGCCCTAGCACGGCTGCGCACATCGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100401 CGCCTGGGGCCTCTGCAGGTGGAGGCCCTAGCACGGCTGCGCACATCGAG

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    451 CCCCCGACTCAGGAAGTGGCGGAAGCCCCCCCGGCTGCATCCTCCCTTTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100451 CCCCCGACTCAGGAAGTGGCGGAAGCCCCCCCGGCTGCATCCTCCCTTTC

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    501 CTTGCCTGTGATTGGCTCGGCTGCTGAAAGGGGTTTCTTTGAAGCCGAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100501 CTTGCCTGTGATTGGCTCGGCTGCTGAAAGGGGTTTCTTTGAAGCCGAGA

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    551 GAGACAATGCAGACCGTGGAGCTGCTGGAGGAGCAGGTGTAGAAAGCTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100551 GAGACAATGCAGACCGTGGAGCTGCTGGAGGAGCAGGTGTAGAAAGCTGG

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    601 GCGGATGCCATTGAGTTTGTTCCAGGGCAGCCCTACCGGGGCCGCTGGGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100601 GCGGATGCCATTGAGTTTGTTCCAGGGCAGCCCTACCGGGGCCGCTGGGT

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    651 TGCATCTGCCCCCGAGGCTCCTCTACAGAGCTCAGAGACTGAGAGGAAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100651 TGCATCTGCCCCCGAGGCTCCTCTACAGAGCTCAGAGACTGAGAGGAAGC

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    701 AGATGGCTGTGGGCAGTGGGTTGCGGTTTTGCTATTATGCTTCCAGGGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100701 AGATGGCTGTGGGCAGTGGGTTGCGGTTTTGCTATTATGCTTCCAGGGGA

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    751 GTTTGCTTTCGTGGGGAGAGCTGTATGTACCTCCATGGAGACATATGCGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100751 GTTTGCTTTCGTGGGGAGAGCTGTATGTACCTCCATGGAGACATATGCGA

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    801 CATGTGTGGGCTGCAGACCTTGCACCCCATGGATGCTGCCCAGAGGGAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100801 CATGTGTGGGCTGCAGACCTTGCACCCCATGGATGCTGCCCAGAGGGAAG

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    851 AACATATGAGGGCCTGCATTGAAGCACACGAGAAAGATATGGAACTCTCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100851 AACATATGAGGGCCTGCATTGAAGCACACGAGAAAGATATGGAACTCTCG

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    901 TTTGCTGTGCAGCGTGGTATGGACAAGGTGTGTGGCATCTGCATGGAGGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100901 TTTGCTGTGCAGCGTGGTATGGACAAGGTGTGTGGCATCTGCATGGAGGT

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    951 TGTCTATGAGAAGGCCAACCCCAATGACCGCCGCTTTGGCATTCTTTCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100951 TGTCTATGAGAAGGCCAACCCCAATGACCGCCGCTTTGGCATTCTTTCCA

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1001 ATTGCAACCATTCCTTCTGTATTAGGTGTATCCGCAGGTGGAGAAGTGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101001 ATTGCAACCATTCCTTCTGTATTAGGTGTATCCGCAGGTGGAGAAGTGCC

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1051 AGACAGTTTGAGAACAGGATCGTCAAGTCTTGCCCACAGTGCAGGGTCAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101051 AGACAGTTTGAGAACAGGATCGTCAAGTCTTGCCCACAGTGCAGGGTCAC

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1101 CTCTGAATTGGTCATTCCCAGTGAGTTCTGGGTGGAGGAGGAGGAAGAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101101 CTCTGAATTGGTCATTCCCAGTGAGTTCTGGGTGGAGGAGGAGGAAGAGA

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1151 AGCAGAAACTTATTCAGCAATACAAGGAGGCAATGAGCAACAAGGCCTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101151 AGCAGAAACTTATTCAGCAATACAAGGAGGCAATGAGCAACAAGGCCTGC

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1201 AGGTATTTTGCGGAAGGCAGGGGTAACTGCCCATTTGGAGACACATGCTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101201 AGGTATTTTGCGGAAGGCAGGGGTAACTGCCCATTTGGAGACACATGCTT

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1251 TTACAAGCATGAATACCCTGAGGGCTGGGGAGATGAGCCTCCTGGGCCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101251 TTACAAGCATGAATACCCTGAGGGCTGGGGAGATGAGCCTCCTGGGCCAG

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1301 GTGGTGGGTCATTCAGCGCATACTGGCATCAACTTGTGGAGCCTGTGCGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101301 GTGGTGGGTCATTCAGCGCATACTGGCATCAACTTGTGGAGCCTGTGCGA

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1351 ATGGGAGAGGGCAACATGCTCTATAAAAGCATTAAGAAGGAGCTTGTCGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101351 ATGGGAGAGGGCAACATGCTCTATAAAAGCATTAAGAAGGAGCTTGTCGT

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1401 GCTTCGGCTGGCCAGTCTGTTGTTTAAGCGGTTTCTTTCACTGAGAGATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101401 GCTTCGGCTGGCCAGTCTGTTGTTTAAGCGGTTTCTTTCACTGAGAGATG

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1451 AGTTACCCTTCTCTGAGGACCAGTGGGACTTGCTTCATTATGAGCTGGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101451 AGTTACCCTTCTCTGAGGACCAGTGGGACTTGCTTCATTATGAGCTGGAA

   1500     .    :    .    :
   1501 GAATATTTCAATTTGATTCTG
        |||||||||||||||||||||
 101501 GAATATTTCAATTTGATTCTG