seq1 = pF1KE3946.tfa, 873 bp
seq2 = pF1KE3946/gi568815596f_130243085.tfa (gi568815596f:130243085_130446465), 203381 bp

>pF1KE3946 873
>gi568815596f:130243085_130446465 (Chr2)

1-112  (100000-100110)   99% ->
113-196  (101545-101628)   100% ->
197-306  (102292-102401)   100% ->
307-439  (102483-102615)   100% ->
440-594  (102695-102849)   100% ->
595-689  (102934-103028)   100% ->
690-763  (103117-103190)   100% ->
764-873  (103272-103381)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGCTGCGCCGCGAGGCCCGCCTGCGCCGCGAGTACCTGTACCGCAAGGC
        |-||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100000 A GCTGCGCCGCGAGGCCCGCCTGCGCCGCGAGTACCTGTACCGCAAGGC

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 CCGGGAGGAGGCGCAGCGCTCAGCCCAGGAGAGGAAGGAGCGGCTGCGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100049 CCGGGAGGAGGCGCAGCGCTCAGCCCAGGAGAGGAAGGAGCGGCTGCGGC

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 GCGCGCTGGAAG         AAAACCGCCTGATTCCCACTGAGTTACGC
        ||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||
 100099 GCGCGCTGGAAGGTA...CAGAAAACCGCCTGATTCCCACTGAGTTACGC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 CGAGAGGCTCTGGCCTTACAGGGGTCCCTGGAGTTTGATGATGCTGGAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101574 CGAGAGGCTCTGGCCTTACAGGGGTCCCTGGAGTTTGATGATGCTGGAGG

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 TGAAG         GTGTGACCAGCCACGTGGATGATGAATACCGATGGG
        |||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101624 TGAAGGTA...CAGGTGTGACCAGCCACGTGGATGATGAATACCGATGGG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    233 CAGGAGTCGAGGATCCCAAGGTTATGATCACTACCTCCCGAGACCCCAGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102328 CAGGAGTCGAGGATCCCAAGGTTATGATCACTACCTCCCGAGACCCCAGT

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 TCCCGCCTCAAGATGTTTGCAAAG         GAGCTGAAGCTGGTGTT
        ||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||
 102378 TCCCGCCTCAAGATGTTTGCAAAGGTA...CAGGAGCTGAAGCTGGTGTT

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    324 CCCGGGCGCCCAGCGAATGAACCGAGGTCGACATGAAGTGGGGGCACTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102500 CCCGGGCGCCCAGCGAATGAACCGAGGTCGACATGAAGTGGGGGCACTGG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    374 TGCGAGCCTGCAAAGCCAACGGCGTCACCGATCTGCTGGTCGTTCACGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102550 TGCGAGCCTGCAAAGCCAACGGCGTCACCGATCTGCTGGTCGTTCACGAG

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    424 CATCGGGGCACACCTG         TGGGGCTCATCGTCAGCCACCTGCC
        ||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||
 102600 CATCGGGGCACACCTGGTA...CAGTGGGGCTCATCGTCAGCCACCTGCC

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    465 CTTTGGTCCTACTGCCTACTTCACGCTGTGCAATGTGGTCATGCGGCATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102720 CTTTGGTCCTACTGCCTACTTCACGCTGTGCAATGTGGTCATGCGGCATG

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    515 ACATCCCAGACCTGGGCACCATGTCGGAGGCCAAGCCCCACCTCATCACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102770 ACATCCCAGACCTGGGCACCATGTCGGAGGCCAAGCCCCACCTCATCACA

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    565 CACGGCTTCTCCTCCCGCCTGGGCAAGCGG         GTCTCTGACAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||
 102820 CACGGCTTCTCCTCCCGCCTGGGCAAGCGGGTG...CAGGTCTCTGACAT

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    606 CCTCCGATACCTATTTCCCGTGCCCAAAGATGACAGCCACCGGGTCATCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102945 CCTCCGATACCTATTTCCCGTGCCCAAAGATGACAGCCACCGGGTCATCA

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    656 CCTTCGCAAACCAGGACGACTACATATCATTCCG         GCACCAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||
 102995 CCTTCGCAAACCAGGACGACTACATATCATTCCGGTG...CAGGCACCAT

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    697 GTGTATAAGAAGACAGACCACCGCAACGTGGAGCTCACTGAGGTCGGGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103124 GTGTATAAGAAGACAGACCACCGCAACGTGGAGCTCACTGAGGTCGGGCC

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    747 CCGCTTTGAGCTGAAGC         TGTACATGATCCGTCTGGGCACGC
        |||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||
 103174 CCGCTTTGAGCTGAAGCGTG...CAGTGTACATGATCCGTCTGGGCACGC

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    788 TGGAGCAGGAGGCCACAGCAGACGTGGAGTGGCGCTGGCACCCTTACACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103296 TGGAGCAGGAGGCCACAGCAGACGTGGAGTGGCGCTGGCACCCTTACACC

    900     .    :    .    :    .    :    .
    838 AATACCGCACGCAAGAGAGTCTTCCTGAGCACCGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103346 AATACCGCACGCAAGAGAGTCTTCCTGAGCACCGAG