seq1 = pF1KE3907.tfa, 1263 bp
seq2 = pF1KE3907/gi568815597f_3369436.tfa (gi568815597f:3369436_3580584), 211149 bp

>pF1KE3907 1263
>gi568815597f:3369436_3580584 (Chr1)

1-158  (100001-100158)   100% ->
159-311  (103643-103795)   98% ->
312-441  (103958-104087)   100% ->
442-516  (105273-105347)   100% ->
517-609  (106535-106627)   100% ->
610-761  (108440-108591)   98% ->
762-950  (108989-109177)   99% ->
951-1024  (110082-110155)   100% ->
1025-1126  (110377-110478)   100% ->
1127-1263  (111013-111149)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGTTCGAGATCCTCACGTCGGAGTTCTCCTACCAGCACAGCCTGAGCAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGTTCGAGATCCTCACGTCGGAGTTCTCCTACCAGCACAGCCTGAGCAT

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 CCTGGTGGAGGAGTTCCTGCAGTCCAAGGAGCTGCGGGCGACCGTGACCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 CCTGGTGGAGGAGTTCCTGCAGTCCAAGGAGCTGCGGGCGACCGTGACCC

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 AGATGGAGCACCACCACCTCTTCTCCAACATCCTGGATGTCCTGGGTGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 AGATGGAGCACCACCACCTCTTCTCCAACATCCTGGATGTCCTGGGTGCC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 AGTCAGAG         GTTCTTCGAGGACCTGGAGCAGCGGCACAAGGC
        ||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||
 100151 AGTCAGAGGTG...CAGGTTCTTCGAGGACCTGGAGCAGCGGCACAAGGC

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 CCAGGTGCTGGTCGAGGACATCAGTGACATTCTGGAGGAGCACGCTGAGA
        |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||
 103676 CCAGGTGCTGGTCGAGGACATCAGTGACATCCTGGAGGAGCACGCTGAGA

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 AGTACTTCCACCCCTACATCGCCTACTGCTCCAACGAGGTCTACCAACAG
        || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103726 AGCACTTCCACCCCTACATCGCCTACTGCTCCAACGAGGTCTACCAACAG

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    292 CGCACGCTGCAGAAGCTGAT         AAGCAGCAACGCCGCCTTCCG
        ||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||
 103776 CGCACGCTGCAGAAGCTGATGTG...CAGAAGCAGCAACGCCGCCTTCCG

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    333 AGAGGCCCTGAGAGAGATTGAGAGGCGGCCGGCGTGCGGGGGCCTGCCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103979 AGAGGCCCTGAGAGAGATTGAGAGGCGGCCGGCGTGCGGGGGCCTGCCCA

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    383 TGCTCTCCTTCCTGATCCTCCCCATGCAGCGGGTGACCCGGCTGCCCCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104029 TGCTCTCCTTCCTGATCCTCCCCATGCAGCGGGTGACCCGGCTGCCCCTC

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    433 CTGATGGAT         ACGCTCTGCCTCAAGACCCAGGGCCACTCCGA
        |||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||
 104079 CTGATGGATGTA...CAGACGCTCTGCCTCAAGACCCAGGGCCACTCCGA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    474 AAGGTACAAGGCTGCCAGCCGTGCACTGAAGGCCATCAGCAAG       
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>
 105305 AAGGTACAAGGCTGCCAGCCGTGCACTGAAGGCCATCAGCAAGGTA...C

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    517   CTGGTGAGGCAGTGCAACGAGGGGGCCCACAGGATGGAGCGCATGGAG
        >>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106533 AGCTGGTGAGGCAGTGCAACGAGGGGGCCCACAGGATGGAGCGCATGGAG

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    565 CAGATGTACACGCTGCACACACAGCTGGACTTCAGCAAGGTCAAG     
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>..
 106583 CAGATGTACACGCTGCACACACAGCTGGACTTCAGCAAGGTCAAGGTA..

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    610     TCCCTCCCACTGATCTCCGCCTCCCGGTGGCTGCTGAAGCGCGGAG
        .>>>||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||
 106633 .CAGTCCCTCCCACTGATCTCTGCCTCCCGGTGGCTGCTGAAGCGCGGAG

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    656 AGCTGTTCTTAGTGGAAGAAACCGGACTTTTTCGAAAAATTGCCAGCCGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108486 AGCTGTTCTTAGTGGAAGAAACCGGACTTTTTCGAAAAATTGCCAGCCGG

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    706 CCAACGTGCTACCTTTTCCTGTTCAACGATGTCCTGGTTGCGACCAAGAA
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||
 108536 CCAACGTGCTACCTTTTCCTGTTCAACGATGTCCTGGTTGTGACCAAGAA

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    756 GAAGAG         CGAGGAGAGCTACATGGTCCAGGACTACGCCCAGA
        ||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108586 GAAGAGGTG...CAGCGAGGAGAGCTACATGGTCCAGGACTACGCCCAGA

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    797 TGAACCACATCCAGGTAGAGAAGATAGAGCCGTCTGAGCTCCCTCTGCCC
        |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||
 109024 TGAACCACATCCAGGTGGAGAAGATAGAGCCGTCTGAGCTCCCTCTGCCC

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    847 GGGGGCGGCAACCGTAGCTCCTCCGTGCCCCACCCCTTCCAGGTGACCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109074 GGGGGCGGCAACCGTAGCTCCTCCGTGCCCCACCCCTTCCAGGTGACCCT

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    897 GCTTCGCAACAGCGAGGGCCGCCAGGAGCAGCTCCTGCTCTCCTCGGACT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109124 GCTTCGCAACAGCGAGGGCCGCCAGGAGCAGCTCCTGCTCTCCTCGGACT

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    947 CCGC         GAGTGACCGGGCACGGTGGATCGTGGCGCTCACACAC
        ||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109174 CCGCGTA...CAGGAGTGACCGGGCACGGTGGATCGTGGCGCTCACACAC

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    988 AGTGAGAGACAGTGGCAGGGCCTCTCCAGCAAAGGAG         ACCT
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||
 110119 AGTGAGAGACAGTGGCAGGGCCTCTCCAGCAAAGGAGGTG...CAGACCT

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1029 GCCCCAGGTGGAGATCACCAAGGCCTTCTTCGCGAAGCAAGCAGACGAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110381 GCCCCAGGTGGAGATCACCAAGGCCTTCTTCGCGAAGCAAGCAGACGAGG

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1079 TCACACTGCAGCAGGCGGACGTGGTCCTGGTTCTGCAGCAGGAGGATG  
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>
 110431 TCACACTGCAGCAGGCGGACGTGGTCCTGGTTCTGCAGCAGGAGGATGGT

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1127        GGTGGCTCTATGGCGAGAGGCTCCGGGACGGAGAGACGGGATG
        >...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110481 G...CAGGGTGGCTCTATGGCGAGAGGCTCCGGGACGGAGAGACGGGATG

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1170 GTTCCCCGAGGACTTTGCCCGCTTCATCACCAGCCGTGTGGCCGTGGAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111056 GTTCCCCGAGGACTTTGCCCGCTTCATCACCAGCCGTGTGGCCGTGGAGG

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :
   1220 GCAATGTCCGCAGGATGGAGCGTCTGCGGGTGGAGACGGACGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111106 GCAATGTCCGCAGGATGGAGCGTCTGCGGGTGGAGACGGACGTG