seq1 = pF1KE3920.tfa, 816 bp
seq2 = pF1KE3920/gi568815585f_49915494.tfa (gi568815585f:49915494_50120451), 204958 bp

>pF1KE3920 816
>gi568815585f:49915494_50120451 (Chr13)

1-578  (100001-100578)   100% ->
579-816  (104721-104958)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGAGTAGTCAGGAACTGGTCACTTTGAATGTGGGAGGGAAGATATTCAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGAGTAGTCAGGAACTGGTCACTTTGAATGTGGGAGGGAAGATATTCAC

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 GACAAGGTTTTCTACGATAAAGCAGTTTCCTGCTTCTCGTTTGGCACGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 GACAAGGTTTTCTACGATAAAGCAGTTTCCTGCTTCTCGTTTGGCACGCA

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 TGTTAGATGGCAGAGACCAAGAATTCAAGATGGTTGGTGGCCAGATTTTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 TGTTAGATGGCAGAGACCAAGAATTCAAGATGGTTGGTGGCCAGATTTTT

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 GTAGACAGAGATGGTGATTTGTTTAGTTTCATCTTAGATTTTTTGAGAAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100151 GTAGACAGAGATGGTGATTTGTTTAGTTTCATCTTAGATTTTTTGAGAAC

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 TCACCAGCTTTTATTACCCACTGAATTTTCAGACTATCTTAGGCTTCAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100201 TCACCAGCTTTTATTACCCACTGAATTTTCAGACTATCTTAGGCTTCAGA

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    251 GAGAGGCTCTTTTCTATGAACTTCGTTCTCTAGTTGATCTCTTAAACCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100251 GAGAGGCTCTTTTCTATGAACTTCGTTCTCTAGTTGATCTCTTAAACCCA

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    301 TACCTGCTACAGCCAAGACCTGCTCTTGTGGAGGTACATTTCCTAAGCCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100301 TACCTGCTACAGCCAAGACCTGCTCTTGTGGAGGTACATTTCCTAAGCCG

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    351 GAACACTCAAGCTTTTTTCAGGGTGTTTGGCTCTTGCAGCAAAACAATTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100351 GAACACTCAAGCTTTTTTCAGGGTGTTTGGCTCTTGCAGCAAAACAATTG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    401 AGATGCTAACAGGGAGGATTACAGTGTTTACAGAACAACCTTCAGCGCCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100401 AGATGCTAACAGGGAGGATTACAGTGTTTACAGAACAACCTTCAGCGCCG

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    451 ACCTGGAATGGTAACTTTTTCCCTCCTCAGATGACCTTACTTCCACTGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100451 ACCTGGAATGGTAACTTTTTCCCTCCTCAGATGACCTTACTTCCACTGCC

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    501 TCCACAAAGACCTTCTTACCATGACCTGGTTTTCCAGTGTGGTTCTGACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100501 TCCACAAAGACCTTCTTACCATGACCTGGTTTTCCAGTGTGGTTCTGACA

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    551 GCACTACTGATAACCAAACTGGAGTCAG         GTATGTTTCTATA
        ||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||
 100551 GCACTACTGATAACCAAACTGGAGTCAGGTA...TAGGTATGTTTCTATA

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    592 AAACCTGATAACCGAAAATTGGCCAACGGAACAAATGTCCTCGGCTTACT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104734 AAACCTGATAACCGAAAATTGGCCAACGGAACAAATGTCCTCGGCTTACT

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    642 GATTGACACTTTATTAAAGGAAGGCTTTCATTTGGTCAGCACTAGAACAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104784 GATTGACACTTTATTAAAGGAAGGCTTTCATTTGGTCAGCACTAGAACAG

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    692 TATCTTCTGAAGACAAAACTGAATGCTATAGCTTTGAAAGGATAAAAAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104834 TATCTTCTGAAGACAAAACTGAATGCTATAGCTTTGAAAGGATAAAAAGC

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    742 CCTGAAGTGCTCATCACGAATGAAACACCAAAACCAGAGACTATCATCAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104884 CCTGAAGTGCTCATCACGAATGAAACACCAAAACCAGAGACTATCATCAT

    800     .    :    .    :    .
    792 ACCAGAGCAATCTCAGATAAAGAAA
        |||||||||||||||||||||||||
 104934 ACCAGAGCAATCTCAGATAAAGAAA