seq1 = pF1KE3954.tfa, 1848 bp
seq2 = pF1KE3954/gi568815582f_84550868.tfa (gi568815582f:84550868_84762130), 211263 bp

>pF1KE3954 1848
>gi568815582f:84550868_84762130 (Chr16)

1-63  (100001-100063)   100% ->
64-1137  (106004-107077)   100% ->
1138-1295  (108893-109050)   100% ->
1296-1848  (110711-111263)   99%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGATGGAGGGAAGCAGGCAGACGCGAGTGTCTCGGCCATACAAGATCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGATGGAGGGAAGCAGGCAGACGCGAGTGTCTCGGCCATACAAGATCAG

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 CGAATCATCAAAG         GTATACCGCTGGGCCGACCACTCAAGCA
        |||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||
 100051 CGAATCATCAAAGGTC...CAGGTATACCGCTGGGCCGACCACTCAAGCA

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 CGGTGCTGCAGCGGCTGAACGAGCAGCGTCTCCGCGGGCTCTTCTGCGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106032 CGGTGCTGCAGCGGCTGAACGAGCAGCGTCTCCGCGGGCTCTTCTGCGAC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 GTCGTCCTGGTGGCCGATGAGCAGCGTGTGCCAGCCCATCGCAACCTGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106082 GTCGTCCTGGTGGCCGATGAGCAGCGTGTGCCAGCCCATCGCAACCTGCT

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 GGCCGTGTGCAGCGACTACTTCAACTCCATGTTCACCATCGGCATGCGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106132 GGCCGTGTGCAGCGACTACTTCAACTCCATGTTCACCATCGGCATGCGGG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 AAGCTTTCCAGAAGGAGGTGGAGCTGATCGGCGCCTCCTACATTGGGCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106182 AAGCTTTCCAGAAGGAGGTGGAGCTGATCGGCGCCTCCTACATTGGGCTC

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    292 AAGGCCGTGGTGGACTTCCTGTACGGCGGGGAGCTGGTGCTGGATGGCGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106232 AAGGCCGTGGTGGACTTCCTGTACGGCGGGGAGCTGGTGCTGGATGGCGG

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    342 CAACATTGACTACGTCCTGGAGACGGCTCACCTGCTGCAGATCTGGACGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106282 CAACATTGACTACGTCCTGGAGACGGCTCACCTGCTGCAGATCTGGACGG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    392 TGGTAGACTTCTGCTGTGAGTACCTGGAGCAGGAGGTGAGCGAGGACAAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106332 TGGTAGACTTCTGCTGTGAGTACCTGGAGCAGGAGGTGAGCGAGGACAAC

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    442 TACCTGTACCTGCAGGAGCTGGCCTCCATCTACAGCCTCAAGCGGCTTGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106382 TACCTGTACCTGCAGGAGCTGGCCTCCATCTACAGCCTCAAGCGGCTTGA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    492 TGCCTTCATCGATGGCTTCATCCTGAACCACTTCGGCACGCTGTCCTTTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106432 TGCCTTCATCGATGGCTTCATCCTGAACCACTTCGGCACGCTGTCCTTTA

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    542 CGCCCGACTTCCTGCAGAACGTCTCCATGCAGAAGCTGTGTGTCTACCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106482 CGCCCGACTTCCTGCAGAACGTCTCCATGCAGAAGCTGTGTGTCTACCTG

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    592 AGCAGCAGCGAGGTGCAGCGGGAGTGTGAGCACGACCTCCTGCAGGCCGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106532 AGCAGCAGCGAGGTGCAGCGGGAGTGTGAGCACGACCTCCTGCAGGCCGC

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    642 CCTGCAGTGGCTGACGCAGCAGCCCGAGCGCGAGGCCCACGCCCGCCAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106582 CCTGCAGTGGCTGACGCAGCAGCCCGAGCGCGAGGCCCACGCCCGCCAGG

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    692 TGCTGGAGAACATCCACTTCCCGCTCATCCCCAAGAACGACCTGCTGCAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106632 TGCTGGAGAACATCCACTTCCCGCTCATCCCCAAGAACGACCTGCTGCAC

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    742 CGCGTCAAGCCGGCCGTGTGCTCGCTGCTGCCCAAGGAGGCCAACTGCGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106682 CGCGTCAAGCCGGCCGTGTGCTCGCTGCTGCCCAAGGAGGCCAACTGCGA

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    792 GGGCTTCATCGAGGAGGCCGTGCGCTACCACAACAACCTGGCGGCCCAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106732 GGGCTTCATCGAGGAGGCCGTGCGCTACCACAACAACCTGGCGGCCCAGC

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    842 CCGTCATGCAGACCAAGCGCACGGCGCTGCGCACCAACCAGGAGCGCCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106782 CCGTCATGCAGACCAAGCGCACGGCGCTGCGCACCAACCAGGAGCGCCTG

