seq1 = pF1KE3935.tfa, 1398 bp
seq2 = pF1KE3935/gi568815593f_151686621.tfa (gi568815593f:151686621_151904088), 217468 bp

>pF1KE3935 1398
>gi568815593f:151686621_151904088 (Chr5)

1-95  (100001-100095)   100% ->
96-177  (103703-103784)   100% ->
178-351  (104269-104442)   100% ->
352-442  (107539-107629)   100% ->
443-539  (108859-108955)   100% ->
540-741  (110607-110808)   99% ->
742-843  (112592-112693)   100% ->
844-955  (113269-113380)   100% ->
956-1084  (113598-113726)   100% ->
1085-1194  (114140-114249)   100% ->
1195-1398  (117265-117468)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGTGATGGAGAAGCCTAGTCCCCTGCTGGTCGGGCGGGAATTTGTGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGTGATGGAGAAGCCTAGTCCCCTGCTGGTCGGGCGGGAATTTGTGAG

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 ACAGTATTACACACTGCTGAACCAGGCCCCAGACATGCTGCATAG     
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>..
 100051 ACAGTATTACACACTGCTGAACCAGGCCCCAGACATGCTGCATAGGTA..

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     96     ATTTTATGGAAAGAACTCTTCTTATGTCCATGGGGGATTGGATTCA
        .>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 .CAGATTTTATGGAAAGAACTCTTCTTATGTCCATGGGGGATTGGATTCA

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 AATGGAAAGCCAGCAGATGCAGTCTACGGACAGAAA         GAAAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||
 103749 AATGGAAAGCCAGCAGATGCAGTCTACGGACAGAAAGTA...AAGGAAAT

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    183 CCACAGGAAAGTGATGTCACAAAACTTCACCAACTGCCACACCAAGATTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104274 CCACAGGAAAGTGATGTCACAAAACTTCACCAACTGCCACACCAAGATTC

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    233 GCCATGTTGATGCTCATGCCACGCTAAATGATGGTGTGGTAGTCCAGGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104324 GCCATGTTGATGCTCATGCCACGCTAAATGATGGTGTGGTAGTCCAGGTG

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 ATGGGGCTTCTCTCTAACAACAACCAGGCTTTGAGGAGATTCATGCAAAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104374 ATGGGGCTTCTCTCTAACAACAACCAGGCTTTGAGGAGATTCATGCAAAC

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    333 GTTTGTCCTTGCTCCTGAG         GGGTCTGTTGCAAATAAATTCT
        |||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||
 104424 GTTTGTCCTTGCTCCTGAGGTA...CAGGGGTCTGTTGCAAATAAATTCT

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    374 ATGTTCACAATGATATCTTCAGATACCAAGATGAGGTCTTTGGTGGGTTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107561 ATGTTCACAATGATATCTTCAGATACCAAGATGAGGTCTTTGGTGGGTTT

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    424 GTCACTGAGCCTCAGGAGG         AGTCTGAAGAAGAAGTAGAGGA
        |||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||
 107611 GTCACTGAGCCTCAGGAGGGTA...TAGAGTCTGAAGAAGAAGTAGAGGA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    465 ACCTGAAGAAAGACAGCAAACACCTGAGGTGGTACCTGATGATTCTGGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108881 ACCTGAAGAAAGACAGCAAACACCTGAGGTGGTACCTGATGATTCTGGAA

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    515 CTTTCTATGATCAGGCAGTTGTCAG         TAATGACATGGAAGAA
        |||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||
 108931 CTTTCTATGATCAGGCAGTTGTCAGGTA...AAGTAATGACATGGAAGAA

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    556 CATTTAGAGGAGCCTGTTGCTGAACCAGAGCCTGATCCTGAACCAGAACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110623 CATTTAGAGGAGCCTGTTGCTGAACCAGAGCCTGATCCTGAACCAGAACC

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    606 AGAACAAGAACCAGTATCTGAAATCCAAGAGGAAAAGCCTGAGCCAGTAT
        |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110673 AGAACAAGAACCTGTATCTGAAATCCAAGAGGAAAAGCCTGAGCCAGTAT

