seq1 = pF1KE3948.tfa, 1077 bp
seq2 = pF1KE3948/gi568815581r_35475785.tfa (gi568815581r:35475785_35678021), 202237 bp

>pF1KE3948 1077
>gi568815581r:35475785_35678021 (Chr17)

(complement)

1-126  (100001-100126)   100% ->
127-680  (100431-100984)   99% ->
681-1077  (101841-102237)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGCTGAGCACGGGGCTCACTTCACAGCTGCTTCTGTGGCCGATGACCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGCTGAGCACGGGGCTCACTTCACAGCTGCTTCTGTGGCCGATGACCA

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 GCCATCCATCTTTGAGGTGGTAGCACAGGACAGTTTAATGACAGCAGTGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 GCCATCCATCTTTGAGGTGGTAGCACAGGACAGTTTAATGACAGCAGTGA

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 GACCCGCTCTTCAGCATGTGGTCAAG         GTTCTTGCAGAATCA
        ||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||
 100101 GACCCGCTCTTCAGCATGTGGTCAAGGTA...TAGGTTCTTGCAGAATCA

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 AATCCCACCCACTATGGCTTCTTGTGGAGGTGGTTTGATGAAATCTTTAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100446 AATCCCACCCACTATGGCTTCTTGTGGAGGTGGTTTGATGAAATCTTTAC

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 TCTGCTAGATCTTCTGCTCCAGCAACATTATCTGTCTAGAACCAGTGCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100496 TCTGCTAGATCTTCTGCTCCAGCAACATTATCTGTCTAGAACCAGTGCCT

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 CATTTTCTGAAAACTTTTACGGCTTAAAGAGAATTGTAATGGGGGACACT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100546 CATTTTCTGAAAACTTTTACGGCTTAAAGAGAATTGTAATGGGGGACACT

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    292 CACAAGTCTCAGAGATTGGCTAGTGCTGGTCTCCCAAAGCAGCAGCTTTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100596 CACAAGTCTCAGAGATTGGCTAGTGCTGGTCTCCCAAAGCAGCAGCTTTG

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    342 GAAATCTATTATGTTCCTGGTTCTTCTTCCCTATCTGAAAGTGAAGCTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100646 GAAATCTATTATGTTCCTGGTTCTTCTTCCCTATCTGAAAGTGAAGCTGG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    392 AGAAGCTGGTTTCTAGCTTGAGAGAAGAGGATGAATATTCTATTCATCCC
        ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||
 100696 AGAAGCTGGTTTCTAGCCTGAGAGAAGAGGATGAATATTCTATTCATCCC

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    442 CCTTCTTCCCGCTGGAAACGATTTTACAGAGCTTTCCTGGCAGCCTACCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100746 CCTTCTTCCCGCTGGAAACGATTTTACAGAGCTTTCCTGGCAGCCTACCC

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    492 ATTTGTGAACATGGCCTGGGAAGGATGGTTTCTTGTACAACAACTTCGAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100796 ATTTGTGAACATGGCCTGGGAAGGATGGTTTCTTGTACAACAACTTCGAT

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    542 ACATCCTAGGAAAAGCTCAGCATCACTCACCACTGCTGAGGCTGGCTGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100846 ACATCCTAGGAAAAGCTCAGCATCACTCACCACTGCTGAGGCTGGCTGGA

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    592 GTTCAGCTAGGTCGACTGACAGTTCAGGATATACAAGCTCTGGAGCACAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100896 GTTCAGCTAGGTCGACTGACAGTTCAGGATATACAAGCTCTGGAGCACAA

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    642 ACCAGCTAAGGCCAGCATGATGCAGCAACCAGCCAGGAG         TG
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||
 100946 ACCAGCTAAGGCCAGCATGATGCAGCAACCAGCCAGGAGGTA...CAGTG

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    683 TTAGTGAGAAGATAAACTCAGCTCTGAAGAAAGCTGTTGGGGGTGTTGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101843 TTAGTGAGAAGATAAACTCAGCTCTGAAGAAAGCTGTTGGGGGTGTTGCC

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    733 TTATCCCTGTCTACTGGCCTTTCTGTGGGTGTATTCTTCTTGCAGTTCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101893 TTATCCCTGTCTACTGGCCTTTCTGTGGGTGTATTCTTCTTGCAGTTCCT

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    783 TGACTGGTGGTACTCATCTGAAAATCAAGAAACCATCAAGTCATTGACTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101943 TGACTGGTGGTACTCATCTGAAAATCAAGAAACCATCAAGTCATTGACTG

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    833 CCCTGCCTACTCCACCACCACCTGTACACCTAGACTATAACTCTGATTCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101993 CCCTGCCTACTCCACCACCACCTGTACACCTAGACTATAACTCTGATTCT

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    883 CCCCTCTTACCCAAAATGAAGACTGTGTGCCCACTGTGTCGTAAAACCCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102043 CCCCTCTTACCCAAAATGAAGACTGTGTGCCCACTGTGTCGTAAAACCCG

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    933 GGTGAATGATACTGTTCTTGCCACCTCTGGCTATGTGTTTTGTTACCGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102093 GGTGAATGATACTGTTCTTGCCACCTCTGGCTATGTGTTTTGTTACCGCT

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    983 GTGTGTTTCATTATGTGAGGAGTCACCAAGCTTGTCCCATCACAGGTTAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102143 GTGTGTTTCATTATGTGAGGAGTCACCAAGCTTGTCCCATCACAGGTTAT

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .
   1033 CCAACAGAAGTACAACATCTGATTAAACTCTACTCCCCTGAGAAC
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102193 CCAACAGAAGTACAACATCTGATTAAACTCTACTCCCCTGAGAAC