seq1 = pF1KE3913.tfa, 630 bp
seq2 = pF1KE3913/gi568815587f_66956903.tfa (gi568815587f:66956903_67171599), 214697 bp

>pF1KE3913 630
>gi568815587f:66956903_67171599 (Chr11)

1-132  (100001-100132)   100% ->
133-220  (108994-109081)   100% ->
221-330  (109836-109945)   100% ->
331-465  (113523-113657)   100% ->
466-630  (114533-114697)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGACGGCGGCCCAGGCCGCGGGTGAGGAGGCGCCACCAGGCGTGCGGTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGACGGCGGCCCAGGCCGCGGGTGAGGAGGCGCCACCAGGCGTGCGGTC

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 CGTCAAGGTGGTCCTGGTGGGCGACGGCGGCTGCGGGAAGACGTCGCTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 CGTCAAGGTGGTCCTGGTGGGCGACGGCGGCTGCGGGAAGACGTCGCTGC

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 TGATGGTCTTCGCCGATGGGGCCTTCCCCGAG         AGCTACACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||
 100101 TGATGGTCTTCGCCGATGGGGCCTTCCCCGAGGTG...CAGAGCTACACC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 CCCACGGTGTTTGAGCGGTACATGGTCAACCTGCAAGTGAAAGGCAAACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109003 CCCACGGTGTTTGAGCGGTACATGGTCAACCTGCAAGTGAAAGGCAAACC

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 TGTGCACCTCCACATCTGGGACACAGCAG         GGCAAGATGACT
        |||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||
 109053 TGTGCACCTCCACATCTGGGACACAGCAGGTG...CAGGGCAAGATGACT

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    233 ATGACCGCCTGCGGCCCCTGTTCTACCCTGACGCCAGCGTCCTGCTGCTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109848 ATGACCGCCTGCGGCCCCTGTTCTACCCTGACGCCAGCGTCCTGCTGCTT

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 TGCTTCGATGTCACCAGCCCGAACAGCTTTGACAACATCTTTAACCGG  
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>
 109898 TGCTTCGATGTCACCAGCCCGAACAGCTTTGACAACATCTTTAACCGGGT

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    331        TGGTACCCAGAAGTGAATCATTTCTGCAAGAAGGTACCCATCA
        >...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109948 A...CAGTGGTACCCAGAAGTGAATCATTTCTGCAAGAAGGTACCCATCA

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    374 TCGTCGTGGGCTGCAAGACTGACCTGCGCAAGGACAAATCACTGGTGAAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113566 TCGTCGTGGGCTGCAAGACTGACCTGCGCAAGGACAAATCACTGGTGAAC

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    424 AAGCTCCGAAGAAACGGATTGGAGCCTGTGACCTACCACAGG        
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>
 113616 AAGCTCCGAAGAAACGGATTGGAGCCTGTGACCTACCACAGGGTA...TA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    466  GGCCAGGAGATGGCGAGGTCCGTGGGCGCGGTGGCCTACCTCGAGTGCT
        >|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114532 GGGCCAGGAGATGGCGAGGTCCGTGGGCGCGGTGGCCTACCTCGAGTGCT

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    515 CGGCTCGGCTCCATGACAACGTCCACGCCGTCTTCCAGGAGGCCGCCGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114582 CGGCTCGGCTCCATGACAACGTCCACGCCGTCTTCCAGGAGGCCGCCGAG

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    565 GTGGCCCTCAGCAGCCGCGGTCGCAACTTCTGGCGGCGGATTACCCAGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114632 GTGGCCCTCAGCAGCCGCGGTCGCAACTTCTGGCGGCGGATTACCCAGGG

    650     .    :    .
    615 CTTTTGCGTGGTGACC
        ||||||||||||||||
 114682 CTTTTGCGTGGTGACC