seq1 = pF1KE3939.tfa, 1554 bp
seq2 = pF1KE3939/gi568815596r_53570506.tfa (gi568815596r:53570506_53865572), 295067 bp

>pF1KE3939 1554
>gi568815596r:53570506_53865572 (Chr2)

(complement)

1-196  (100001-100196)   100% ->
197-355  (114632-114790)   100% ->
356-468  (136003-136115)   100% ->
469-604  (136726-136861)   100% ->
605-782  (148830-149007)   100% ->
783-980  (150992-151189)   100% ->
981-1238  (165045-165302)   100% ->
1239-1369  (171559-171689)   100% ->
1370-1554  (194883-195067)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGATTTTACAGAGGCTTACGCGGACACGTGCTCTACAGTTGGACTTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGATTTTACAGAGGCTTACGCGGACACGTGCTCTACAGTTGGACTTGC

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 TGCCAGGGAAGGCAATGTTAAAGTCTTAAGGAAACTGCTCAAAAAGGGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 TGCCAGGGAAGGCAATGTTAAAGTCTTAAGGAAACTGCTCAAAAAGGGCC

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 GAAGTGTCGATGTTGCTGATAACAGGGGATGGATGCCAATTCATGAAGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 GAAGTGTCGATGTTGCTGATAACAGGGGATGGATGCCAATTCATGAAGCA

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 GCTTATCACAACTCTGTAGAATGTTTGCAAATGTTAATTAATGCAG    
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>.
 100151 GCTTATCACAACTCTGTAGAATGTTTGCAAATGTTAATTAATGCAGGTA.

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    197      ATTCATCTGAAAACTACATTAAGATGAAGACCTTTGAAGGTTTCT
        ..>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100201 ..CAGATTCATCTGAAAACTACATTAAGATGAAGACCTTTGAAGGTTTCT

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 GTGCTTTGCATCTCGCTGCAAGTCAAGGACATTGGAAAATCGTACAGATT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114677 GTGCTTTGCATCTCGCTGCAAGTCAAGGACATTGGAAAATCGTACAGATT

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    292 CTTTTAGAAGCTGGGGCAGATCCTAATGCAACTACTTTAGAAGAAACGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114727 CTTTTAGAAGCTGGGGCAGATCCTAATGCAACTACTTTAGAAGAAACGAC

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    342 ACCATTGTTTTTAG         CTGTTGAAAATGGACAGATAGATGTGT
        ||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||
 114777 ACCATTGTTTTTAGGTA...CAGCTGTTGAAAATGGACAGATAGATGTGT

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    383 TAAGGCTGTTGCTTCAACACGGAGCAAATGTTAATGGATCCCATTCTATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 136030 TAAGGCTGTTGCTTCAACACGGAGCAAATGTTAATGGATCCCATTCTATG

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    433 TGTGGATGGAACTCCTTGCACCAGGCTTCTTTTCAG         GAAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||
 136080 TGTGGATGGAACTCCTTGCACCAGGCTTCTTTTCAGGTA...TAGGAAAA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    474 TGCTGAGATCATAAAATTGCTTCTTAGAAAAGGAGCAAACAAGGAATGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 136731 TGCTGAGATCATAAAATTGCTTCTTAGAAAAGGAGCAAACAAGGAATGCC

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    524 AGGATGACTTTGGAATCACACCTTTATTTGTGGCTGCTCAGTATGGCAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 136781 AGGATGACTTTGGAATCACACCTTTATTTGTGGCTGCTCAGTATGGCAAG

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    574 CTAGAAAGCTTGAGCATACTTATTTCATCGG         GTGCAAATGT
        |||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||
 136831 CTAGAAAGCTTGAGCATACTTATTTCATCGGGTA...TAGGTGCAAATGT

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    615 CAATTGTCAAGCCTTGGACAAAGCTACACCCTTGTTCATTGCTGCTCAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 148840 CAATTGTCAAGCCTTGGACAAAGCTACACCCTTGTTCATTGCTGCTCAAG

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    665 AGGGACACACAAAATGTGTGGAGCTTTTGCTCTCCAGTGGGGCAGATCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 148890 AGGGACACACAAAATGTGTGGAGCTTTTGCTCTCCAGTGGGGCAGATCCT