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    892 CTGTTTGTGGGCGGCGAGGTCTCCGAGCGGTGTCTGGAGCTCAGTGACGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106832 CTGTTTGTGGGCGGCGAGGTCTCCGAGCGGTGTCTGGAGCTCAGTGACGA

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    942 CACCTGCTACCTGGACGCCAAGAGCGAGCAGTGGGTCAAAGAGACGCCGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106882 CACCTGCTACCTGGACGCCAAGAGCGAGCAGTGGGTCAAAGAGACGCCGC

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    992 TGCCCGCCCGGCGGAGCCACCACTGTGTCGCGGTGCTGGGGGGCTTCATC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106932 TGCCCGCCCGGCGGAGCCACCACTGTGTCGCGGTGCTGGGGGGCTTCATC

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1042 TTCATCGCCGGCGGCAGCTTCTCACGGGACAACGGAGGGGATGCGGCCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106982 TTCATCGCCGGCGGCAGCTTCTCACGGGACAACGGAGGGGATGCGGCCTC

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1092 CAATCTTCTTTATAGGTATGACCCCCGCTGTAAACAGTGGATCAAG    
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>.
 107032 CAATCTTCTTTATAGGTATGACCCCCGCTGTAAACAGTGGATCAAGGTG.

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1138      GTGGCCTCCATGAACCAGCGCCGTGTGGATTTCTACCTTGCCTCC
        ..>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107082 ..CAGGTGGCCTCCATGAACCAGCGCCGTGTGGATTTCTACCTTGCCTCC

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1183 ATCGAAGACATGCTGGTGGCCATCGGCGGCCGGAATGAGAACGGAGCGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108938 ATCGAAGACATGCTGGTGGCCATCGGCGGCCGGAATGAGAACGGAGCGCT

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1233 CTCTTCAGTAGAGACGTACAGTCCCAAGACTGACTCCTGGTCCTATGTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108988 CTCTTCAGTAGAGACGTACAGTCCCAAGACTGACTCCTGGTCCTATGTGG

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1283 CCGGCTTGCCAAG         GTTCACGTACGGCCACGCGGGCACCATC
        |||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||
 109038 CCGGCTTGCCAAGGTG...CAGGTTCACGTACGGCCACGCGGGCACCATC

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1324 TACAAAGACTTCGTGTACATCTCGGGGGGCCACGACTACCAAATTGGCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110739 TACAAAGACTTCGTGTACATCTCGGGGGGCCACGACTACCAAATTGGCCC

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1374 CTACCGCAAGAACCTGCTGTGCTACGACCACCGGACAGACGTGTGGGAGG
        |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||
 110789 CTACCGCAAGAACCTGCTATGCTACGACCACCGGACAGACGTGTGGGAGG

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1424 AGCGGCGGCCCATGACCACGGCGCGCGGCTGGCACAGCATGTGCAGCCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110839 AGCGGCGGCCCATGACCACGGCGCGCGGCTGGCACAGCATGTGCAGCCTG

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1474 GGTGACAGCATCTACTCCATCGGGGGCAGCGATGACAACATCGAGTCCAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110889 GGTGACAGCATCTACTCCATCGGGGGCAGCGATGACAACATCGAGTCCAT

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1524 GGAGCGCTTCGACGTGCTGGGCGTGGAGGCCTACAGCCCGCAGTGCAACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110939 GGAGCGCTTCGACGTGCTGGGCGTGGAGGCCTACAGCCCGCAGTGCAACC

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1574 AGTGGACCCGCGTGGCGCCGCTGCTGCATGCCAACAGCGAGTCGGGCGTG
        |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||
 110989 AGTGGACCCGCGTGGCGCCGCTGCTGCACGCCAACAGCGAGTCGGGCGTG

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1624 GCAGTGTGGGAGGGCCGCATCTACATCCTGGGCGGCTACAGCTGGGAGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111039 GCAGTGTGGGAGGGCCGCATCTACATCCTGGGCGGCTACAGCTGGGAGAA

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1674 CACTGCCTTCTCCAAGACCGTGCAGGTGTACGACCGCGAGGCCGACAAGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111089 CACTGCCTTCTCCAAGACCGTGCAGGTGTACGACCGCGAGGCCGACAAGT

   1750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1724 GGAGCAGGGGCGTCGACCTGCCCAAGGCCATCGCTGGCGGGTCCGCCTGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111139 GGAGCAGGGGCGTCGACCTGCCCAAGGCCATCGCTGGCGGGTCCGCCTGT

   1800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1774 GTCTGCGCCCTGGAGCCACGGCCAGAGGACAAGAAGAAGAAAGGCAAAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111189 GTCTGCGCCCTGGAGCCACGGCCAGAGGACAAGAAGAAGAAAGGCAAAGG

   1850     .    :    .    :    .
   1824 CAAGAGGCACCAGGACCGGGGCCAG
        |||||||||||||||||||||||||
 111239 CAAGAGGCACCAGGACCGGGGCCAG