seq1 = pF1KE3921.tfa, 1197 bp
seq2 = pF1KE3921/gi568815597r_38739556.tfa (gi568815597r:38739556_38959646), 220091 bp

>pF1KE3921 1197
>gi568815597r:38739556_38959646 (Chr1)

(complement)

1-237  (100001-100237)   100% ->
238-441  (102565-102768)   100% ->
442-641  (103740-103939)   100% ->
642-756  (107159-107273)   100% ->
757-899  (107890-108032)   100% ->
900-1048  (113560-113708)   100% ->
1049-1197  (119943-120091)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGTCCCTGCAGTACGGGGCGGAGGAGACGCCCCTCGCCGGCAGTTACGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGTCCCTGCAGTACGGGGCGGAGGAGACGCCCCTCGCCGGCAGTTACGG

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 CGCGGCCGATTCGTTTCCAAAGGACTTCGGCTACGGCGTGGAGGAGGAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 CGCGGCCGATTCGTTTCCAAAGGACTTCGGCTACGGCGTGGAGGAGGAGG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 AAGAGGAGGCGGCGGCGGCGGGCGGAGGGGTTGGGGCAGGGGCAGGCGGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 AAGAGGAGGCGGCGGCGGCGGGCGGAGGGGTTGGGGCAGGGGCAGGCGGT

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 GGCTGTGGTCCGGGGGGCGCTGACAGCTCCAAGCCGAGGATTCTGCTCAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100151 GGCTGTGGTCCGGGGGGCGCTGACAGCTCCAAGCCGAGGATTCTGCTCAT

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 GGGACTCCGGCGCAGCGGCAAGTCCTCCATCCAGAAG         GTGG
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||
 100201 GGGACTCCGGCGCAGCGGCAAGTCCTCCATCCAGAAGGTG...CAGGTGG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 TGTTTCATAAGATGTCACCCAACGAGACCCTCTTTTTGGAAAGTACCAAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102569 TGTTTCATAAGATGTCACCCAACGAGACCCTCTTTTTGGAAAGTACCAAC

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    292 AAGATTTATAAGGATGACATTTCCAATAGCTCCTTTGTGAATTTCCAGAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102619 AAGATTTATAAGGATGACATTTCCAATAGCTCCTTTGTGAATTTCCAGAT

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    342 ATGGGATTTTCCTGGGCAAATGGACTTTTTTGACCCAACCTTTGACTATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102669 ATGGGATTTTCCTGGGCAAATGGACTTTTTTGACCCAACCTTTGACTATG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    392 AGATGATCTTCAGGGGAACAGGAGCATTGATATACGTCATTGACGCACAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102719 AGATGATCTTCAGGGGAACAGGAGCATTGATATACGTCATTGACGCACAG

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    442          GATGACTACATGGAGGCTTTAACAAGACTTCACATTACTGT
        >>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102769 GTA...CAGGATGACTACATGGAGGCTTTAACAAGACTTCACATTACTGT

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    483 TTCTAAAGCCTACAAAGTTAACCCAGACATGAATTTTGAGGTTTTTATTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103781 TTCTAAAGCCTACAAAGTTAACCCAGACATGAATTTTGAGGTTTTTATTC

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    533 ACAAAGTTGATGGTCTGTCTGATGATCACAAAATAGAAACACAGAGGGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103831 ACAAAGTTGATGGTCTGTCTGATGATCACAAAATAGAAACACAGAGGGAC

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    583 ATTCATCAAAGGGCCAATGATGACCTTGCAGATGCTGGGCTAGAAAAACT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103881 ATTCATCAAAGGGCCAATGATGACCTTGCAGATGCTGGGCTAGAAAAACT

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    633 CCATCTTAG         CTTTTATCTGACTAGTATCTATGACCATTCAA
        |||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||
 103931 CCATCTTAGGTA...CAGCTTTTATCTGACTAGTATCTATGACCATTCAA

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    674 TATTTGAAGCCTTTAGTAAGGTGGTGCAGAAACTCATTCCACAACTGCCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107191 TATTTGAAGCCTTTAGTAAGGTGGTGCAGAAACTCATTCCACAACTGCCG

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    724 ACCTTGGAAAACCTATTAAATATCTTTATATCA         AATTCAGG
        |||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||
 107241 ACCTTGGAAAACCTATTAAATATCTTTATATCAGTA...AAGAATTCAGG

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    765 TATTGAAAAAGCTTTTCTCTTTGATGTTGTCAGCAAAATCTACATTGCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107898 TATTGAAAAAGCTTTTCTCTTTGATGTTGTCAGCAAAATCTACATTGCAA

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    815 CAGACAGTTCCCCTGTGGATATGCAATCTTATGAACTTTGCTGTGACATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107948 CAGACAGTTCCCCTGTGGATATGCAATCTTATGAACTTTGCTGTGACATG

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    865 ATCGATGTTGTAATTGATGTGTCTTGTATATATGG         GTTAAA
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||
 107998 ATCGATGTTGTAATTGATGTGTCTTGTATATATGGGTA...TAGGTTAAA

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    906 GGAAGATGGAAGTGGAAGTGCTTATGACAAAGAATCTATGGCAATTATCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113566 GGAAGATGGAAGTGGAAGTGCTTATGACAAAGAATCTATGGCAATTATCA

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    956 AGCTGAATAATACAACTGTCCTTTATTTAAAGGAGGTGACTAAATTTTTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113616 AGCTGAATAATACAACTGTCCTTTATTTAAAGGAGGTGACTAAATTTTTG

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1006 GCACTGGTCTGCATTCTAAGGGAAGAAAGCTTTGAAAGAAAAG       
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>
 113666 GCACTGGTCTGCATTCTAAGGGAAGAAAGCTTTGAAAGAAAAGGTA...C

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1049   GTTTAATAGACTACAACTTCCACTGTTTCCGAAAAGCTATTCATGAGG
        >>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 119941 AGGTTTAATAGACTACAACTTCCACTGTTTCCGAAAAGCTATTCATGAGG

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1097 TTTTTGAGGTGGGTGTGACTTCTCACAGGAGCTGTGGTCACCAGACTAGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 119991 TTTTTGAGGTGGGTGTGACTTCTCACAGGAGCTGTGGTCACCAGACTAGT

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1147 GCCTCCAGTCTGAAAGCGCTGACACACAATGGCACGCCACGAAACGCCAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 120041 GCCTCCAGTCTGAAAGCGCTGACACACAATGGCACGCCACGAAACGCCAT

   1250 
   1197 C
        |
 120091 C