seq1 = pF1KE3943.tfa, 1122 bp
seq2 = pF1KE3943/gi568815582f_67061786.tfa (gi568815582f:67061786_67263817), 202032 bp

>pF1KE3943 1122
>gi568815582f:67061786_67263817 (Chr16)

1-152  (100001-100152)   100% ->
153-1122  (101063-102032)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGCCGAGCCTGGAGAGGGACTGCCAGAGGAGGTGCTGGCACTCATCTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGCCGAGCCTGGAGAGGGACTGCCAGAGGAGGTGCTGGCACTCATCTT

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 CCGCCACCTGTCCCTGAGAGACCGTGCTGCCGCCGCCAGGGTCTGCAGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 CCGCCACCTGTCCCTGAGAGACCGTGCTGCCGCCGCCAGGGTCTGCAGGG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 CCTGGGCCGCCGCTGCTACCTGCAGCGCCGTGTGGCACGACACAAAAATC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 CCTGGGCCGCCGCTGCTACCTGCAGCGCCGTGTGGCACGACACAAAAATC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 AG         TTGCGAATGTGAGCTGGAAGGCATGCTGCCACCTTATCT
        ||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100151 AGGTG...AAGTTGCGAATGTGAGCTGGAAGGCATGCTGCCACCTTATCT

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 GTCCGCCTGCCTCGACCACATTCACAACCTACGGCTGGAATTTGAGCCAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101102 GTCCGCCTGCCTCGACCACATTCACAACCTACGGCTGGAATTTGAGCCAT

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 CGAGGAAGCCGAGCCGCCGGGCGGCCATCGAGCTGCTGATGGTTCTGGCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101152 CGAGGAAGCCGAGCCGCCGGGCGGCCATCGAGCTGCTGATGGTTCTGGCG

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    292 GGCCGTGCCCCGGGGCTGCGAGGCCTGCGCCTGGAGTGCCGCGGAGAAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101202 GGCCGTGCCCCGGGGCTGCGAGGCCTGCGCCTGGAGTGCCGCGGAGAAAA

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    342 ACCGCTCTTCGACGCGGGCCGCGACGTCCTGGAGGCTGTGCACGCTGTAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101252 ACCGCTCTTCGACGCGGGCCGCGACGTCCTGGAGGCTGTGCACGCTGTAT

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    392 GCGGGGCGGCCAGCCAGCTACGCCACCTCGACCTGCGGCGCTTGTCCTTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101302 GCGGGGCGGCCAGCCAGCTACGCCACCTCGACCTGCGGCGCTTGTCCTTC

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    442 ACACTGGACGACGCGCTGGTGCTGCAGGCGGCGCGCAGCTGTCCCGAGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101352 ACACTGGACGACGCGCTGGTGCTGCAGGCGGCGCGCAGCTGTCCCGAGCT

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    492 CCACAGCCTTTTTCTGGACAACAGTACCCTAGTGGGCAGCGTGGGTCCCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101402 CCACAGCCTTTTTCTGGACAACAGTACCCTAGTGGGCAGCGTGGGTCCCG

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    542 GCTCAGTGCTCGAGCTACTGGAGGCCTGCCCGCGCCTGCGCGCTCTCGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101452 GCTCAGTGCTCGAGCTACTGGAGGCCTGCCCGCGCCTGCGCGCTCTCGGC

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    592 CTGCACCTAGCCAGTTTGTCGCACGCCATCCTCGAAGCACTGGCGGCGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101502 CTGCACCTAGCCAGTTTGTCGCACGCCATCCTCGAAGCACTGGCGGCGCC

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    642 AGACCGAGCGCCTTTCGCGCTCTTGGCTCTGCGGTGCGCGTGCCCCGAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101552 AGACCGAGCGCCTTTCGCGCTCTTGGCTCTGCGGTGCGCGTGCCCCGAAG

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    692 ATGCACGCGCGTCCCCGCTGCCCAACGAAGCCTGGGTCGCGTTGCGCCGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101602 ATGCACGCGCGTCCCCGCTGCCCAACGAAGCCTGGGTCGCGTTGCGCCGC

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    742 CGCCACCCTGGGCTGGCAGTGGAGCTGGAGCTGGAGCCCGCGCTGCCCGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101652 CGCCACCCTGGGCTGGCAGTGGAGCTGGAGCTGGAGCCCGCGCTGCCCGC

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    792 TGAGAGCGTGACGCGCGTCCTGCAGCCAGCCGTCCCCGTGGCTGCGCTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101702 TGAGAGCGTGACGCGCGTCCTGCAGCCAGCCGTCCCCGTGGCTGCGCTGC

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    842 GCCTCAACCTCTCAGGCGACACCGTAGGCCCAGTGCGCTTCGCAGCACAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101752 GCCTCAACCTCTCAGGCGACACCGTAGGCCCAGTGCGCTTCGCAGCACAC

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    892 CACTACGCCGCAACCCTGTGCGCGCTCGAGGTGCGCGCAGCCGCTTCGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101802 CACTACGCCGCAACCCTGTGCGCGCTCGAGGTGCGCGCAGCCGCTTCGGC

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    942 CGAGCTGAACGCCGCGCTGGAGGAGCTGGCGGCGCGCTGCGCGGCCCTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101852 CGAGCTGAACGCCGCGCTGGAGGAGCTGGCGGCGCGCTGCGCGGCCCTGC

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    992 GCGAGGTGCATTGTTTCTGCGTGGTGAGCCACTCGGTGCTGGACGCCTTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101902 GCGAGGTGCATTGTTTCTGCGTGGTGAGCCACTCGGTGCTGGACGCCTTC

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1042 CGCGCGCACTGCCCGCGCCTGCGCACCTATACCCTCAAGCTCACGCGCGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101952 CGCGCGCACTGCCCGCGCCTGCGCACCTATACCCTCAAGCTCACGCGCGA

   1100     .    :    .    :    .    :
   1092 GCCGCATCCCTGGAGGCCTACGCTCGTGGCG
        |||||||||||||||||||||||||||||||
 102002 GCCGCATCCCTGGAGGCCTACGCTCGTGGCG