seq1 = pF1KE3956.tfa, 1533 bp
seq2 = pF1KE3956/gi568815587f_32915956.tfa (gi568815587f:32915956_33133452), 217497 bp

>pF1KE3956 1533
>gi568815587f:32915956_33133452 (Chr11)

1-73  (100001-100073)   100% ->
74-464  (109704-110094)   100% ->
465-592  (111731-111858)   99% ->
593-782  (112648-112837)   100% ->
783-994  (115423-115634)   100% ->
995-1137  (116381-116523)   100% ->
1138-1263  (116713-116838)   100% ->
1264-1342  (116934-117012)   100% ->
1343-1533  (117307-117497)   99%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGCCACCGTGCAGGAGAAGGCTGCTGCGCTGAACCTCTCGGCTCTCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGCCACCGTGCAGGAGAAGGCTGCTGCGCTGAACCTCTCGGCTCTCCA

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 CAGCCCCGCGCACAGGCCTCCGG         GTTTCAGTGTAGCTCAGA
        |||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||
 100051 CAGCCCCGCGCACAGGCCTCCGGGTA...TAGGTTTCAGTGTAGCTCAGA

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 AGCCATTTGGAGCCACGTATGTATGGAGCAGCATCATAAACACTCTTCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109722 AGCCATTTGGAGCCACGTATGTATGGAGCAGCATCATAAACACTCTTCAA

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 ACACAAGTGGAAGTGAAAAAACGAAGGCACCGTTTAAAACGACATAATGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109772 ACACAAGTGGAAGTGAAAAAACGAAGGCACCGTTTAAAACGACATAATGA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 CTGCTTTGTTGGTTCAGAAGCTGTGGATGTCATTTTTTCTCACCTAATTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109822 CTGCTTTGTTGGTTCAGAAGCTGTGGATGTCATTTTTTCTCACCTAATTC

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 AGAATAAGTATTTTGGTGATGTAGATATTCCTCGAGCCAAAGTGGTGAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109872 AGAATAAGTATTTTGGTGATGTAGATATTCCTCGAGCCAAAGTGGTGAGA

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    292 GTGTGTCAAGCGCTTATGGACTACAAAGTATTTGAAGCAGTTCCAACCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109922 GTGTGTCAAGCGCTTATGGACTACAAAGTATTTGAAGCAGTTCCAACCAA

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    342 AGTCTTTGGAAAAGACAAAAAACCTACATTTGAAGATAGTAGTTGCAGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109972 AGTCTTTGGAAAAGACAAAAAACCTACATTTGAAGATAGTAGTTGCAGCC

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    392 TTTATAGATTCACCACAATACCTAACCAAGACAGTCAGTTAGGCAAAGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110022 TTTATAGATTCACCACAATACCTAACCAAGACAGTCAGTTAGGCAAAGAG

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    442 AACAAACTATATTCACCTGCCAG         GTATGCAGATGCATTATT
        |||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||
 110072 AACAAACTATATTCACCTGCCAGGTT...TAGGTATGCAGATGCATTATT

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    483 TAAGTCATCCGATATCAGATCAGCCAGTTTAGAGGACCTGTGGGAAAATC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111749 TAAGTCATCCGATATCAGATCAGCCAGTTTAGAGGACCTGTGGGAAAATC

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    533 TGAGTTTAAAGCCAGCCAACTCCCCTCATGTAAATATCTCTGCAACCTTG
        ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111799 TGAGTTTAAAGCCTGCCAACTCCCCTCATGTAAATATCTCTGCAACCTTG

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    583 TCTCCACAAG         TTATTAATGAAGTGTGGCAAGAAGAAACAAT
        ||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||
 111849 TCTCCACAAGGTA...TAGTTATTAATGAAGTGTGGCAAGAAGAAACAAT

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    624 TGGGCGTCTACTACAACTTGTAGACCTTCCACTTCTTGACTCCTTACTGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112679 TGGGCGTCTACTACAACTTGTAGACCTTCCACTTCTTGACTCCTTACTGA

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    674 AACAGCAAGAGGCTGTACCTAAAATTCCTCAACCTAAGAGGCAGTCCACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112729 AACAGCAAGAGGCTGTACCTAAAATTCCTCAACCTAAGAGGCAGTCCACC

