seq1 = pF1KE3908.tfa, 1653 bp
seq2 = pF1KE3908/gi568815585r_48390114.tfa (gi568815585r:48390114_48621939), 231826 bp

>pF1KE3908 1653
>gi568815585r:48390114_48621939 (Chr13)

(complement)

1-42  (100001-100042)   100% ->
43-198  (106199-106354)   100% ->
199-349  (106585-106735)   100% ->
350-516  (109045-109211)   100% ->
517-675  (109766-109924)   100% ->
676-783  (110063-110170)   100% ->
784-926  (111169-111311)   100% ->
927-1117  (119026-119216)   100% ->
1118-1244  (120072-120198)   100% ->
1245-1384  (122180-122319)   100% ->
1385-1515  (125619-125749)   100% ->
1516-1653  (131689-131826)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGAAGAAGAACTTCCTCTTTTCTCTGGAGACAGTGGCAAG        
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>
 100001 ATGGAAGAAGAACTTCCTCTTTTCTCTGGAGACAGTGGCAAGGTT...CA

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     43  CCAGTACAGGCTACTCTGTCATCTTTGAAGATGTTAGATGTGGGAAAGT
        >|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106198 GCCAGTACAGGCTACTCTGTCATCTTTGAAGATGTTAGATGTGGGAAAGT

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 GGCCAATTTTTTCCCTTTGTTCTGAAGAAGAACTACAGTTAATTCGTCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106248 GGCCAATTTTTTCCCTTTGTTCTGAAGAAGAACTACAGTTAATTCGTCAG

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 GCTTGTGTCTTTGGCAGTGCTGGCAATGAAGTTTTATACACTACAGTAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106298 GCTTGTGTCTTTGGCAGTGCTGGCAATGAAGTTTTATACACTACAGTAAA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 TGATGAG         ATTTTTGTGCTTGGCACAAACTGCTGTGGCTGTT
        |||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106348 TGATGAGGTA...TAGATTTTTGTGCTTGGCACAAACTGCTGTGGCTGTT

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    233 TGGGGTTAGGTGACGTCCAGAGCACCATTGAACCTCGGAGACTGGATTCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106619 TGGGGTTAGGTGACGTCCAGAGCACCATTGAACCTCGGAGACTGGATTCT

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 TTAAATGGCAAAAAAATAGCCTGCCTCAGCTATGGGAGTGGTCCACATAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106669 TTAAATGGCAAAAAAATAGCCTGCCTCAGCTATGGGAGTGGTCCACATAT

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    333 TGTCCTTGCAACAACAG         AAGGAGAAGTCTTTACCTGGGGTC
        |||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||
 106719 TGTCCTTGCAACAACAGGTA...CAGAAGGAGAAGTCTTTACCTGGGGTC

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    374 ATAATGCTTATAGCCAGCTGGGCAATGGGACAACTAATCATGGTTTAGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109069 ATAATGCTTATAGCCAGCTGGGCAATGGGACAACTAATCATGGTTTAGTG

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    424 CCCTGTCATATCTCTACTAATCTGTCAAACAAACAAGTCATTGAAGTTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109119 CCCTGTCATATCTCTACTAATCTGTCAAACAAACAAGTCATTGAAGTTGC

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    474 CTGTGGGTCTTACCATTCTTTGGTGCTAACATCTGATGGAGAG       
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>
 109169 CTGTGGGTCTTACCATTCTTTGGTGCTAACATCTGATGGAGAGGTG...C

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    517   GTATTTGCCTGGGGTTATAATAACTCTGGGCAGGTAGGATCTGGATCA
        >>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109764 AGGTATTTGCCTGGGGTTATAATAACTCTGGGCAGGTAGGATCTGGATCA

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    565 ACAGTTAATCAGCCAATCCCTCGAAGAGTCACTGGCTGCCTACAAAATAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109814 ACAGTTAATCAGCCAATCCCTCGAAGAGTCACTGGCTGCCTACAAAATAA

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    615 AGTAGTTGTGACCATAGCATGTGGGCAGATGTGCTGCATGGCAGTAGTAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109864 AGTAGTTGTGACCATAGCATGTGGGCAGATGTGCTGCATGGCAGTAGTAG

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    665 ACACGGGGGAG         GTCTATGTCTGGGGTTACAACGGAAACGGG
        |||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||
 109914 ACACGGGGGAGGTA...CAGGTCTATGTCTGGGGTTACAACGGAAACGGG

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    706 CAGCTTGGACTCGGCAACAGTGGCAACCAGCCAACCCCTTGCAGAGTGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110093 CAGCTTGGACTCGGCAACAGTGGCAACCAGCCAACCCCTTGCAGAGTGGC

