seq1 = pF1KE3912.tfa, 1248 bp
seq2 = pF1KE3912/gi568815595f_12468870.tfa (gi568815595f:12468870_12682250), 213381 bp

>pF1KE3912 1248
>gi568815595f:12468870_12682250 (Chr3)

1-26  (88282-88307)   100% ->
27-155  (100006-100134)   100% ->
156-337  (101202-101383)   100% ->
338-642  (103200-103504)   99% ->
643-857  (105923-106137)   99% ->
858-968  (107762-107872)   100% ->
969-1113  (112939-113083)   100% ->
1114-1248  (113247-113381)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGAGCACCAAGCAGATCACTTGCAG         GTATTTTATGCATGG
        ||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||
  88282 ATGAGCACCAAGCAGATCACTTGCAGGTC...CAGGTATTTTATGCATGG

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     42 TGTGTGTCGGGAAGGAAGTCAGTGCCTATTCTCACATGACTTGGCAAACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100021 TGTGTGTCGGGAAGGAAGTCAGTGCCTATTCTCACATGACTTGGCAAACA

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 GCAAACCGTCCACCATCTGCAAGTACTACCAGAAGGGCTACTGTGCCTAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100071 GCAAACCGTCCACCATCTGCAAGTACTACCAGAAGGGCTACTGTGCCTAT

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 GGAACTCGGTGCAG         ATATGACCACACGAGGCCCTCTGCTGC
        ||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||
 100121 GGAACTCGGTGCAGGCA...TAGATATGACCACACGAGGCCCTCTGCTGC

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    183 AGCTGGAGGTGCTGTGGGCACCATGGCCCACAGTGTGCCCTCCCCAGCTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101229 AGCTGGAGGTGCTGTGGGCACCATGGCCCACAGTGTGCCCTCCCCAGCTT

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    233 TCCACAGTCCTCACCCTCCTTCCGAGGTCACTGCATCCATTGTGAAAACT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101279 TCCACAGTCCTCACCCTCCTTCCGAGGTCACTGCATCCATTGTGAAAACT

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 AACTCACATGAACCCGGAAAGCGTGAAAAGAGAACATTGGTTCTTAGAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101329 AACTCACATGAACCCGGAAAGCGTGAAAAGAGAACATTGGTTCTTAGAGA

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    333 CCGAA         ATCTCTCTGGCATGGCTGAAAGGAAGACCCAGCCGA
        |||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101379 CCGAAGTG...CAGATCTCTCTGGCATGGCTGAAAGGAAGACCCAGCCGA

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    374 GCATGGTGAGTAATCCAGGCAGCTGCAGCGACCCCCAGCCCAGCCCCGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103236 GCATGGTGAGTAATCCAGGCAGCTGCAGCGACCCCCAGCCCAGCCCCGAG

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    424 ATGAAGCCGCATTCCTACCTGGATGCCATCAGGAGTGGCCTTGATGACGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103286 ATGAAGCCGCATTCCTACCTGGATGCCATCAGGAGTGGCCTTGATGACGT

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    474 GGAGGCCAGCAGCTCCTACAGCAACGAGCAGCAGCTGTGCCCCTACGCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103336 GGAGGCCAGCAGCTCCTACAGCAACGAGCAGCAGCTGTGCCCCTACGCAG

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    524 CTGCTGGGGAGTGCCGGTTTGGGGATGCCTGTGTCTACCTGCACGGGGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103386 CTGCTGGGGAGTGCCGGTTTGGGGATGCCTGTGTCTACCTGCACGGGGAG

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    574 GTGTGTGAAATCTGTAGGCTGCAAGTCTTGCACCCATTCGACCCAGAGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103436 GTGTGTGAAATCTGTAGGCTGCAAGTCTTGCACCCATTCGACCCAGAGCA

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    624 GAGGAAGGCTCACGAAAAG         ATCTGCATGTTGACGTTCGAAC
        |||||||||||| ||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||
 103486 GAGGAAGGCTCATGAAAAGGTA...CAGATCTGCATGTTGACGTTCGAAC

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    665 ACGAGATGGAAAAGGCCTTTGCCTTCCAGGCAAACCAGGACAAAGTGTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||
 105945 ACGAGATGGAAAAGGCCTTTGCCTTCCAGGCAAGCCAGGACAAAGTGTGC

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    715 AGTATCTGCATGGAAGTGATCCTGGAGAAGGCCTCTGCTTCTGAGAGGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105995 AGTATCTGCATGGAAGTGATCCTGGAGAAGGCCTCTGCTTCTGAGAGGAG

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    765 ATTTGGGATTCTCTCCAATTGCAATCACACGTACTGTTTGTCCTGCATCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106045 ATTTGGGATTCTCTCCAATTGCAATCACACGTACTGTTTGTCCTGCATCC

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    815 GGCAGTGGCGGTGTGCCAAACAGTTTGAAAACCCAATCATTAA       
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>
 106095 GGCAGTGGCGGTGTGCCAAACAGTTTGAAAACCCAATCATTAAGTA...C

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    858   GTCTTGTCCAGAATGCCGTGTGATATCAGAGTTTGTAATTCCAAGTGT
        >>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107760 AGGTCTTGTCCAGAATGCCGTGTGATATCAGAGTTTGTAATTCCAAGTGT

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    906 GTATTGGGTGGAAGATCAGAATAAAAAGAACGAGTTGATTGAAGCTTTCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107810 GTATTGGGTGGAAGATCAGAATAAAAAGAACGAGTTGATTGAAGCTTTCA

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    956 AACAGGGGATGGG         GAAAAAAGCCTGTAAATACTTTGAGCAA
        |||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||
 107860 AACAGGGGATGGGGTA...CAGGAAAAAAGCCTGTAAATACTTTGAGCAA

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    997 GGCAAGGGGACCTGCCCATTTGGAAGCAAATGTCTTTATCGCCATGCTTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112967 GGCAAGGGGACCTGCCCATTTGGAAGCAAATGTCTTTATCGCCATGCTTA

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1047 CCCCGATGGGCGGCTAGCAGAGCCTGAGAAACCTCGGAAACAGCTCAGTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113017 CCCCGATGGGCGGCTAGCAGAGCCTGAGAAACCTCGGAAACAGCTCAGTT

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1097 CTCAAGGCACTGTGAGG         TTCTTTAATTCAGTGCGGCTCTGG
        |||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||
 113067 CTCAAGGCACTGTGAGGGTA...CAGTTCTTTAATTCAGTGCGGCTCTGG

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1138 GATTTCATCGAGAACCGAGAAAGCCGGCATGTCCCCAACAATGAAGATGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113271 GATTTCATCGAGAACCGAGAAAGCCGGCATGTCCCCAACAATGAAGATGT

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1188 CGACATGACAGAGCTCGGGGACCTCTTCATGCACCTTTCTGGAGTGGAAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113321 CGACATGACAGAGCTCGGGGACCTCTTCATGCACCTTTCTGGAGTGGAAT

   1300     .    :
   1238 CATCAGAACCC
        |||||||||||
 113371 CATCAGAACCC