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    724 ATGGTCAACAGCAGTAACTATCTGGATCGAGGGATTCTCAAGGCTTATAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112779 ATGGTCAACAGCAGTAACTATCTGGATCGAGGGATTCTCAAGGCTTATAG

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    774 TGACTCTCA         GGAAGATGAGTGGCTCTCGGCAGCAATTGACT
        |||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||
 112829 TGACTCTCAGTA...TAGGGAAGATGAGTGGCTCTCGGCAGCAATTGACT

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    815 GTTTAGAATACCTTCCAGACCAAATGGTGGTGGAAATAAGCAGAAGCTTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115455 GTTTAGAATACCTTCCAGACCAAATGGTGGTGGAAATAAGCAGAAGCTTT

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    865 CCTGAGCAACCAGACCGAACAGACTTAGTGAAAGAACTTCTGTTTGATGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115505 CCTGAGCAACCAGACCGAACAGACTTAGTGAAAGAACTTCTGTTTGATGC

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    915 CATTGGCAGATATTACAGTAGTAGGGAACCTCTGTTAAATCACTTATCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115555 CATTGGCAGATATTACAGTAGTAGGGAACCTCTGTTAAATCACTTATCTG

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    965 ACGTTCATAATGGAATTGCAGAACTCTTAG         TGAATGGGAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||
 115605 ACGTTCATAATGGAATTGCAGAACTCTTAGGTA...AAGTGAATGGGAAG

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1006 ACGGAAATAGCTTTAGAAGCTACCCAGCTCCTTCTAAAGCTTTTAGATTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116392 ACGGAAATAGCTTTAGAAGCTACCCAGCTCCTTCTAAAGCTTTTAGATTT

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1056 CCAAAATAGAGAAGAATTTAGAAGACTACTGTATTTCATGGCTGTTGCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116442 CCAAAATAGAGAAGAATTTAGAAGACTACTGTATTTCATGGCTGTTGCAG

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1106 CAAATCCTTCTGAGTTTAAATTACAGAAAGAA         AGTGACAAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||
 116492 CAAATCCTTCTGAGTTTAAATTACAGAAAGAAGTA...TAGAGTGACAAC

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1147 CGAATGGTTGTGAAAAGGATATTCTCAAAAGCTATTGTTGACAATAAAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116722 CGAATGGTTGTGAAAAGGATATTCTCAAAAGCTATTGTTGACAATAAAAA

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1197 TTTATCCAAAGGCAAAACAGATCTTCTGGTACTCTTTTTAATGGATCATC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116772 TTTATCCAAAGGCAAAACAGATCTTCTGGTACTCTTTTTAATGGATCATC

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1247 AGAAAGATGTTTTTAAG         ATTCCTGGAACTCTACATAAAATT
        |||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||
 116822 AGAAAGATGTTTTTAAGGTA...AAGATTCCTGGAACTCTACATAAAATT

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1288 GTAAGTGTTAAGCTTATGGCCATACAGAACGGAAGAGATCCAAATAGAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116958 GTAAGTGTTAAGCTTATGGCCATACAGAACGGAAGAGATCCAAATAGAGA

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1338 TGCAG         GATATATTTATTGCCAGAGAATTGATCAACGTGACT
        |||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 117008 TGCAGGTA...AAGGATATATTTATTGCCAGAGAATTGATCAACGTGACT

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1379 ATTCCAACAATATAGAGAAGACAACCAAAGATGAGCTGTTGAATTTACTA
        |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 117343 ATTCCAACAATACAGAGAAGACAACCAAAGATGAGCTGTTGAATTTACTA

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1429 AAAACTCTTGATGAGGATTCAAAACTTTCTGCCAAAGAGAAGAAAAAATT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 117393 AAAACTCTTGATGAGGATTCAAAACTTTCTGCCAAAGAGAAGAAAAAATT

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1479 GCTAGGTCAATTCTATAAGTGTCACCCAGACATCTTTATTGAGCATTTTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 117443 GCTAGGTCAATTCTATAAGTGTCACCCAGACATCTTTATTGAGCATTTTG

   1600     .
   1529 GAGAC
        |||||
 117493 GAGAC