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    715 GATCTTTACTGTAATGAGGACAGTTGGCAGTTACCTATTCATGCAGCTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 148940 GATCTTTACTGTAATGAGGACAGTTGGCAGTTACCTATTCATGCAGCTGC

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    765 ACAAATGGGCCATACAAA         AATCTTGGACTTGTTAATACCAC
        ||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||
 148990 ACAAATGGGCCATACAAAGTA...TAGAATCTTGGACTTGTTAATACCAC

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    806 TTACTAACCGGGCCTGTGACACTGGGCTAAACAAAGTAAGCCCTGTTTAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 151015 TTACTAACCGGGCCTGTGACACTGGGCTAAACAAAGTAAGCCCTGTTTAC

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    856 TCAGCAGTGTTTGGGGGACATGAAGATTGCCTAGAAATATTACTCCGGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 151065 TCAGCAGTGTTTGGGGGACATGAAGATTGCCTAGAAATATTACTCCGGAA

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    906 TGGCTACAGCCCAGACGCCCAGGCGTGCCTTGTTTTTGGATTCAGTTCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 151115 TGGCTACAGCCCAGACGCCCAGGCGTGCCTTGTTTTTGGATTCAGTTCTC

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    956 CTGTGTGCATGGCTTTCCAAAAGGA         CTGTGAGTTCTTTGGA
        |||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||
 151165 CTGTGTGCATGGCTTTCCAAAAGGAGTA...GAGCTGTGAGTTCTTTGGA

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    997 ATTGTGAACATTCTTTTGAAATATGGAGCCCAGATAAATGAACTTCATTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 165061 ATTGTGAACATTCTTTTGAAATATGGAGCCCAGATAAATGAACTTCATTT

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1047 GGCATACTGCCTGAAGTACGAGAAGTTTTCGATATTTCGCTACTTTTTGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 165111 GGCATACTGCCTGAAGTACGAGAAGTTTTCGATATTTCGCTACTTTTTGA

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1097 GGAAAGGTTGCTCATTGGGACCATGGAACCATATATATGAATTTGTAAAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 165161 GGAAAGGTTGCTCATTGGGACCATGGAACCATATATATGAATTTGTAAAT

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1147 CATGCAATTAAAGCACAAGCAAAATATAAGGAGTGGTTGCCACATCTTCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 165211 CATGCAATTAAAGCACAAGCAAAATATAAGGAGTGGTTGCCACATCTTCT

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1197 GGTTGCTGGATTTGACCCACTGATTCTACTGTGCAATTCTTG        
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>
 165261 GGTTGCTGGATTTGACCCACTGATTCTACTGTGCAATTCTTGGTA...TA

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1239  GATTGACTCAGTCAGCATTGACACCCTTATCTTCACTTTGGAGTTTACT
        >|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 171558 GGATTGACTCAGTCAGCATTGACACCCTTATCTTCACTTTGGAGTTTACT

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1288 AATTGGAAGACACTTGCACCAGCTGTTGAAAGGATGCTCTCTGCTCGTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 171608 AATTGGAAGACACTTGCACCAGCTGTTGAAAGGATGCTCTCTGCTCGTGC

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1338 CTCAAACGCTTGGATTCTACAGCAACATATTG         CCACTGTTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||
 171658 CTCAAACGCTTGGATTCTACAGCAACATATTGGTA...CAGCCACTGTTC

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1379 CATCCCTGACCCATCTTTGTCGTTTGGAAATTCGGTCCAGTCTAAAATCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 194892 CATCCCTGACCCATCTTTGTCGTTTGGAAATTCGGTCCAGTCTAAAATCA

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1429 GAACGTCTACGGTCTGACAGTTATATTAGTCAGCTGCCACTTCCCAGAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 194942 GAACGTCTACGGTCTGACAGTTATATTAGTCAGCTGCCACTTCCCAGAAG

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1479 CCTACATAATTATTTGCTCTATGAAGACGTTCTGAGGATGTATGAAGTTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 194992 CCTACATAATTATTTGCTCTATGAAGACGTTCTGAGGATGTATGAAGTTC

   1600     .    :    .    :    .
   1529 CAGAACTGGCAGCTATTCAAGATGGA
        ||||||||||||||||||||||||||
 195042 CAGAACTGGCAGCTATTCAAGATGGA