seq1 = pF1KE3944.tfa, 777 bp
seq2 = pF1KE3944/gi568815585r_45093791.tfa (gi568815585r:45093791_45294567), 200777 bp

>pF1KE3944 777
>gi568815585r:45093791_45294567 (Chr13)

(complement)

1-777  (100001-100777)   99%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGAGCGTAAAATAAACAGAAGAGAAAAAGAAAAGGAGTATGAAGGGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGAGCGTAAAATAAACAGAAGAGAAAAAGAAAAGGAGTATGAAGGGAA

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 ACACAACAGCCTGGAAGATACTGATCAAGGAAAGAACTGCAAATCCACAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 ACACAACAGCCTGGAAGATACTGATCAAGGAAAGAACTGCAAATCCACAC

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 TGATGACCCTCAACGTTGGTGGATATTTATACATTACTCAAAAACAAACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 TGATGACCCTCAACGTTGGTGGATATTTATACATTACTCAAAAACAAACA

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 CTGACCAAGTACCCAGACACTTTCCTTGAAGGTATAGTAAATGGAAAAAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100151 CTGACCAAGTACCCAGACACTTTCCTTGAAGGTATAGTAAATGGAAAAAT

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 CCTCTGCCCGTTTGATGCTGATGGTCATTATTTCATAGACAGGGATGGTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100201 CCTCTGCCCGTTTGATGCTGATGGTCATTATTTCATAGACAGGGATGGTC

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    251 TCCTCTTCAGGCATGTCCTAAACTTCCTACGAAATGGAGAACTTCTATTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100251 TCCTCTTCAGGCATGTCCTAAACTTCCTACGAAATGGAGAACTTCTATTG

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    301 CCCGAAGGGTTTCGAGAAAATCAACTTCTTGCACAAGAAGCAGAATTCTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100301 CCCGAAGGGTTTCGAGAAAATCAACTTCTTGCACAAGAAGCAGAATTCTT

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    351 TCAGCTCAAGGGACTGGCAGAGGAAGTGAAATCCAGGTGGGAGAAAGAAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100351 TCAGCTCAAGGGACTGGCAGAGGAAGTGAAATCCAGGTGGGAGAAAGAAC

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    401 AGCTAACACCCAGAGAGACTACTTTCTTGGAAATAACAGATAACCACGAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100401 AGCTAACACCCAGAGAGACTACTTTCTTGGAAATAACAGATAACCACGAT

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    451 CGTTCACAAGGATTAAGAATCTTCTGTAATGCTCCTGATTTCATATCAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100451 CGTTCACAAGGATTAAGAATCTTCTGTAATGCTCCTGATTTCATATCAAA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    501 AATAAAGTCTCGCATTGTTCTGGTGTCCAAAAGCAGGCTGGATGGATTTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100501 AATAAAGTCTCGCATTGTTCTGGTGTCCAAAAGCAGGCTGGATGGATTTC

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    551 CAGAGGAGTTTTCAATATCGTCAAATATCATCCGATTTAAATACTTCATA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||
 100551 CAGAGGAGTTTTCAATATCGTCAAATATCATCCAATTTAAATACTTCATA

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    601 AAGTCTGAAAATGGCACTCGACTTGTACTAAAGGAAGACAACACCTTTGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100601 AAGTCTGAAAATGGCACTCGACTTGTACTAAAGGAAGACAACACCTTTGT

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    651 CTGTACCTTGGAAACTCTTAAGTTTGAGGCTATCATGATGGCTTTAAAGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100651 CTGTACCTTGGAAACTCTTAAGTTTGAGGCTATCATGATGGCTTTAAAGT

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    701 GTGGCTTTAGACTGCTGACCAGCCTGGATTGTTCCAAAGGGTCAATTGTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100701 GTGGCTTTAGACTGCTGACCAGCCTGGATTGTTCCAAAGGGTCAATTGTT

    750     .    :    .    :    .
    751 CACAGCGATGCACTTCATTTTATCAAG
        |||||||||||||||||||||||||||
 100751 CACAGCGATGCACTTCATTTTATCAAG