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    656 TAGAAGAAACTGCCCCTGAGGATGCTCAGAAGAGTTCTTCTCCAGCACCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110723 TAGAAGAAACTGCCCCTGAGGATGCTCAGAAGAGTTCTTCTCCAGCACCT

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    706 GCAGACATAGCTCAGACAGTACAGGAAGACTTGAGG         ACATT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||
 110773 GCAGACATAGCTCAGACAGTACAGGAAGACTTGAGGGTA...TAGACATT

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    747 TTCTTGGGCATCTGTGACCAGTAAGAATCTTCCACCCAGTGGAGCTGTTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112597 TTCTTGGGCATCTGTGACCAGTAAGAATCTTCCACCCAGTGGAGCTGTTC

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    797 CAGTTACTGGGATACCACCTCATGTTGTTAAAGTACCAGCTTCACAG   
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>
 112647 CAGTTACTGGGATACCACCTCATGTTGTTAAAGTACCAGCTTCACAGGTA

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    844       CCCCGTCCAGAGTCTAAGCCTGAATCTCAGATTCCACCACAAAG
        ...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112697 ...CAGCCCCGTCCAGAGTCTAAGCCTGAATCTCAGATTCCACCACAAAG

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    888 ACCTCAGCGGGATCAAAGAGTGCGAGAACAACGAATAAATATTCCTCCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113313 ACCTCAGCGGGATCAAAGAGTGCGAGAACAACGAATAAATATTCCTCCCC

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    938 AAAGGGGACCCAGACCAA         TCCGTGAGGCTGGTGAGCAAGGT
        ||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||
 113363 AAAGGGGACCCAGACCAAGTA...AAGTCCGTGAGGCTGGTGAGCAAGGT

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    979 GACATTGAACCCCGAAGAATGGTGAGACACCCTGACAGTCACCAACTCTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113621 GACATTGAACCCCGAAGAATGGTGAGACACCCTGACAGTCACCAACTCTT

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1029 CATTGGCAACCTGCCTCATGAAGTGGACAAATCAGAGCTTAAAGATTTCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113671 CATTGGCAACCTGCCTCATGAAGTGGACAAATCAGAGCTTAAAGATTTCT

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1079 TTCAAA         GTTATGGAAACGTGGTGGAGTTGCGCATTAACAGT
        ||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113721 TTCAAAGTA...CAGGTTATGGAAACGTGGTGGAGTTGCGCATTAACAGT

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1120 GGTGGGAAATTACCCAATTTTGGTTTTGTTGTGTTTGATGATTCTGAGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114175 GGTGGGAAATTACCCAATTTTGGTTTTGTTGTGTTTGATGATTCTGAGCC

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1170 TGTTCAGAAAGTCCTTAGCAACAGG         CCCATCATGTTCAGAG
        |||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||
 114225 TGTTCAGAAAGTCCTTAGCAACAGGGTA...CAGCCCATCATGTTCAGAG

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1211 GTGAGGTCCGTCTGAATGTCGAAGAGAAGAAGACTCGAGCTGCCAGGGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 117281 GTGAGGTCCGTCTGAATGTCGAAGAGAAGAAGACTCGAGCTGCCAGGGAA

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1261 GGCGACCGACGAGATAATCGCCTTCGGGGACCTGGAGGCCCTCGAGGTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 117331 GGCGACCGACGAGATAATCGCCTTCGGGGACCTGGAGGCCCTCGAGGTGG

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1311 GCTGGGTGGTGGAATGAGAGGCCCTCCCCGTGGAGGCATGGTGCAGAAAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 117381 GCTGGGTGGTGGAATGAGAGGCCCTCCCCGTGGAGGCATGGTGCAGAAAC

   1450     .    :    .    :    .    :    .
   1361 CAGGATTTGGAGTGGGAAGGGGGCTTGCGCCACGGCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 117431 CAGGATTTGGAGTGGGAAGGGGGCTTGCGCCACGGCAG