seq1 = pF1KE3914.tfa, 681 bp
seq2 = pF1KE3914/gi568815592f_37719946.tfa (gi568815592f:37719946_38252386), 532441 bp

>pF1KE3914 681
>gi568815592f:37719946_38252386 (Chr6)

1-73  (100001-100073)   100% ==
112-295  (341647-341830)   100% ->
296-361  (362447-362512)   100% ->
362-529  (396627-396794)   100% ->
530-681  (432290-432441)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGGAGACGCTGGGAGCGAGCGCAGCAAAGCGCCCAGCCTGCCGCCTCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGGAGACGCTGGGAGCGAGCGCAGCAAAGCGCCCAGCCTGCCGCCTCG

     50     .    :    .    :
     51 CTGTCCCTGCGGCTTCTGGGGGT
        |||||||||||||||||||||||
 100051 CTGTCCCTGCGGCTTCTGGGGGT

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    112 GATTTTCAAAAGAAACAGCCAGACGATGATTCCGCTCCAAGTACAAGTAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 341647 GATTTTCAAAAGAAACAGCCAGACGATGATTCCGCTCCAAGTACAAGTAA

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    162 CAGCCAATCAGATTTGTTTTCCGAAGAGACCACCAGTGACAACAACAATA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 341697 CAGCCAATCAGATTTGTTTTCCGAAGAGACCACCAGTGACAACAACAATA

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    212 CCTCGATAACCACGCCAACTCTTAGTCCCAGCCAGCAGCCGCTTCCGACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 341747 CCTCGATAACCACGCCAACTCTTAGTCCCAGCCAGCAGCCGCTTCCGACA

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    262 GAACTGAATGTAACTTCACCGAGTAAAGAGGAGT         GTGGGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||
 341797 GAACTGAATGTAACTTCACCGAGTAAAGAGGAGTGTA...TAGGTGGGCC

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    303 ATGCACAGACACAGCTCATGTCTCATTAATCACACCAACAAAAAGATCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 362454 ATGCACAGACACAGCTCATGTCTCATTAATCACACCAACAAAAAGATCCT

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    353 GTGGTACAG         ATTCACAGTCTGAGAATGAGGCTTCACCAGTA
        |||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||
 362504 GTGGTACAGGTA...CAGATTCACAGTCTGAGAATGAGGCTTCACCAGTA

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    394 AAACGGCCACGACTACTTGAGAATACGGAACGGTCCGAGGAAACCAGTCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 396659 AAACGGCCACGACTACTTGAGAATACGGAACGGTCCGAGGAAACCAGTCG

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    444 ATCTAAACAGAAGAGTCGACGTCGGTGCTTCCAGTGCCAAACCAAACTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 396709 ATCTAAACAGAAGAGTCGACGTCGGTGCTTCCAGTGCCAAACCAAACTGG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    494 AGCTGGTGCAGCAGGAATTGGGATCGTGTCGCTGCG         GTTAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||
 396759 AGCTGGTGCAGCAGGAATTGGGATCGTGTCGCTGCGGTA...CAGGTTAT

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    535 GTGTTCTGTATGTTACATCGCCTCCCCGAGCAGCACGACTGCACATTCGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 432295 GTGTTCTGTATGTTACATCGCCTCCCCGAGCAGCACGACTGCACATTCGA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    585 CCACATGGGCCGTGGCCGGGAGGAAGCCATCATGAAAATGGTGAAGCTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 432345 CCACATGGGCCGTGGCCGGGAGGAAGCCATCATGAAAATGGTGAAGCTGG

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .
    635 ACCGGAAAGTGGGGCGCTCCTGCCAGCGCATCGGGGAGGGGTGCTCC
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 432395 ACCGGAAAGTGGGGCGCTCCTGCCAGCGCATCGGGGAGGGGTGCTCC