seq1 = pF1KE3945.tfa, 1818 bp
seq2 = pF1KE3945/gi568815596f_169409779.tfa (gi568815596f:169409779_169625693), 215915 bp

>pF1KE3945 1818
>gi568815596f:169409779_169625693 (Chr2)

1-1110  (100001-101110)   100% ->
1111-1268  (104796-104953)   100% ->
1269-1376  (105076-105183)   100% ->
1377-1562  (108412-108597)   100% ->
1563-1709  (111083-111229)   99% ->
1710-1818  (115807-115915)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGATTCCCAGCGGGAACTTGCAGAGGAACTGCGGCTTTACCAATCCAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGATTCCCAGCGGGAACTTGCAGAGGAACTGCGGCTTTACCAATCCAC

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 CCTTCTTCAGGATGGTCTAAAAGATCTCCTGGATGAGAAAAAATTCATCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 CCTTCTTCAGGATGGTCTAAAAGATCTCCTGGATGAGAAAAAATTCATCG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 ATTGCACCCTAAAAGCAGGTGACAAAAGTCTTCCTTGCCACAGATTGATT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 ATTGCACCCTAAAAGCAGGTGACAAAAGTCTTCCTTGCCACAGATTGATT

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 TTGTCAGCTTGTAGTCCTTACTTCCGTGAGTACTTTTTATCTGAAATTGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100151 TTGTCAGCTTGTAGTCCTTACTTCCGTGAGTACTTTTTATCTGAAATTGA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 TGAGGCGAAAAAAAAGGAGGTAGTGCTAGACAATGTGGATCCTGCTATAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100201 TGAGGCGAAAAAAAAGGAGGTAGTGCTAGACAATGTGGATCCTGCTATAC

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    251 TTGATTTAATCATCAAATACCTGTACTCTGCCAGTATTGATCTCAATGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100251 TTGATTTAATCATCAAATACCTGTACTCTGCCAGTATTGATCTCAATGAC

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    301 GGAAATGTGCAAGATATTTTTGCATTGGCCAGCCGCTTTCAGATCCCCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100301 GGAAATGTGCAAGATATTTTTGCATTGGCCAGCCGCTTTCAGATCCCCTC

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    351 AGTGTTTACTGTCTGCGTTTCTTATCTTCAGAAAAGACTTGCTCCTGGTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100351 AGTGTTTACTGTCTGCGTTTCTTATCTTCAGAAAAGACTTGCTCCTGGTA

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    401 ACTGTCTAGCCATCCTAAGATTAGGACTTCTTCTTGACTGCCCGAGACTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100401 ACTGTCTAGCCATCCTAAGATTAGGACTTCTTCTTGACTGCCCGAGACTC

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    451 GCCATTTCTGCCCGTGAATTTGTGTCTGATCGCTTTGTACAGATTTGTAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100451 GCCATTTCTGCCCGTGAATTTGTGTCTGATCGCTTTGTACAGATTTGTAA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    501 GGAAGAGGACTTTATGCAACTGTCTCCACAGGAACTGATCTCAGTCATTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100501 GGAAGAGGACTTTATGCAACTGTCTCCACAGGAACTGATCTCAGTCATTT

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    551 CAAATGACAGCCTAAATGTAGAAAAAGAAGAAGCAGTATTTGAGGCAGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100551 CAAATGACAGCCTAAATGTAGAAAAAGAAGAAGCAGTATTTGAGGCAGTG

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    601 ATGAAATGGGTGCGAACAGACAAGGAAAACAGGGTTAAAAACCTTAGTGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100601 ATGAAATGGGTGCGAACAGACAAGGAAAACAGGGTTAAAAACCTTAGTGA

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    651 AGTGTTTGATTGTATCCGTTTTCGCCTTATGACAGAAAAATATTTTAAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100651 AGTGTTTGATTGTATCCGTTTTCGCCTTATGACAGAAAAATATTTTAAGG

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    701 ATCATGTTGAGAAAGATGATATAATTAAAAGCAACCCAGACCTCCAGAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100701 ATCATGTTGAGAAAGATGATATAATTAAAAGCAACCCAGACCTCCAGAAA

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    751 AAAATCAAAGTTCTAAAAGATGCTTTCGCAGGCAAACTCCCAGAACCTAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100751 AAAATCAAAGTTCTAAAAGATGCTTTCGCAGGCAAACTCCCAGAACCTAG

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    801 CAAAAATGCCGCGAAGACTGGGGCTGGTGAGGTGAATGGTGATGTTGGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100801 CAAAAATGCCGCGAAGACTGGGGCTGGTGAGGTGAATGGTGATGTTGGTG

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    851 ATGAAGATTTACTTCCTGGTTACCTGAATGACATTCCCAGGCATGGAATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100851 ATGAAGATTTACTTCCTGGTTACCTGAATGACATTCCCAGGCATGGAATG