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    756 AGCTTTGCAAGGCATCCGTGTCCAGAGG         GTCGCCTGTGGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||
 110143 AGCTTTGCAAGGCATCCGTGTCCAGAGGGTA...CAGGTCGCCTGTGGCT

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    797 ACGCACACACATTAGTATTAACAGATGAAGGCCAAGTGTATGCTTGGGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111182 ACGCACACACATTAGTATTAACAGATGAAGGCCAAGTGTATGCTTGGGGC

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    847 GCCAATTCTTATGGGCAGTTGGGCACTGGCAATAAAAGCAACCAGTCCTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111232 GCCAATTCTTATGGGCAGTTGGGCACTGGCAATAAAAGCAACCAGTCCTA

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    897 TCCTACTCCTGTCACTGTGGAAAAGGACAG         GATTATCGAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||
 111282 TCCTACTCCTGTCACTGTGGAAAAGGACAGGTA...TAGGATTATCGAGA

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    938 TTGCAGCCTGTCACTCCACACACACGTCTGCGGCCAAGACGCAGGGTGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 119037 TTGCAGCCTGTCACTCCACACACACGTCTGCGGCCAAGACGCAGGGTGGG

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    988 CACGTGTACATGTGGGGCCAGTGCCGGGGTCAGTCCGTGATCCTCCCGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 119087 CACGTGTACATGTGGGGCCAGTGCCGGGGTCAGTCCGTGATCCTCCCGCA

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1038 CCTCACCCACTTCTCCTGCACTGACGACGTGTTTGCCTGCTTTGCCACGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 119137 CCTCACCCACTTCTCCTGCACTGACGACGTGTTTGCCTGCTTTGCCACGC

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1088 CCGCCGTCACGTGGCGCCTCCTCTCCGTGG         AACCTGATGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||
 119187 CCGCCGTCACGTGGCGCCTCCTCTCCGTGGGTA...TAGAACCTGATGAC

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1129 CACCTCACAGTGGCTGAGTCACTGAAGAGGGAATTTGACAACCCGGACAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 120083 CACCTCACAGTGGCTGAGTCACTGAAGAGGGAATTTGACAACCCGGACAC

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1179 TGCAGACCTGAAGTTTCTAGTTGATGGAAAGTACATTTATGCACATAAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 120133 TGCAGACCTGAAGTTTCTAGTTGATGGAAAGTACATTTATGCACATAAAG

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1229 TCCTTCTCAAGATTCG         ATGTGAGCATTTTCGTTCGTCATTG
        ||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||
 120183 TCCTTCTCAAGATTCGGTA...CAGATGTGAGCATTTTCGTTCGTCATTG

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1270 GAAGATAACGAGGATGATATTGTAGAAATGAGTGAATTTTCATATCCTGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 122205 GAAGATAACGAGGATGATATTGTAGAAATGAGTGAATTTTCATATCCTGT

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1320 TTACCGGGCCTTCCTGGAATACCTATACACAGACAGCATCAGCCTTTCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 122255 TTACCGGGCCTTCCTGGAATACCTATACACAGACAGCATCAGCCTTTCTC

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1370 CTGAGGAGGCAGTAG         GACTGCTAGACTTGGCTACATTTTAT
        |||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||
 122305 CTGAGGAGGCAGTAGGTA...CAGGACTGCTAGACTTGGCTACATTTTAT

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1411 AGAGAAAATCGTTTGAAAAAGCTCTGCCAACAAACTATCAAGCAAGGCAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 125645 AGAGAAAATCGTTTGAAAAAGCTCTGCCAACAAACTATCAAGCAAGGCAT

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1461 CTGCGAGGAGAATGCCATCGCTCTGCTCTCGGCTGCGGTGAAGTATGATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 125695 CTGCGAGGAGAATGCCATCGCTCTGCTCTCGGCTGCGGTGAAGTATGATG

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1511 CACAG         GATTTAGAAGAATTCTGCTTCAGGTTTTGCATAAAC
        |||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 125745 CACAGGTA...TAGGATTTAGAAGAATTCTGCTTCAGGTTTTGCATAAAC

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1552 CATCTGACTGTAGTAACACAAACATCAGGTTTTGCAGAAATGGACCATGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 131725 CATCTGACTGTAGTAACACAAACATCAGGTTTTGCAGAAATGGACCATGA

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1602 TCTCCTGAAGAACTTTATCAGCAAAGCAAGCAGAGTTGGAGCCTTTAAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 131775 TCTCCTGAAGAACTTTATCAGCAAAGCAAGCAGAGTTGGAGCCTTTAAAA

   1750 
   1652 AT
        ||
 131825 AT