seq1 = pF1KE3953.tfa, 810 bp
seq2 = pF1KE3953/gi568815587f_5532332.tfa (gi568815587f:5532332_5741226), 208895 bp

>pF1KE3953 810
>gi568815587f:5532332_5741226 (Chr11)

1-423  (100001-100423)   100% ->
424-519  (101473-101568)   100% ->
520-750  (102300-102530)   100% ->
751-810  (108836-108895)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGCTTCAAAAATCTTGCTTAACGTACAAGAGGAGGTGACCTGTCCCAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGCTTCAAAAATCTTGCTTAACGTACAAGAGGAGGTGACCTGTCCCAT

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 CTGCCTGGAGCTGTTGACAGAACCCTTGAGTCTAGACTGTGGCCACAGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 CTGCCTGGAGCTGTTGACAGAACCCTTGAGTCTAGACTGTGGCCACAGCC

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 TCTGCCGAGCCTGCATCACTGTGAGCAACAAGGAGGCAGTGACCAGCATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 TCTGCCGAGCCTGCATCACTGTGAGCAACAAGGAGGCAGTGACCAGCATG

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 GGAGGAAAAAGCAGCTGTCCTGTGTGTGGTATCAGTTACTCATTTGAACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100151 GGAGGAAAAAGCAGCTGTCCTGTGTGTGGTATCAGTTACTCATTTGAACA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 TCTACAGGCTAATCAGCATCTGGCCAACATAGTGGAGAGACTCAAGGAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100201 TCTACAGGCTAATCAGCATCTGGCCAACATAGTGGAGAGACTCAAGGAGG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    251 TCAAGTTGAGCCCAGACAATGGGAAGAAGAGAGATCTCTGTGATCATCAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100251 TCAAGTTGAGCCCAGACAATGGGAAGAAGAGAGATCTCTGTGATCATCAT

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    301 GGAGAGAAACTCCTACTCTTCTGTAAGGAGGATAGGAAAGTCATTTGCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100301 GGAGAGAAACTCCTACTCTTCTGTAAGGAGGATAGGAAAGTCATTTGCTG

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    351 GCTTTGTGAGCGGTCTCAGGAGCACCGTGGTCACCACACAGTCCTCACGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100351 GCTTTGTGAGCGGTCTCAGGAGCACCGTGGTCACCACACAGTCCTCACGG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    401 AGGAAGTATTCAAGGAATGTCAG         GAGAAACTCCAGGCAGTC
        |||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||
 100401 AGGAAGTATTCAAGGAATGTCAGGTA...TAGGAGAAACTCCAGGCAGTC

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    442 CTCAAGAGGCTGAAGAAGGAAGAGGAGGAAGCTGAGAAGCTGGAAGCTGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101491 CTCAAGAGGCTGAAGAAGGAAGAGGAGGAAGCTGAGAAGCTGGAAGCTGA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    492 CATCAGAGAAGAGAAAACTTCCTGGAAG         TATCAGGTACAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||
 101541 CATCAGAGAAGAGAAAACTTCCTGGAAGGCA...CAGTATCAGGTACAAA

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    533 CTGAGAGACAAAGGATACAAACAGAATTTGATCAGCTTAGAAGCATCCTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102313 CTGAGAGACAAAGGATACAAACAGAATTTGATCAGCTTAGAAGCATCCTA

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    583 AATAATGAGGAGCAGAGAGAGCTGCAAAGATTGGAAGAAGAAGAAAAGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102363 AATAATGAGGAGCAGAGAGAGCTGCAAAGATTGGAAGAAGAAGAAAAGAA

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    633 GACGCTGGATAAGTTTGCAGAGGCTGAGGATGAGCTAGTTCAGCAGAAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102413 GACGCTGGATAAGTTTGCAGAGGCTGAGGATGAGCTAGTTCAGCAGAAGC

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    683 AGTTGGTGAGAGAGCTCATCTCAGATGTGGAGTGTCGGAGTCAGTGGTCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102463 AGTTGGTGAGAGAGCTCATCTCAGATGTGGAGTGTCGGAGTCAGTGGTCA

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    733 ACAATGGAGCTGCTGCAG         GACATGAGTGGAATCATGAAATG
        ||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||
 102513 ACAATGGAGCTGCTGCAGGTA...TAGGACATGAGTGGAATCATGAAATG

    800     .    :    .    :    .    :    .
    774 GTGCGTATGGGTGGCCAGGAGTGGTGCTTGTGAGTTA
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108859 GTGCGTATGGGTGGCCAGGAGTGGTGCTTGTGAGTTA