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    901 TTTGTAAAAGACCTCATCCTCTTGGTTAATGACACAGCAGCAGTGGCTTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100901 TTTGTAAAAGACCTCATCCTCTTGGTTAATGACACAGCAGCAGTGGCTTA

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    951 TGACCCCACGGAAAATGAATGCTACCTTACTGCACTGGCTGAGCAGATTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100951 TGACCCCACGGAAAATGAATGCTACCTTACTGCACTGGCTGAGCAGATTC

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1001 CCAGAAATCATTCCAGCATTGTTACCCAGCAAAATCAGATATATGTGGTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101001 CCAGAAATCATTCCAGCATTGTTACCCAGCAAAATCAGATATATGTGGTA

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1051 GGAGGACTATATGTGGATGAAGAAAATAAGGATCAACCTCTACAGTCATA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101051 GGAGGACTATATGTGGATGAAGAAAATAAGGATCAACCTCTACAGTCATA

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1101 CTTCTTCCAG         CTCGATAGCATAGCATCTGAATGGGTTGGAC
        ||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||
 101101 CTTCTTCCAGGTA...CAGCTCGATAGCATAGCATCTGAATGGGTTGGAC

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1142 TTCCACCTCTGCCTTCAGCCAGGTGTCTCTTCGGTCTGGGAGAGGTGGAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104827 TTCCACCTCTGCCTTCAGCCAGGTGTCTCTTCGGTCTGGGAGAGGTGGAT

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1192 GATAAAATCTATGTAGTTGCAGGCAAAGACCTTCAAACAGAGGCTTCGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104877 GATAAAATCTATGTAGTTGCAGGCAAAGACCTTCAAACAGAGGCTTCGCT

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1242 GGATTCAGTATTATGCTATGATCCTGT         GGCTGCAAAATGGA
        |||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||
 104927 GGATTCAGTATTATGCTATGATCCTGTGTA...TAGGGCTGCAAAATGGA

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1283 ACGAAGTAAAAAAACTCCCTATCAAAGTCTATGGCCATAATGTGATTTCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105090 ACGAAGTAAAAAAACTCCCTATCAAAGTCTATGGCCATAATGTGATTTCA

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1333 CATAAAGGGATGATATATTGTCTAGGAGGAAAGACAGATGACAA      
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...
 105140 CATAAAGGGATGATATATTGTCTAGGAGGAAAGACAGATGACAAGTA...

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1377    AAAATGTACAAACAGGGTGTTTATCTTCAACCCCAAAAAAGGAGATT
        >>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108409 CAGAAAATGTACAAACAGGGTGTTTATCTTCAACCCCAAAAAAGGAGATT

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1424 GGAAAGATCTGGCTCCAATGAAAATTCCTCGTTCCATGTTTGGAGTAGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108459 GGAAAGATCTGGCTCCAATGAAAATTCCTCGTTCCATGTTTGGAGTAGCA

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1474 GTCCATAAAGGCAAAATTGTGATTGCAGGAGGTGTCACTGAAGATGGTCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108509 GTCCATAAAGGCAAAATTGTGATTGCAGGAGGTGTCACTGAAGATGGTCT

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1524 TTCAGCTTCAGTTGAAGCTTTTGACCTTACAACAAATAA         AT
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||
 108559 TTCAGCTTCAGTTGAAGCTTTTGACCTTACAACAAATAAGTG...TAGAT

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1565 GGGATGTAATGACCGAATTTCCCCAAGAAAGGAGCTCCATCAGTTTGGTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||
 111085 GGGATGTAATGACCGAATTTCCCCAAGAAAGAAGCTCCATCAGTTTGGTC

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1615 AGCCTGGCTGGATCTCTGTATGCAATTGGTGGTTTTGCTATGATTCAACT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111135 AGCCTGGCTGGATCTCTGTATGCAATTGGTGGTTTTGCTATGATTCAACT

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1665 GGAGTCTAAAGAATTTGCACCCACTGAAGTCAATGACATATGGAA     
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>..
 111185 GGAGTCTAAAGAATTTGCACCCACTGAAGTCAATGACATATGGAAGTA..

   1750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1710     GTATGAAGATGATAAAAAAGAATGGGCTGGGATGTTGAAGGAAATA
        .>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111235 .CAGGTATGAAGATGATAAAAAAGAATGGGCTGGGATGTTGAAGGAAATA

   1800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1756 CGTTATGCTTCAGGAGCTAGTTGCCTAGCAACACGTTTAAATCTCTTCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115853 CGTTATGCTTCAGGAGCTAGTTGCCTAGCAACACGTTTAAATCTCTTCAA

   1850     .    :
   1806 ACTGTCTAAACTG
        |||||||||||||
 115903 ACTGTCTAAACTG