seq1 = pF1KE3915.tfa, 345 bp
seq2 = pF1KE3915/gi568815586r_123161739.tfa (gi568815586r:123161739_123371618), 209880 bp

>pF1KE3915 345
>gi568815586r:123161739_123371618 (Chr12)

(complement)

1-55  (100001-100055)   100% ->
56-153  (104337-104434)   100% ->
154-280  (106297-106423)   100% ->
281-345  (109816-109880)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGTCTTACAAACCGAACTTGGCCGCGCACATGCCCGCCGCCGCCCTCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGTCTTACAAACCGAACTTGGCCGCGCACATGCCCGCCGCCGCCCTCAA

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 CGCCG         CTGGGAGTGTCCACTCGCCTTCCACCAGCATGGCAA
        |||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 CGCCGGTG...CAGCTGGGAGTGTCCACTCGCCTTCCACCAGCATGGCAA

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 CGTCTTCACAGTACCGCCAGCTGCTCAGTGACTACGGGCCACCGTCCCTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104373 CGTCTTCACAGTACCGCCAGCTGCTCAGTGACTACGGGCCACCGTCCCTA

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 GGCTACACCCAG         GGAACTGGGAACAGCCAGGTGCCCCAAAG
        ||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||
 104423 GGCTACACCCAGGTA...TAGGGAACTGGGAACAGCCAGGTGCCCCAAAG

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    183 CAAATACGCGGAGCTGCTGGCCATCATTGAAGAGCTGGGGAAGGAGATCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106326 CAAATACGCGGAGCTGCTGGCCATCATTGAAGAGCTGGGGAAGGAGATCA

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    233 GACCCACGTACGCAGGGAGCAAGAGTGCCATGGAGAGGCTGAAGCGCG  
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>
 106376 GACCCACGTACGCAGGGAGCAAGAGTGCCATGGAGAGGCTGAAGCGCGGT

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    281        GCATCATTCACGCTAGAGGACTGGTTCGGGAGTGCTTGGCAGA
        >...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106426 A...CAGGCATCATTCACGCTAGAGGACTGGTTCGGGAGTGCTTGGCAGA

    350     .    :    .    :
    324 AACGGAACGGAATGCCAGATCC
        ||||||||||||||||||||||
 109859 AACGGAACGGAATGCCAGATCC